本文關鍵詞： 中國蛤蜊 鎘 microRNA 差異表達 功能基因　出處：《海洋學報》2016年12期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：中國蛤蜊(Mactra chinensis)是一種重要的經(jīng)濟貝類,分布于我國的遼寧和山東。近年來,生境惡化和過度捕撈導致我國蛤蜊資源量減少。我們利用Illumina Hiseq-2500平臺對中國蛤蜊鰓的microRNA轉(zhuǎn)錄組進行測序,運用差異表達尋找對鎘刺激有響應的功能microRNA。結果顯示對照組獲得了14 415 256條clean reads,實驗組獲得了15 570 111條clean reads。在這些reads中一共存在14 584 077小RNA,包括1 898 035條unique小RNA,其中對照組和實驗組共有187 859條unique小RNA。兩個組的小RNA文庫的片段長度分布是相似的,大部分小RNA長度分布在26~27nt。在對照組文庫中最豐富的片段長度是27nt,其次是28nt、26nt和23nt。在實驗組文庫中,數(shù)量最豐富的片段長度是26nt,其次是27nt、28nt和23nt。經(jīng)過對序列前體以及結構特征的分析,發(fā)現(xiàn)這兩個組中一共有50個microRNA,其中已知的是38個,新發(fā)現(xiàn)的是12個。對照組和實驗組microRNA含量最豐富的片段長度是23nt。通過差異表達分析,5個microRNA基因具有顯著性差異且從對照組到實驗組的表達量是上調(diào)的,其余45個沒有顯著性的差異。把這50個序列與中國蛤蜊轉(zhuǎn)錄組進行比對,一共找到了542個靶基因。5個具有表達差異的基因一共比對到11個靶基因。把這11個靶基因與NCBI數(shù)據(jù)庫比對,4個靶基因在COG中得到注釋,1個靶基因在GO中得到注釋,6個靶基因在KEGG中得到注釋,11個靶基因在nr數(shù)據(jù)庫中得到注釋,注釋到的基因有泛素蛋白連接酶E3,Wnt信號通路,G蛋白信號調(diào)控等。
[Abstract]:Mactra chinensis) is a kind of important economic shellfish, distributed in Liaoning and Shandong provinces of China in recent years. Habitat deterioration and overfishing resulted in the reduction of clam resources in China. We sequenced the microRNA transcriptome in the Gill of Chinese clam using Illumina Hiseq-2500 platform. The results showed that the control group obtained 14,415,256 clean readsand the experimental group obtained 15,570,111 clean reads.There were 14 584,077 small RNAs in these reads, including 1 898,035 unique small RNAs. There were 187,859 unique small RNAs in the control group and the experimental group. The fragment length distribution of the small RNA library in the two groups was similar. The most abundant fragment length in the control library was 27nt, followed by 28ntnt 26nt and 23nt. in the experimental group, the most abundant fragment length was 26nt, and the second was 27ntNt 28nt and 23nt.The sequence precursors and structural characteristics were analyzed. We found that there were 50 microRNAs in these two groups, 38 of which were known. The most abundant fragment length of microRNA in control group and experimental group was 23nt.The expression of 5 microRNA genes was significantly different and up-regulated from control group to experimental group by differential expression analysis. There was no significant difference in the remaining 45 sequences. The 50 sequences were compared with the Chinese clam transcriptome. A total of 542 target genes were found. Five differentially expressed genes were compared to 11 target genes. Comparing these 11 target genes with NCBI database, 4 target genes were annotated in COG and 1 target gene was annotated in go. , 6 target genes were annotated in KEGG, 11 target genes were annotated in nr database, The explained genes include Ubiquitin protein ligase E3 Wnt signaling pathway, G protein signal regulation and so on.
【作者單位】： 國家海洋環(huán)境監(jiān)測中心海洋生態(tài)室;大連海洋大學水產(chǎn)與生命學院;
【基金】：國家自然科學基金(31572595) 國家海洋局近岸海域生態(tài)環(huán)境重點實驗室開放基金(201511)
【分類號】：X171.5;S917.4

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