基于分子動力學(xué)模擬與靶點預(yù)測技術(shù)的HO-/MeO-PBDEs內(nèi)分泌干擾效應(yīng)研究
發(fā)布時間:2023-03-09 21:34
多溴聯(lián)苯醚(Polybrominated diphenyl ethers, PBDEs)是一種常見的添加型溴代阻燃劑,在多種環(huán)境介質(zhì)中都能檢出,且對人體健康和生態(tài)環(huán)境具有潛在的危害,因此受到人們的極大關(guān)注。而近年來,其結(jié)構(gòu)類似物——Hydroxylated/Methoxylated-PBDEs (HO/MeO-PBDEs)也受到越來越多環(huán)境科學(xué)家的關(guān)注。目前已經(jīng)有許多研究關(guān)注HO/MeO-PBDEs的內(nèi)分泌干擾效應(yīng),其中就包括雌激素活性、雄激素活性、甲狀腺激素活性和芳烴受體活性等。然而這類物質(zhì)與這些受體相互作用的微觀過程沒有被詳細(xì)的研究,激活或者抑制機(jī)制不明;另一方面HO/MeO-PBDEs類化合物種類繁多,無法逐一地測定其內(nèi)分泌干擾活性,所以需要建立模型或者其他計算方法去預(yù)測它們的活性;谏鲜銮闆r,亟需了解這些化合物與幾個典型內(nèi)分泌受體的相互作用過程,并在此基礎(chǔ)上建立模型去預(yù)測這類化合物的受體效應(yīng)。此外,主要受體以外的其他內(nèi)分泌干擾效應(yīng)通路也逐漸引起關(guān)注,生物組學(xué)實驗可以有效地幫助人們尋找新化合物潛在的內(nèi)分泌干擾效應(yīng)作用模式,但是這種方法成本高昂。因此本研究擬建立高通量虛擬篩選技術(shù)...
【文章頁數(shù)】:74 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 緒論
1.1 HO-/MeO-PBDEs類物質(zhì)及其內(nèi)分泌干擾效應(yīng)
1.2 AR/TR/AHR的轉(zhuǎn)導(dǎo)通路與結(jié)構(gòu)
1.3 計算類方法研究內(nèi)分泌干擾效應(yīng)
1.4 分子動力學(xué)模擬技術(shù)簡介
1.5 靶點預(yù)測與反對接技術(shù)
1.6 論文的主要研究內(nèi)容
參考文獻(xiàn)
第二章 基于細(xì)胞測試和MD模擬研究HO-/MeO-PBDEs的抗雄激素活性
2.1 前言
2.2 研究方法
2.2.1 細(xì)胞實驗材料
2.2.2 細(xì)胞實驗方法
2.2.3 數(shù)據(jù)處理
2.2.4 分子動力學(xué)模擬
2.3 結(jié)果與討論
2.3.1 羥基化與甲氧基化多溴聯(lián)苯醚的抗雄激素活性
2.3.2 分子動力學(xué)模擬結(jié)果
2.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第三章 基于MD模擬的HO-/MeO-PBDEs的甲狀腺激素受體β活性研究
3.1 前言
3.2 研究方法
3.2.1 化合物及活性數(shù)據(jù)
3.2.2 受體結(jié)構(gòu)構(gòu)建與模擬研究
3.3 結(jié)果與討論
3.3.1 TRβ-LBD體系的分子動力學(xué)模擬
3.3.2 TRβ-LBD-NCOR體系的分子動力學(xué)模擬
3.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第四章 HO-/MeO-PBDEs類化合物的鳥類AHR1活性與種間差異研究
4.1 前言
4.2 研究方法
4.2.1 化合物、實驗方法及活性數(shù)據(jù)
4.2.2 構(gòu)建小分子并進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化
4.2.3 兩類鳥的AHR1-LBD結(jié)構(gòu)構(gòu)建
4.2.4 分子對接與分子動力學(xué)模擬
4.3 結(jié)果與討論
4.3.1 模建結(jié)果
4.3.2 對接結(jié)果
4.3.3 分子動力學(xué)模擬
4.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第五章 內(nèi)分泌干擾相關(guān)靶點預(yù)測系統(tǒng)的建立及其對HO-/MeO-PBDEs的應(yīng)用
