豬橫紋肌高表達(dá)新基因的克
發(fā)布時(shí)間:2021-10-07 09:33
隨著人們生活水平的提高,人們對(duì)豬肉品質(zhì)的要求也越來越高,如何提高肉質(zhì)是當(dāng)前畜牧業(yè)發(fā)展的主要任務(wù)之一。而以往的研究大都集中在肉質(zhì)的表觀指標(biāo)的分析以及屠宰后肉品的加工上,而對(duì)影響肉質(zhì)好壞的分子機(jī)理研究較少。因此,研究影響肉質(zhì)的分子機(jī)理是非常重要的,特別是研究肌纖維的形成及其組成的分子機(jī)理,不僅可以幫助人們了解動(dòng)物肌肉生長(zhǎng)發(fā)育的一般模式,而且可以從動(dòng)物生長(zhǎng)發(fā)育過程中,從肌肉的形成開始,通過適當(dāng)?shù)耐緩秸{(diào)控肌肉生長(zhǎng)來改善肉質(zhì)。本研究利用生物信息學(xué)與分子生物學(xué)技術(shù)相結(jié)合的方法,在豬中克隆和定位了四個(gè)在橫紋肌中高表達(dá)的基因,并作了一些初步的功能研究與預(yù)測(cè),取得了如下結(jié)果:1.結(jié)合豬EST數(shù)據(jù)庫的信息和cDNA末端快速擴(kuò)增(RACE)的方法,鑒定了豬ANKRD2基因的全長(zhǎng)cDNA序列,并得到了ANKRD23和ASB15兩個(gè)基因的部分cDNA序列。同時(shí)利用生物信息學(xué)方法對(duì)ANKRD2,ANKRD23,ASB15三個(gè)基因的CDS全長(zhǎng)序列進(jìn)行了分析,推導(dǎo)其氨基酸序列和可能的功能域,為進(jìn)一步研究基因的功能奠定了基礎(chǔ)。2.利用體細(xì)胞雜種板(SCHP)和輻射雜種板(IMpRH)對(duì)ANKRD1,ANKRD2,ANK...
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:78 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 研究問題的由來
1.2 豬肌肉品質(zhì)的相關(guān)研究
1.2.1 肌纖維性狀及其與肉質(zhì)的關(guān)系
1.2.2 影響肉質(zhì)的其他主要性狀
1.2.2.1 pH值(pH value)
1.2.2.2 肉色(meat color)
1.2.2.3 嫩度(tenderness)
1.2.2.4 系水力(water-holding capacity,WHC)
1.2.2.5 風(fēng)味(navor)
1.3 豬肌肉品質(zhì)相關(guān)候選基因研究進(jìn)展
1.3.1 肌纖維生長(zhǎng)發(fā)育候選基因的研究進(jìn)展
1.3.1.1 MyoD家族
1.3.1.2 肌肉生長(zhǎng)抑素(Myostatin)
1.3.1.3 鈣蛋白抑制蛋白(CAST)
1.3.2 其他相關(guān)候選基因的研究進(jìn)展
1.3.2.1 氟烷基因
1.3.2.2 酸肉基因
1.3.2.3 影響肌內(nèi)脂肪含量的基因
1.4 基于EST的新基因分離方法
1.4.1 依據(jù)
1.4.2 表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)
1.4.3 基因的電子克隆
1.5 研究的四個(gè)基因的進(jìn)展
1.5.1 MARPs(肌肉錨定重復(fù)蛋白家族)
1.5.1.1 ANKRD1(錨定重復(fù)蛋白1)
1.5.1.2 ANKRD2(錨定重復(fù)蛋白2)
1.5.1.3 ANKRD23(錨定重復(fù)蛋白23)
1.5.2 ASB15(Ankyrin repeat and SOCS box protein 15)
2 研究的目的和意義
3 材料與方法
3.1 材料
3.1.1 組織樣品
3.1.2 DNA樣品
3.1.3 主要試劑
3.1.4 主要試劑的配制
3.1.5 菌株
3.1.6 酶和試劑盒
3.1.7 主要儀器設(shè)備
3.1.8 主要分子生物學(xué)軟件、統(tǒng)計(jì)軟件和相關(guān)網(wǎng)站
3.2 方法
3.2.1 候選基因的克隆方法
3.2.1.1 EST-重疊群的構(gòu)建
3.2.1.2 引物設(shè)計(jì)
3.2.1.3 PCR擴(kuò)增條件
3.2.1.4 PCR產(chǎn)物的純化、克隆和測(cè)序
3.2.3 用RACE方法獲取ANKRD2基因的全長(zhǎng)cDNA
3.2.4 基因染色體定位的SCHP和IMpRH法
3.2.4.1 引物設(shè)計(jì)
3.2.4.2 PCR擴(kuò)增分型方法
3.2.4.3 數(shù)據(jù)分析方法
3.2.5 基因組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜研究
