一種基于能量和結(jié)構(gòu)的microRNA成熟體預(yù)測(cè)方法
本文關(guān)鍵詞：基于小波分析與隨機(jī)森林算法的電力電子電路故障診斷，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
《南京大學(xué)》 2011年
一種基于能量和結(jié)構(gòu)的microRNA成熟體預(yù)測(cè)方法
何沉峰
【摘要】：本文完成了一種脊椎動(dòng)物miRNA成熟體預(yù)測(cè)方法,它依據(jù)niRNA在生物體內(nèi)的具體成熟機(jī)制,利用能量和結(jié)構(gòu)的特征,具有較高的準(zhǔn)確度,可以為實(shí)驗(yàn)尋找microRNA提供理論指導(dǎo)。 miRNA作為近年來的研究熱點(diǎn),是一類小分子的非編碼RNA,它通過與mRNA的3’.UTR的特異性結(jié)合而抑制其表達(dá),從而起到調(diào)控基因表達(dá)的作用。該類小分子RNA幾乎參與到生物體的所有細(xì)胞過程中,并在多種物種中展現(xiàn)其調(diào)控功能。檢測(cè)microRNA的實(shí)驗(yàn)方法不可避免地受到microRNA表達(dá)的瞬時(shí)性、組織特異性及miRNA表達(dá)量的限制；近幾年發(fā)展起來的“高通量測(cè)序”技術(shù)又伴隨著數(shù)據(jù)的“龐大性”,因此也需要計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)方法對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行輔助分析。 microRNA的成熟依次經(jīng)歷了Drosha酶和Dicer酶的剪切,并且在剪切過程中都形成了“莖環(huán)結(jié)構(gòu)”,這種“莖環(huán)結(jié)構(gòu)”可以說是判別miRNA及利用計(jì)算機(jī)方法預(yù)測(cè)miRNA成熟體的一個(gè)重要依據(jù)。但由于生物體基因組中有大量的序列可以形成“莖環(huán)結(jié)構(gòu)”,因此miRNA序列必然存在著某種或者某些特征,使得這類分子可以被Drosha酶和Dicer酶識(shí)別,從而產(chǎn)生成熟體：miRNA。當(dāng)前已經(jīng)有多種計(jì)算機(jī)方法通過識(shí)別miRNA成熟體序列的特征來預(yù)測(cè)miRNA前體,還沒有專門設(shè)計(jì)來用于從pri-miRNA序列上發(fā)現(xiàn)成熟體miRNA序列的工具。 針對(duì)上述問題,我們經(jīng)過統(tǒng)計(jì),在pri-miRNA及pre-miRNA序列及結(jié)構(gòu)上發(fā)現(xiàn)了一些具有生物學(xué)意義的特征,并利用這些特征開發(fā)了用于預(yù)測(cè)脊椎動(dòng)物成熟體miRNA的方法MiRmat。該工具可以從pri-miRNA序列上直接預(yù)測(cè)出可能的成熟體,實(shí)驗(yàn)檢測(cè)其預(yù)測(cè)結(jié)果具有較高的精度：對(duì)于Drosha位點(diǎn)預(yù)測(cè)可以達(dá)到84.0%(2nt誤差)的準(zhǔn)確度,對(duì)于Dicer位點(diǎn)預(yù)測(cè)可以達(dá)到92.8%(2nt誤差)的準(zhǔn)確度,并且由于MiRmat的開發(fā)沒有基于物種間的保守性,因此可以被運(yùn)用來預(yù)測(cè)幾乎所有的脊椎動(dòng)物miRNA成熟體。
【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：南京大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2011
【分類號(hào)】：Q522.2
【目錄】：
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本文關(guān)鍵詞：基于小波分析與隨機(jī)森林算法的電力電子電路故障診斷，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
，本文編號(hào)：196795
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