基于高通量技術(shù)的高效秸稈類纖維素降解菌篩選及應(yīng)用
【學位單位】:遼寧大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:X172;X71
【部分圖文】:
2.2.2 高通量測序為了快速確定采集到的樣品是否含有纖維素降解菌,將采集到的樣品進行了高通量測序,通過分析其中的細菌種群分類和限制性培養(yǎng)的結(jié)果相結(jié)合,對采集到的樣品有個初步的篩選,以便更快的篩選到高效纖維素降解菌株。對測得序列進行生物信息學分析包括進行質(zhì)量控制,去除前后引物和條形碼得到有效序列, 將所有樣本序列按照序列間的距離進行聚類,后根據(jù)序列之間的相似性將序列分成不同的操作分類單元 (OUT)。通常在 97%的相似水平下的 OTU 進行生物信息統(tǒng)計分析。為了得到每個 OTU 對應(yīng)的物種分類信息,需要對 OTU 進行物種分類,采用兩種分類方式:RDP classifier 和 Blast。
樣本CNWY物種豐度餅
樣本GFZ物種豐度餅
【參考文獻】
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本文編號:2810962
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