3.2.5.1 總RNA的提取及檢測(cè)
3.2.5.2 反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)(RT-PCR)
3.2.5.3 半定量PT-PCR進(jìn)行表達(dá)譜分析
3.2.5.4 通過Real-time Q-PCR進(jìn)行時(shí)期表達(dá)譜分析
3.2.6 基因的多態(tài)性檢測(cè)方法
3.2.6.1 PCR反應(yīng)
3.2.6.2 RFLP方法
3.2.7 基因多態(tài)性與性狀的關(guān)聯(lián)分析方法
3.2.8 肌纖維性狀測(cè)定
4 結(jié)果
4.1 基因的克隆與eDNA全長(zhǎng)獲取
4.1.1 RT-PCR擴(kuò)增的結(jié)果
4.1.2 豬ANKRD2基因cDNA與氨基酸序列分析結(jié)果
4.1.3 豬ANKRD23基因cDNA與氨基酸序列分析結(jié)果
4.1.4 豬ASB15基因cDNA與氨基酸序列分析結(jié)果
4.2 基因的染色體定位結(jié)果
4.2.1 染色體區(qū)域定位結(jié)果
4.2.1.1 ANKRD1基因染色體區(qū)域定位結(jié)果
4.2.1.2 其它基因染色體區(qū)域定位結(jié)果
4.2.2 精細(xì)定位結(jié)果
4.3 基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.3.1 ANKRD1基因的組織表達(dá)譜結(jié)果
4.3.2 ANKRD2基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.3.2.1 半定量RT-PCR的方法進(jìn)行表達(dá)譜分析
4.3.2.2 通過Real-time Q-PCR進(jìn)行時(shí)期表達(dá)譜分析
4.3.3 ANKRD23基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.3.4 ASB15基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.4 豬ANKRD2基因遺傳多態(tài)性檢測(cè)分析結(jié)果
4.4.1 ANKRD2基因兩個(gè)位點(diǎn)的多態(tài)性檢測(cè)
4.4.2 遺傳變異檢測(cè)結(jié)果
4.4.3 基因在不同豬群中的多態(tài)性分析結(jié)果
4.5 豬ANKRD2的遺傳變異與部分經(jīng)濟(jì)性狀的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
4.6 通城豬肌纖維形念測(cè)定結(jié)果及與其ANKRD2基因的關(guān)系研究
4.6.1 通城豬肌纖維形態(tài)測(cè)定結(jié)果
4.6.2 ANKRD2基因多態(tài)性檢測(cè)分析結(jié)果
5 討論
5.1 關(guān)于基因的全長(zhǎng)獲取及分析
5.2 關(guān)于四個(gè)基因的物理定位結(jié)果
5.3 關(guān)于基因的組織及時(shí)期表達(dá)譜
5.3.1 通過半定量RT-PCR的方法研究基因的組織及時(shí)期表達(dá)譜
5.3.2 通過Real-time Q-PCR進(jìn)行時(shí)期表達(dá)譜
5.4 關(guān)于ANKRD2基因的多態(tài)檢測(cè)及性狀關(guān)聯(lián)分析
5.4.1 ANKRD2基因第五外顯子的多態(tài)檢測(cè)及性狀關(guān)聯(lián)分析
5.4.2 ANKRD2基因第八外顯子的多態(tài)檢測(cè)及性狀關(guān)聯(lián)分析
5.5 關(guān)于肌纖維形念研究
6 小結(jié)
6.1 本研究獲得的結(jié)果
6.2 本研究的創(chuàng)新點(diǎn)
6.3 本研究不足之處及下一步值得研究的工作
參考文獻(xiàn)
附錄1 縮略詞表
附錄2 主要性狀的中英文對(duì)照和縮寫
附錄3 ANKRD2基因的mRNA序列
附錄4 ANKRD23基因的部分mRNA序列
附錄5 ASB15基因的部分mRNA序列
在讀期間發(fā)表(待發(fā)表)論文題錄
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]豬肌纖維發(fā)育及其與肉質(zhì)的關(guān)系[J]. 劉居鵬,單安山,彭濟(jì)昌. 中國(guó)飼料. 2006(16)
[2]豬肉基因(組)研究進(jìn)展及相關(guān)問題探討[J]. 朱猛進(jìn),劉榜,李奎. 遺傳. 2005(01)
[3]豬肉品質(zhì)與遺傳特性[J]. 李婉濤. 中國(guó)食品學(xué)報(bào). 2004(03)
