秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)屬于變溫結(jié)實(shí)菇種,低溫刺激可誘導(dǎo)其子實(shí)體形成。為了探究秀珍菇結(jié)實(shí)的分子機(jī)制,本實(shí)驗(yàn)采用Illumina測(cè)序技術(shù),對(duì)發(fā)菌完好的秀珍菇菌包的菌絲體常溫培養(yǎng)階段、低溫誘導(dǎo)階段、低溫誘導(dǎo)后恢復(fù)至常溫階段、原基形成階段4個(gè)不同生長(zhǎng)發(fā)育階段進(jìn)行了全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,構(gòu)建了4個(gè)樣本的c DNA文庫(kù),并檢測(cè)文庫(kù)質(zhì)量;利用Trinity軟件拼接得到的轉(zhuǎn)錄組作為參考序列將4個(gè)樣本的clean reads與之進(jìn)行比對(duì)(mapping);最后對(duì)獲得的有效序列進(jìn)行功能注釋及相關(guān)生物信息學(xué)分析。在4個(gè)不同生長(zhǎng)階段分別得到41 544 496、45 722 382、46 642 306和49 980 456個(gè)高質(zhì)量測(cè)序標(biāo)簽。將所有高質(zhì)量測(cè)序標(biāo)簽與參考序列進(jìn)行比對(duì)定位,可以唯一定位到參考序列上的高質(zhì)量標(biāo)簽數(shù)分別占總數(shù)的83.22%、82.85%、83.10%和82.59%。基因差異表達(dá)分析顯示,與常溫狀態(tài)下相比,低溫處理后秀珍菇菌絲體中上調(diào)表達(dá)基因個(gè)數(shù)為1 216個(gè),下調(diào)表達(dá)基因的個(gè)數(shù)為1 046個(gè);同時(shí),與低溫誘導(dǎo)后恢復(fù)至常溫相比,原基形成階段秀珍菇上調(diào)表達(dá)基因個(gè)數(shù)為1...

【文章頁(yè)數(shù)】：12 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實(shí)驗(yàn)材料
    1.2 主要試劑及儀器
    1.3 RNA提取
    1.4 測(cè)序
    1.5 參考序列比對(duì)
    1.6 基因差異表達(dá)分析
    1.7 GO功能富集分析
    1.8 KEGG通路(Pathway)顯著性富集分析
    1.9 差異表達(dá)基因的q RT-PCR驗(yàn)證
2 結(jié)果與分析
    2.1 RNA提取
    2.2 參考序列比對(duì)
    2.3 樣本間差異表達(dá)分析
    2.4 原基特異性表達(dá)基因分析
    2.5 GO功能富集分析
    2.6 通路顯著性富集分析
    2.7 差異表達(dá)基因的q RT-PCR驗(yàn)證
3 討論
4 結(jié)論



本文編號(hào)：3759085