本文選題：組氨酸側(cè)鏈　切入點(diǎn)：DNA堿基　出處：《高等學(xué)校化學(xué)學(xué)報(bào)》2017年01期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：采用MP2方法和6-31+G(d,p)基組優(yōu)化得到了帶有一個(gè)正電荷的組氨酸側(cè)鏈與4個(gè)DNA堿基間形成的18個(gè)氫鍵復(fù)合物的氣相穩(wěn)定結(jié)構(gòu),從文獻(xiàn)中獲取了組氨酸側(cè)鏈與DNA堿基間形成的12個(gè)堆積和T型復(fù)合物的氣相穩(wěn)定結(jié)構(gòu),使用包含基組重疊誤差(BSSE)校正的MP2方法和aug-cc-pVTZ基組及密度泛函理論M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基組計(jì)算了這些復(fù)合物的結(jié)合能.研究結(jié)果表明,包含BSSE校正的M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基組能夠給出較準(zhǔn)確的結(jié)合能;氣相條件下,組氨酸側(cè)鏈與同種DNA堿基間的離子氫鍵作用明顯強(qiáng)于堆積作用和T型作用,組氨酸側(cè)鏈最易通過(guò)離子氫鍵與胞嘧啶C和鳥(niǎo)嘌呤G作用形成氫鍵復(fù)合物,組氨酸與胞嘧啶C和鳥(niǎo)嘌呤G間的T型作用強(qiáng)于與腺嘌呤A和胸腺嘧啶T間的離子氫鍵作用;水相條件下,組氨酸側(cè)鏈與同種DNA堿基間的離子氫鍵作用仍明顯強(qiáng)于堆積作用和T型作用,組氨酸側(cè)鏈更易與胞嘧啶C和鳥(niǎo)嘌呤G相互作用形成氫鍵復(fù)合物,但是最強(qiáng)的組氨酸側(cè)鏈與胞嘧啶C間的T型作用明顯弱于與腺嘌呤A和胸腺嘧啶T間的離子氫鍵作用,說(shuō)明水相條件下組氨酸側(cè)鏈與DNA堿基間主要通過(guò)離子氫鍵作用形成氫鍵復(fù)合物.
[Abstract]:The vapor-phase stable structure of 18 hydrogen bond complexes with a positive charge of histidine side chain and 4 DNA bases was obtained by using MP2 method and 6-31 GDX) base set optimization. The vapor stable structures of 12 stacked and T type complexes formed between the side chain of histidine and the base of DNA have been obtained from the literature. The binding energies of these complexes were calculated by using the MP2 method, the aug-cc-pVTZ basis set and the density functional theory M06-2X-D3 method and the aug-cc-pVDZ basis set, which included the basis set overlap error correction. The M06-2X-D3 method including BSSE correction and the aug-cc-pVDZ base set can give more accurate binding energy. In the gas phase, the ionic hydrogen bond between the side chain of histidine and the same DNA base is stronger than that between stacking and T type. The side chain of histidine is most likely to form hydrogen bond complex through the interaction of ion hydrogen bond with cytosine C and guanine G. the T-type interaction between histidine and cytosine C and guanine G is stronger than that with adenine A and thymine T. In aqueous phase, the ionic hydrogen bond between histidine side chain and homologous DNA base is still stronger than that between stacking and T type, and histidine side chain is easier to interact with cytosine C and guanine G to form hydrogen bond complex. However, the strongest T type interaction between histidine side chain and cytosine C was significantly weaker than that between adenine A and thymine T. The results show that the hydrogen bond complex is formed between the side chain of histidine and the base of DNA by the interaction of ionic hydrogen bond under the condition of water phase.
【作者單位】： 遼寧師范大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(批準(zhǔn)號(hào):21173109,21573098) 大連市領(lǐng)軍人才項(xiàng)目資助~~
【分類號(hào)】：O641.3

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前7條

1 張?zhí)m,李瑞寶,童萍,陳國(guó)南;膠束毛細(xì)管電動(dòng)色譜法用于DNA堿基腺嘌呤和嘌呤類抗癌藥物的研究[J];高等學(xué)�；瘜W(xué)學(xué)報(bào);2005年08期

2 王文鋒,駱堅(jiān),左志華,姚思德,鄭智德,張加山,林念蕓;DNA堿基激光光解的新穎瞬態(tài)產(chǎn)物[J];中國(guó)科學(xué)(B輯 化學(xué) 生命科學(xué) 地學(xué));1992年11期

3 劉震;梁靚;竇鵬;卞寧生;柯曉康;章文偉;;核酸酶酶解-高效液相色譜法分析DNA堿基組成——介紹一個(gè)綜合化學(xué)實(shí)驗(yàn)[J];大學(xué)化學(xué);2010年01期

4 趙亞英,周立新;金屬離子與DNA堿基對(duì)間相互作用的理論研究[J];福州大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2004年02期

5 周志剛,戴乾圜,鐘德剛;丙烯醛與DNA堿基反應(yīng)機(jī)理的AM1研究[J];中國(guó)環(huán)境科學(xué);1999年03期

6 胡勝水;李培標(biāo);周性堯;;核酸的極譜研究—Ⅰ.DNA堿基腺嘌呤的極譜吸附波[J];分析化學(xué);1985年08期

7 ;[J];;年期

相關(guān)會(huì)議論文 前2條

1 余多慰;袁生;金曉燕;;DNA堿基質(zhì)子次級(jí)化學(xué)位移的五聯(lián)體效應(yīng)分析[A];第十次中國(guó)生物物理學(xué)術(shù)大會(huì)論文摘要集[C];2006年

2 劉艷成;唐睿智;李海霞;姚思德;王文鋒;;磷酸基團(tuán)在環(huán)丙沙星光敏損傷DNA堿基中的作用研究[A];中國(guó)化學(xué)會(huì)第28屆學(xué)術(shù)年會(huì)第11分會(huì)場(chǎng)摘要集[C];2012年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前1條

1 記者 馮衛(wèi)東;DNA堿基序列決定其光敏性假設(shè)獲證實(shí)[N];科技日?qǐng)?bào);2008年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前6條

1 唐珂;DNA堿基與肽鏈之間氫鍵的理論研究[D];曲阜師范大學(xué);2008年

2 關(guān)文;新型DNA堿基甲基化修復(fù)酶AlkC的表達(dá)、純化、結(jié)晶與功能探討[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

3 彭宇;DNA堿基切除修復(fù)基因多態(tài)性與晚期非小細(xì)胞肺癌化療相關(guān)性的研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2014年

4 楊倩倩;吸附于Ag/Si-NPA上DNA堿基的表面增強(qiáng)拉曼散射研究[D];鄭州大學(xué);2013年

5 楊愛(ài)彬;金屬離子(Na~+、K~+、Ca~(2+)、Mg~(2+)、Zn~(2+))與DNA堿基(A、T、G、C)異構(gòu)體形成配合物的穩(wěn)定性[D];濟(jì)南大學(xué);2010年

6 楊承;甲醛與DNA堿基間的相互作用的理論研究[D];江南大學(xué);2009年

，

本文編號(hào)：1618349