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基于異構并行系統的腦網絡構建分析方法研究

發(fā)布時間:2017-08-18 21:12

  本文關鍵詞:基于異構并行系統的腦網絡構建分析方法研究


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【摘要】:人腦是自然界中最復雜的網絡之一,而復雜網絡理論為人腦的研究提供了一個新的方向。計算腦網絡屬性的方法是研究腦網絡的一項重要途徑,因此網絡構建時間和屬性計算時間是影響研究進度最為重要的因素,是為腦網絡研究提供技術可行性的重要指標。腦網絡研究的不斷發(fā)展使得腦網絡粒度日益精細,網絡規(guī)模日益增大,計算量呈幾何級數增長,使得腦網絡研究時間過長,大大阻礙了腦網絡研究進程。并行計算技術的發(fā)展使其成為一種求解數據密集型計算任務的有效的手段。因此,本文主要是通過并行計算技術實現腦網絡的快速計算。本文研究的重點是靜息態(tài)功能腦網絡計算的并行實現。利用并行計算技術的理論知識,對腦網絡研究領域已有構建和分析方法,在不同的并行計算平臺,提出腦網絡計算的并行策略。在本文中,創(chuàng)新之處是:(1)基于CPU-GPU異構環(huán)境并行系統,對腦網絡構建方法提出一種新的實現方式。在此基礎上,提出了腦網絡構建及屬性計算的并行策略,即利用CUDA架構、CUBLAS庫加速腦網絡屬性計算方法中的計算模塊。在支持GPU通用計算的并行平臺,對腦網絡并行策略的性能進行測試,最優(yōu)的并行效果是加速比達到3倍以上。(2)基于多CPU環(huán)境的并行系統,提出了基于多CPU的腦網絡構建及屬性計算并行實現策略,即利用多CPU并行計算多個腦網絡。在支持多CPU計算的并行平臺,提出了基于SPMD機制和循環(huán)打包方法的架構,并對這種并行策略進行測試并行性能,最大的加速比達到6倍以上。(3)基于CPU-GPU異構環(huán)境并行系統,提出了將以上兩種策略相結合,即基于并行多個網絡和單個網絡并行計算兩種策略,實行CPU與GPU的異構環(huán)境無縫運行。針對這種結合策略,實現上述并行方法,并對性能進行測試,最好的并行效果是獲得將近4倍的加速比。
【關鍵詞】:腦網絡 并行計算 多CPU GPU
【學位授予單位】:太原理工大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2016
【分類號】:TP338.6
【目錄】:
  • 摘要3-5
  • ABSTRACT5-9
  • 第一章 緒論9-17
  • 1.1 課題研究背景及意義9-11
  • 1.2 國內外研究現狀11-12
  • 1.3 問題的提出12-14
  • 1.4 本文的主要創(chuàng)新工作14-15
  • 1.5 本文章節(jié)的的組織結構安排15-16
  • 1.6 小結16-17
  • 第二章 靜息態(tài)功能腦網絡構建及分析17-25
  • 2.1 數據采集及預處理17-18
  • 2.2 功能腦網絡構建18-22
  • 2.2.1 節(jié)點的定義18-20
  • 2.2.2 邊的定義20
  • 2.2.3 閾值選擇20-22
  • 2.2.4 腦網絡構建結果22
  • 2.3 功能腦網絡指標分析22-24
  • 2.4 小結24-25
  • 第三章 基于CPU-GPU異構并行系統研究25-38
  • 3.1 并行方法25-30
  • 3.1.1 CUDA編程模型25-27
  • 3.1.2 CUBLAS庫27-28
  • 3.1.3 并行實現28-30
  • 3.2 腦網絡計算性能分析30-32
  • 3.2.1 構建方法計算的性能分析30-31
  • 3.2.2 拓撲屬性計算的性能分析31-32
  • 3.3 性能評價及分析32-37
  • 3.3.1 實驗配置33
  • 3.3.2 構建方法的并行性能分析33-37
  • 3.4 小結37-38
  • 第四章 基于多CPU并行系統研究38-50
  • 4.1 并行方法38-42
  • 4.1.1 SPMD機制38-39
  • 4.1.2 循環(huán)打包方法39-40
  • 4.1.3 并行實現40-42
  • 4.2 腦網絡計算性能分析42-43
  • 4.3 性能評價及分析43-48
  • 4.3.1 實驗配置43
  • 4.3.2 構建方法的并行性能分析43-44
  • 4.3.3 拓撲屬性的并行性能分析44-48
  • 4.4 小結48-50
  • 第五章 基于多CPU和GPU結合的并行系統研究50-56
  • 5.1 并行方法50-51
  • 5.2 任務分配原則51-53
  • 5.2.1 多CPU系統的并行數據劃分原則51-52
  • 5.2.2 GPU系統的并行數據劃分原則52-53
  • 5.3 性能評價及分析53-55
  • 5.3.1 實驗配置53
  • 5.3.2 拓撲屬性的并行性能分析53-55
  • 5.4 小結55-56
  • 第六章 總結與展望56-59
  • 6.1 總結56-57
  • 6.2 展望57-59
  • 參考文獻59-63
  • 致謝63-64
  • 攻讀碩士學位期間發(fā)表的學術論文目錄64

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本文編號:696787

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