[4]導(dǎo)致豬肉系水力下降的主要因素及防制措施[J]. 楊明升,劉紅林,王林云. 畜牧與獸醫(yī). 2002(07)
[5]草魚段氣調(diào)包裝袋內(nèi)CO2動(dòng)態(tài)變化與魚體肌肉表面pH值關(guān)系[J]. 周冬香,周培根,陳椒. 上海水產(chǎn)大學(xué)學(xué)報(bào). 2002(02)
[6]豬肌肉生長(zhǎng)抑制素基因 5′調(diào)控區(qū)T→A突變與生長(zhǎng)性狀的關(guān)系分析[J]. 姜運(yùn)良,李寧,杜立新,吳常信. 遺傳學(xué)報(bào). 2002(05)
[7]豬MSTN基因多態(tài)性及其SNPs的研究[J]. 李紹華,熊遠(yuǎn)著,鄭嶸,李愛云,鄧昌彥,蔣思文,雷明剛,文雅芹,曹國(guó)春. 遺傳學(xué)報(bào). 2002(04)
[8]豬肉品質(zhì)特征的形成原理[J]. 陳代文,張克英,胡祖禹. 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2002(01)
[9]豬脂肪沉積相關(guān)的生化特征研究[J]. 楊在清,熊遠(yuǎn)著,鄭用鏈,夏濤,甘莉,王績(jī),袁繼紅,朱意,李維琳. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2001(05)
[10]載脂蛋白E基因多態(tài)性與血脂和冠心病相關(guān)性研究[J]. 孫紅霞,傅桂蓮. 北華大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2001(03)
博士論文
[1]豬骨骼肌生長(zhǎng)及肌纖維類型分布的分子機(jī)理研究[D]. 楊曉靜.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[2]豬12號(hào)染色體上10個(gè)新基因的分離、定位及其與部分性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 楊金娥.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[3]豬PA28和PA700基因家族相關(guān)基因的分離、定位、SNPs檢測(cè)及其與性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 王彥芳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
碩士論文
[1]豬五個(gè)基因的分離、輻射雜種板定位及其與經(jīng)濟(jì)性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 林麗.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[2]3個(gè)親本品種和4個(gè)雜交豬種肌肉的組織生化研究[D]. 李良華.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2003
本文編號(hào):3421793
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:78 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 研究問題的由來
1.2 豬肌肉品質(zhì)的相關(guān)研究
1.2.1 肌纖維性狀及其與肉質(zhì)的關(guān)系
1.2.2 影響肉質(zhì)的其他主要性狀
1.2.2.1 pH值(pH value)
1.2.2.2 肉色(meat color)
1.2.2.3 嫩度(tenderness)
1.2.2.4 系水力(water-holding capacity,WHC)
1.2.2.5 風(fēng)味(navor)
1.3 豬肌肉品質(zhì)相關(guān)候選基因研究進(jìn)展
1.3.1 肌纖維生長(zhǎng)發(fā)育候選基因的研究進(jìn)展
1.3.1.1 MyoD家族
1.3.1.2 肌肉生長(zhǎng)抑素(Myostatin)
1.3.1.3 鈣蛋白抑制蛋白(CAST)
1.3.2 其他相關(guān)候選基因的研究進(jìn)展
1.3.2.1 氟烷基因
1.3.2.2 酸肉基因
1.3.2.3 影響肌內(nèi)脂肪含量的基因
1.4 基于EST的新基因分離方法
1.4.1 依據(jù)
1.4.2 表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)
1.4.3 基因的電子克隆
1.5 研究的四個(gè)基因的進(jìn)展
