本文關(guān)鍵詞：大豆基因組和轉(zhuǎn)錄組的核基因密碼子使用偏好性分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

作物學(xué)報(bào)ＡＣＴＡＡＧＲＯＮＯＭＩＣＡＳＩＮＩＣＡ

ＩＳＳＮ０４９６－３４９０；ＣＯＤＥＮＴＳＨＰＡ９

２０１１，３７（６）：９６５－９７４ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｈｉｎａｃｒｏｐｓ．ｏｒｇ／ｚｗｘｂ／

Ｅ—ｍａｉｌ：ｘｂｚｗ＠ｃｈｉｎａｊｏｕｍａｌ．ｎｅｔ．ｃｎ

ＤｏＩ：１０．３７２４，ＳＰ．Ｊ．１００６．２０１１．００９６５

大豆基因組和轉(zhuǎn)錄組的核基因密碼子使用偏好性分析

張

樂１

金龍國１羅玲１王躍平１董志敏１孫守紅２邱麗娟１，＋

１國家農(nóng)作物基因資源與遺傳改良重大科學(xué)Ｔ程，農(nóng)、Ｉｋ部作物種質(zhì)資源利用重點(diǎn)開放實(shí)驗(yàn)室，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所，北京１０００８１；２中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育研究所，，北京１００１０１摘

要：研究大豆核基因密碼子的使用模式，探討影響其密碼子組成和編碼特點(diǎn)的因素，為運(yùn)用基因工程技術(shù)提高

改良大豆提供理論依據(jù)。以大豆基因組的４６４３０個(gè)高置信編碼基因和２０７１條大豆全長轉(zhuǎn)錄本序列為數(shù)據(jù)來源，應(yīng)用ＣｏｄｏｎＷ軟件對(duì)大豆全基因組密碼子組成、同義密碼子使用頻率和全長轉(zhuǎn)錄組編碼區(qū)密碼子使用各項(xiàng)參數(shù)的計(jì)算和統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn)，基因的表達(dá)水平與編碼區(qū)Ｇ＋Ｃ和ＧＣ３ｓ含量均呈極顯著正相關(guān)，且Ｇ＋Ｃ和ＧＣ３ｓ含量越高的基因密碼子使用偏好性越高，并確定了ＵＣＣ和ＧＣＣ為大豆最優(yōu)密碼子。編碼區(qū)長度分組分析表明，密碼子使用偏好性隨編碼區(qū)長度的增加而降低，編碼區(qū)較長的基因則趨向于隨機(jī)使用密碼子，且在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)范圍內(nèi)，編碼區(qū)長度介

于４００～６００ｂｐ的基因表達(dá)水平最高。大豆葉片和種子中特異表達(dá)基因的密碼子使用偏好性和基因表達(dá)水平較為接近，

但種子特異表達(dá)基因的Ｇ＋Ｃ和ＧＣ３ｓ含量均顯著高于葉片特異表達(dá)基因，而其芳香族氨基酸含量則極顯著低于葉片特異表達(dá)基因。

關(guān)鍵詞：大豆；基因組；轉(zhuǎn)錄組；密碼子

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ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｄｙｌｏｗｅｔｔｈａｎｔｈｅｓｅｂｙｌｅａｆ－ｓｐｅｃｉｆｉｃｇｅｎｅｓ．

ａｎｄＧＣ３ｓ

Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｓｏｙｂｅａｎ；Ｇｅｎｏｍｅ；Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ；Ｃｏｄｏｎ

密碼子是生命信息傳遞的基本單位，編碼同一種氨基酸同義密碼子的不均衡使用稱為密碼子的使用偏好性，其中被優(yōu)先使用的某些密碼子稱為最優(yōu)

密碼子。生物體對(duì)同義密碼子的選擇不僅在基因表達(dá)水平方面發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用‘１１，而且有利于提高翻譯的準(zhǔn)確性和效率‘２１。已有研究發(fā)現(xiàn)影響密碼子

本研究由國家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃（８６３計(jì)劃）項(xiàng)目（２００６ＡＡｌ０Ａ１１０），國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（３０８７１６２１）和國家轉(zhuǎn)基因生物新品種培育科技重大專項(xiàng)重點(diǎn)課題（２００９ＺＸ０８００９—０８８Ｂ）資助。

’通訊作者（ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ）：邱麗娟，Ｅ—ｍａｇｉ：ｑｉｕ＿ｌｉｊｕａｎ＠２６３．ｎｅｔ第一作者聯(lián)系方式：Ｅ—ｍａｉｌ：ｚｈａｎｇｌｅ＿ｃａａｓ＠ｙａｈｏｏ．Ｇｎ

Ｒｅｃｅｉｖｅｄ（收稿日期）：２０１０—１２—２３；Ａｃｃｅｐｔｅｄ（接受日期）：２０１１一０３—２８．

  本文關(guān)鍵詞：大豆基因組和轉(zhuǎn)錄組的核基因密碼子使用偏好性分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。