本文關(guān)鍵詞：大豆基因組和轉(zhuǎn)錄組的核基因密碼子使用偏好性分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

作物學(xué)報ACTAAGRONOMICASINICA 2011，37 6 ：965-974 ISSN TSHPA9 0496-3490；CODEN DoI：10．3724，SP．J．1006．2011．00965 大豆基因組和轉(zhuǎn)錄組的核基因密碼子使用偏好性分析 張 樂1 金龍國1 羅 玲1 王躍平1 董志敏1 孫守紅2 邱麗娟1，+ 1國家農(nóng)作物基因資源與遺傳改良重大科學(xué)T程，農(nóng)、Ik部作物種質(zhì)資源利用重點開放實驗室，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所，北 京100081；2中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育研究所，北京100101 摘 要：研究大豆核基因密碼子的使用模式，，探討影響其密碼子組成和編碼特點的因素，為運用基因工程技術(shù)提高 改良大豆提供理論依據(jù)。以大豆基因組的46430個高置信編碼基因和2071條大豆全長轉(zhuǎn)錄本序列為數(shù)據(jù)來源，應(yīng) 用CodonW軟件對大豆全基因組密碼子組成、同義密碼子使用頻率和全長轉(zhuǎn)錄組編碼區(qū)密碼子使用各項參數(shù)的計算 和統(tǒng)計分析發(fā)現(xiàn)，基因的表達水平與編碼區(qū)G+C和GC3s含量均呈極顯著正相關(guān)，且G+C和GC3s含量越高的基因 密碼子使用偏好性越高，并確定了UCC和GCC為大豆最優(yōu)密碼子。編碼區(qū)長度分組分析表明，密碼子使用偏好性 隨編碼區(qū)長度的增加而降低，編碼區(qū)較長的基因則趨向于隨機使用密碼子，且在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)范圍內(nèi)，編碼區(qū)長度介 于400～600 bp的基因表達水平最高。大豆葉片和種子中特異表達基因的密碼子使用偏好性和基因表達水平較為接近， 但種子特異表達基因的G+C和GC3s含量均顯著高于葉片特異表達基因，而其芳香族氨基酸含量則極顯著低于葉片 特異表達基因。 關(guān)鍵詞：大豆；基因組；轉(zhuǎn)錄組；密碼子 ofNuclearGeneCodonBiason Genomeand Analysis Soybean ZHANG Lel，JINLong―Gu01，LUOLin91，WANGYue．Pin91，DONGZhi―Minl，SUNShou―Hon92，andQIU Li―Juanl，+ 1 and of National for GeneResourcesGenetic Laboratoryof Utilization，M

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