1.5.1 MARPs(肌肉錨定重復(fù)蛋白家族)
1.5.1.1 ANKRD1(錨定重復(fù)蛋白1)
1.5.1.2 ANKRD2(錨定重復(fù)蛋白2)
1.5.1.3 ANKRD23(錨定重復(fù)蛋白23)
1.5.2 ASB15(Ankyrin repeat and SOCS box protein 15)
2 研究的目的和意義
3 材料與方法
3.1 材料
3.1.1 組織樣品
3.1.2 DNA樣品
3.1.3 主要試劑
3.1.4 主要試劑的配制
3.1.5 菌株
3.1.6 酶和試劑盒
3.1.7 主要儀器設(shè)備
3.1.8 主要分子生物學(xué)軟件、統(tǒng)計(jì)軟件和相關(guān)網(wǎng)站
3.2 方法
3.2.1 候選基因的克隆方法
3.2.1.1 EST-重疊群的構(gòu)建
3.2.1.2 引物設(shè)計(jì)
3.2.1.3 PCR擴(kuò)增條件
3.2.1.4 PCR產(chǎn)物的純化、克隆和測(cè)序
3.2.3 用RACE方法獲取ANKRD2基因的全長(zhǎng)cDNA
3.2.4 基因染色體定位的SCHP和IMpRH法
3.2.4.1 引物設(shè)計(jì)
3.2.4.2 PCR擴(kuò)增分型方法
3.2.4.3 數(shù)據(jù)分析方法
3.2.5 基因組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜研究
3.2.5.1 總RNA的提取及檢測(cè)
3.2.5.2 反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)(RT-PCR)
3.2.5.3 半定量PT-PCR進(jìn)行表達(dá)譜分析
3.2.5.4 通過Real-time Q-PCR進(jìn)行時(shí)期表達(dá)譜分析
3.2.6 基因的多態(tài)性檢測(cè)方法
3.2.6.1 PCR反應(yīng)
3.2.6.2 RFLP方法
3.2.7 基因多態(tài)性與性狀的關(guān)聯(lián)分析方法
3.2.8 肌纖維性狀測(cè)定
4 結(jié)果
4.1 基因的克隆與eDNA全長(zhǎng)獲取
4.1.1 RT-PCR擴(kuò)增的結(jié)果
4.1.2 豬ANKRD2基因cDNA與氨基酸序列分析結(jié)果
4.1.3 豬ANKRD23基因cDNA與氨基酸序列分析結(jié)果
4.1.4 豬ASB15基因cDNA與氨基酸序列分析結(jié)果
4.2 基因的染色體定位結(jié)果
4.2.1 染色體區(qū)域定位結(jié)果
4.2.1.1 ANKRD1基因染色體區(qū)域定位結(jié)果
4.2.1.2 其它基因染色體區(qū)域定位結(jié)果
4.2.2 精細(xì)定位結(jié)果
4.3 基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.3.1 ANKRD1基因的組織表達(dá)譜結(jié)果
4.3.2 ANKRD2基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.3.2.1 半定量RT-PCR的方法進(jìn)行表達(dá)譜分析
4.3.2.2 通過Real-time Q-PCR進(jìn)行時(shí)期表達(dá)譜分析
4.3.3 ANKRD23基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.3.4 ASB15基因的組織表達(dá)譜與時(shí)期表達(dá)譜結(jié)果
4.4 豬ANKRD2基因遺傳多態(tài)性檢測(cè)分析結(jié)果
4.4.1 ANKRD2基因兩個(gè)位點(diǎn)的多態(tài)性檢測(cè)
4.4.2 遺傳變異檢測(cè)結(jié)果
4.4.3 基因在不同豬群中的多態(tài)性分析結(jié)果
4.5 豬ANKRD2的遺傳變異與部分經(jīng)濟(jì)性狀的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
4.6 通城豬肌纖維形念測(cè)定結(jié)果及與其ANKRD2基因的關(guān)系研究
4.6.1 通城豬肌纖維形態(tài)測(cè)定結(jié)果
4.6.2 ANKRD2基因多態(tài)性檢測(cè)分析結(jié)果
5 討論
5.1 關(guān)于基因的全長(zhǎng)獲取及分析
5.2 關(guān)于四個(gè)基因的物理定位結(jié)果
5.3 關(guān)于基因的組織及時(shí)期表達(dá)譜
5.3.1 通過半定量RT-PCR的方法研究基因的組織及時(shí)期表達(dá)譜
5.3.2 通過Real-time Q-PCR進(jìn)行時(shí)期表達(dá)譜
