發(fā)布時間：2022-07-20 17:29

　　目的:通過研究公共微陣列數(shù)據(jù)庫及人類癌癥基因組圖譜獲取食管癌的關(guān)鍵基因,并通過生物信息學(xué)分析研究所選基因的生物學(xué)功能及初步實驗驗證。材料和方法:首先,從Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫下載GSE17351和GSE45670數(shù)據(jù)集。此外,檢索并下載癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫中的食管癌相關(guān)的另一數(shù)據(jù)集。其次,對每個下載的數(shù)據(jù)集分別使用R語言軟件包進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理和差異表達(dá)分析,然后篩選出常見的差異表達(dá)基因（DEGs）獲得共同差異基因。再次,通過基因本體論（GO）和京都基因與基因組百科全書（KEGG）途徑分析對共同DEG進(jìn)行分析,利用基于STRING網(wǎng)站的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)通過Cytoscape軟件選擇核心基因。最后,通過癌癥基因圖譜患者的臨床數(shù)據(jù)評估核心基因在食管癌中的預(yù)后價值。另外通過RT-PCR實驗,驗證了CNKN3mRNA在食管癌中的表達(dá)。結(jié)果:三個數(shù)據(jù)集共有335個共同的DEGs,在生存分析中,CDKN3及RAD51AP1與食管癌的預(yù)后相關(guān),并且mRNA高表達(dá)的患者預(yù)后更差。結(jié)論:總之,我們的研究表明CDKN3及RAD51AP1可... 

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
前言
材料與方法
結(jié)果
討論
結(jié)論
附圖
附表
參考文獻(xiàn)
綜述:食管癌相關(guān)標(biāo)志物及治療靶點(diǎn)研究進(jìn)展
    參考文獻(xiàn)
附錄
個人簡歷
致謝



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