5.1 前言
5.2 研究方法
5.2.1 內(nèi)分泌干擾效應(yīng)相關(guān)蛋白庫構(gòu)建
5.2.2 基于反對接的SPET構(gòu)建與檢驗
5.2.3 HO-/MeO-PBDEs的活性預(yù)測
5.3 結(jié)果與討論
5.3.1 對接口袋搜索
5.3.2 系統(tǒng)的檢驗與評價
5.3.3 BDE-47、HO-BDE-47與MeO-BDE-47的潛在內(nèi)分泌干擾效應(yīng)相關(guān)靶點
5.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第六章 結(jié)論與展望
6.1 研究結(jié)論
6.2 展望
攻讀碩士學(xué)位期間主要成果
致謝
本文編號:3758331
【文章頁數(shù)】:74 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 緒論
1.1 HO-/MeO-PBDEs類物質(zhì)及其內(nèi)分泌干擾效應(yīng)
1.2 AR/TR/AHR的轉(zhuǎn)導(dǎo)通路與結(jié)構(gòu)
1.3 計算類方法研究內(nèi)分泌干擾效應(yīng)
1.4 分子動力學(xué)模擬技術(shù)簡介
1.5 靶點預(yù)測與反對接技術(shù)
1.6 論文的主要研究內(nèi)容
參考文獻(xiàn)
第二章 基于細(xì)胞測試和MD模擬研究HO-/MeO-PBDEs的抗雄激素活性
2.1 前言
2.2 研究方法
2.2.1 細(xì)胞實驗材料
2.2.2 細(xì)胞實驗方法
2.2.3 數(shù)據(jù)處理
2.2.4 分子動力學(xué)模擬
2.3 結(jié)果與討論
2.3.1 羥基化與甲氧基化多溴聯(lián)苯醚的抗雄激素活性
2.3.2 分子動力學(xué)模擬結(jié)果
2.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第三章 基于MD模擬的HO-/MeO-PBDEs的甲狀腺激素受體β活性研究
3.1 前言
3.2 研究方法
3.2.1 化合物及活性數(shù)據(jù)
3.2.2 受體結(jié)構(gòu)構(gòu)建與模擬研究
3.3 結(jié)果與討論
3.3.1 TRβ-LBD體系的分子動力學(xué)模擬
3.3.2 TRβ-LBD-NCOR體系的分子動力學(xué)模擬
3.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第四章 HO-/MeO-PBDEs類化合物的鳥類AHR1活性與種間差異研究
4.1 前言
4.2 研究方法
4.2.1 化合物、實驗方法及活性數(shù)據(jù)
4.2.2 構(gòu)建小分子并進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化
4.2.3 兩類鳥的AHR1-LBD結(jié)構(gòu)構(gòu)建
4.2.4 分子對接與分子動力學(xué)模擬
4.3 結(jié)果與討論
4.3.1 模建結(jié)果
4.3.2 對接結(jié)果
4.3.3 分子動力學(xué)模擬
4.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第五章 內(nèi)分泌干擾相關(guān)靶點預(yù)測系統(tǒng)的建立及其對HO-/MeO-PBDEs的應(yīng)用
5.1 前言
5.2 研究方法
5.2.1 內(nèi)分泌干擾效應(yīng)相關(guān)蛋白庫構(gòu)建
5.2.2 基于反對接的SPET構(gòu)建與檢驗
5.2.3 HO-/MeO-PBDEs的活性預(yù)測
5.3 結(jié)果與討論
5.3.1 對接口袋搜索
5.3.2 系統(tǒng)的檢驗與評價
5.3.3 BDE-47、HO-BDE-47與MeO-BDE-47的潛在內(nèi)分泌干擾效應(yīng)相關(guān)靶點
5.4 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
第六章 結(jié)論與展望
6.1 研究結(jié)論
6.2 展望
攻讀碩士學(xué)位期間主要成果
致謝
本文編號:3758331
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