5.4 關(guān)于ANKRD2基因的多態(tài)檢測(cè)及性狀關(guān)聯(lián)分析
5.4.1 ANKRD2基因第五外顯子的多態(tài)檢測(cè)及性狀關(guān)聯(lián)分析
5.4.2 ANKRD2基因第八外顯子的多態(tài)檢測(cè)及性狀關(guān)聯(lián)分析
5.5 關(guān)于肌纖維形念研究
6 小結(jié)
6.1 本研究獲得的結(jié)果
6.2 本研究的創(chuàng)新點(diǎn)
6.3 本研究不足之處及下一步值得研究的工作
參考文獻(xiàn)
附錄1 縮略詞表
附錄2 主要性狀的中英文對(duì)照和縮寫
附錄3 ANKRD2基因的mRNA序列
附錄4 ANKRD23基因的部分mRNA序列
附錄5 ASB15基因的部分mRNA序列
在讀期間發(fā)表(待發(fā)表)論文題錄
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]豬肌纖維發(fā)育及其與肉質(zhì)的關(guān)系[J]. 劉居鵬,單安山,彭濟(jì)昌. 中國(guó)飼料. 2006(16)
[2]豬肉基因(組)研究進(jìn)展及相關(guān)問題探討[J]. 朱猛進(jìn),劉榜,李奎. 遺傳. 2005(01)
[3]豬肉品質(zhì)與遺傳特性[J]. 李婉濤. 中國(guó)食品學(xué)報(bào). 2004(03)
[4]導(dǎo)致豬肉系水力下降的主要因素及防制措施[J]. 楊明升,劉紅林,王林云. 畜牧與獸醫(yī). 2002(07)
[5]草魚段氣調(diào)包裝袋內(nèi)CO2動(dòng)態(tài)變化與魚體肌肉表面pH值關(guān)系[J]. 周冬香,周培根,陳椒. 上海水產(chǎn)大學(xué)學(xué)報(bào). 2002(02)
[6]豬肌肉生長(zhǎng)抑制素基因 5′調(diào)控區(qū)T→A突變與生長(zhǎng)性狀的關(guān)系分析[J]. 姜運(yùn)良,李寧,杜立新,吳常信. 遺傳學(xué)報(bào). 2002(05)
[7]豬MSTN基因多態(tài)性及其SNPs的研究[J]. 李紹華,熊遠(yuǎn)著,鄭嶸,李愛云,鄧昌彥,蔣思文,雷明剛,文雅芹,曹國(guó)春. 遺傳學(xué)報(bào). 2002(04)
[8]豬肉品質(zhì)特征的形成原理[J]. 陳代文,張克英,胡祖禹. 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2002(01)
[9]豬脂肪沉積相關(guān)的生化特征研究[J]. 楊在清,熊遠(yuǎn)著,鄭用鏈,夏濤,甘莉,王績(jī),袁繼紅,朱意,李維琳. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2001(05)
[10]載脂蛋白E基因多態(tài)性與血脂和冠心病相關(guān)性研究[J]. 孫紅霞,傅桂蓮. 北華大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2001(03)
博士論文
[1]豬骨骼肌生長(zhǎng)及肌纖維類型分布的分子機(jī)理研究[D]. 楊曉靜.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[2]豬12號(hào)染色體上10個(gè)新基因的分離、定位及其與部分性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 楊金娥.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[3]豬PA28和PA700基因家族相關(guān)基因的分離、定位、SNPs檢測(cè)及其與性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 王彥芳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
碩士論文
[1]豬五個(gè)基因的分離、輻射雜種板定位及其與經(jīng)濟(jì)性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 林麗.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[2]3個(gè)親本品種和4個(gè)雜交豬種肌肉的組織生化研究[D]. 李良華.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2003
本文編號(hào):3421793
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