聚乙烯醇(PVA)的降解真菌篩選及其生物降解過程機(jī)理研究
【學(xué)位單位】:華南理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:X592;X172
【部分圖文】:
圖 2-1 Miseq 測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程圖Fig. 2-1 The flowchart of Miseq pyrosequencing data analysis2.3.5.2 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)Illumina Miseq 原始圖像數(shù)據(jù)文件主要由CASAVA堿基來進(jìn)行識(shí)別( Base Calling),進(jìn)而轉(zhuǎn)變?yōu)樵紲y(cè)序序列( Sequenced Reads),即 Raw Data或 Raw Reads,最終存儲(chǔ)的格式具體為 FASTQ,涵蓋了序列信息和測(cè)序質(zhì)量信息。本過程主要包括兩部分內(nèi)容,即通過barcode對(duì)樣品序列進(jìn)行有效區(qū)分,實(shí)施QC 檢測(cè),完成參數(shù)設(shè)定,從而將非特異性擴(kuò)增序列以及嵌合體有效的去除。數(shù)據(jù)預(yù)處理:對(duì) Miseq 測(cè)序序列進(jìn)行分析可知,其擁有引物、接頭序列,同時(shí)還擁有著barcode序列。首先將接頭序列去除,基于 PE reads間overlap關(guān)系,拼接reads為序列,依托barcode標(biāo)簽序列對(duì)樣品數(shù)據(jù)進(jìn)行識(shí)別以及區(qū)分,實(shí)施質(zhì)控過濾,進(jìn)而取得了有效數(shù)據(jù)。拼接序列的 overlap 區(qū)域允許的最大錯(cuò)配比率是 0.1;去除 reads 尾部質(zhì)量值低
概率是非常低的。體現(xiàn)出測(cè)序Nn1 1 (NA 提取純化,完成后采用 1%的瓊脂,詳見圖 2-2。圖中,“2Y”示降解時(shí)間為 1 年的聚乙烯醇圖可見,目的基因DNA 條帶清DNA 含量較高,在實(shí)驗(yàn)中可以
-3 樣品 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物瓊脂糖電 electrophoresis pattern of samples嵌合體結(jié)果序引物接頭,充分考慮 PE reads成了相應(yīng)的序列,overlap區(qū)域錯(cuò)分割,將 reads 尾部質(zhì)量值低于有效切除,將數(shù)據(jù)短序列有效的質(zhì)控,這樣也就可以獲得高質(zhì)量00-500 范圍內(nèi),經(jīng)過質(zhì)控后,序中(如圖 2-4 所示);另外經(jīng)過左右,說明數(shù)據(jù)預(yù)處理有效,可始序列數(shù)目占 1Y 樣本序列數(shù)目
【參考文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2860432
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