本文選題：大腸埃希菌 + 全基因組��； 參考：《中國人獸共患病學報》2016年08期

【摘要】：目的檢測1株多耐藥大腸埃希菌NB8株的遺傳學背景。方法病原分離自2012年4月寧波市第一醫(yī)院住院患者尿液,作16SrDNA和gyrA基因測序、BLASTn比對確認為大腸埃希菌,采用Illumina HiSeq與Ion Torrent PGM兩種大規(guī)模并行測序儀進行全基因組分析,再行人工測序。最后NB8株和9株已完成全基因組測序的大腸埃希菌耐藥基因的比較基因組學研究。結果多耐藥大腸埃希菌NB8株全基因組測序得到一條推定的染色體序列,長4 550 369bp(內含14個缺口),得到一條推定的質粒序列,長635 377bp(內含33個缺口)。從NB8株全基因組數據中挖掘出了β-內酰胺類、氨基糖苷類、喹諾酮類、大環(huán)內酯類、磺胺類、四環(huán)素類、多粘菌素的耐藥基因,并挖掘出接合性質粒、轉座子、插入序列、整合子的遺傳標記,以及5大類外排泵基因。結論多耐藥大腸埃希菌NB8株遺傳學背景明確,主動外排機制增強也會導致或者增強NB8株的耐藥性。質粒、轉座子和整合子等可移動遺傳元件可以使細菌的耐藥性得以快速傳播,使受體菌表現為多重耐藥。
[Abstract]:Objective to detect the genetic background of a multidrug resistant Escherichia coli strain NB 8. Methods the pathogens were isolated from the urine of the inpatients in the first Hospital of Ningbo City in April 2012. The results were compared with 16s rDNA and gyrA gene sequencing and identified as Escherichia coli. Two large-scale parallel sequencing instruments, Illumina HiSeq and Ion Torrent PGM, were used to analyze the whole genome of Escherichia coli. Then artificial sequencing was performed. Finally, the comparative genomics study of drug-resistant genes of Escherichia coli was carried out in Nb8 and 9 strains of Escherichia coli. Results A putative chromosome sequence was obtained by sequencing the whole genome of multidrug resistant Escherichia coli strain NB8, with a length of 4 550 369bp (containing 14 notches) and a deduced plasmid sequence with a length of 635 377bp (containing 33 gaps). 尾 -lactams, aminoglycosides, quinolones, macrolides, sulfonamides, tetracyclines, polymyxin were extracted from genomic data of Nb8 strain. The genetic markers of integron, and 5 kinds of efflux pump genes. Conclusion the genetic background of multidrug resistant Escherichia coli strain NB8 is clear, and the enhancement of active efflux mechanism will lead to or enhance the drug resistance of Nb8 strain. Transportable genetic elements such as plasmids, transposons and integrons can rapidly spread the drug resistance of bacteria and make the bacteria multidrug resistant.
【作者單位】： 寧波市第一醫(yī)院檢驗科;無錫市克隆遺傳技術研究所生物信息學室;南京醫(yī)科大學附屬無錫人民醫(yī)院醫(yī)學檢驗科;杭州市余杭區(qū)中醫(yī)院檢驗科;
【基金】：寧波市自然科學基金(No.2012A610186) 浙江省中醫(yī)藥基金(No.2011ZB126)資助~~
【分類號】：R440

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 張昭勇;張吉才;杜毅;;哌拉西林/他唑巴坦耐藥大腸埃希菌感染的危險因素分析[J];國際檢驗醫(yī)學雜志;2012年21期

2 云云;汪長中;;中藥抗耐藥大腸埃希菌研究進展[J];中國微生態(tài)學雜志;2013年02期

3 陸桃紅;田鳳喜;高靈寶;朱曉麗;陳亞寶;;臨床多重耐藥大腸埃希菌磷霉素體外敏感性研究[J];海南醫(yī)學;2009年07期

4 鄒永勝;王旭;黃永茂;游春芳;陳楓;鐘利;向成玉;陳莊;;羰酰氰間氯苯腙對多重耐藥大腸埃希菌最低抑菌濃度的影響[J];西部醫(yī)學;2012年02期

5 張華;張昭勇;楊宏偉;;哌拉西林/他唑巴坦耐藥大腸埃希菌感染預后及危險因素分析[J];湖北醫(yī)藥學院學報;2012年03期

6 陳意振;張亞鳳;李潮;;耐藥大腸埃希菌獲得性耐藥基因及可移動遺傳元件檢測分析[J];中華醫(yī)院感染學雜志;2013年09期

7 王輝,陳民鈞;環(huán)丙沙星耐藥大腸埃希菌30株的遺傳特征[J];中國抗感染化療雜志;2002年02期

8 李彬;黃心宏;傅薔;曹穎平;潘玉紅;;多重耐藥大腸埃希菌基因分型及其與耐藥表型的關系[J];福建醫(yī)科大學學報;2010年01期

9 張昭勇;楊宏偉;張珍;;環(huán)丙沙星耐藥大腸埃希菌尿路感染現狀及危險因素[J];現代中西醫(yī)結合雜志;2013年04期

10 茍建軍;張志堅;郭小兵;;鄭州某醫(yī)院多重耐藥大腸埃希菌耐藥性分析[J];鄭州大學學報(醫(yī)學版);2010年05期

相關會議論文 前4條

1 余道軍;徐葉艷;;蟾酥逆轉大腸埃希菌耐藥性的研究[A];2009年浙江省檢驗醫(yī)學學術年會論文匯編[C];2009年

2 趙旺勝;翁幸鐾;糜祖煌;;基于管家基因和水平轉移基因的菌株親緣性分析:60株耐藥大腸埃希菌研究[A];中華醫(yī)學會第九次全國檢驗醫(yī)學學術會議暨中國醫(yī)院協會臨床檢驗管理專業(yè)委員會第六屆全國臨床檢驗實驗室管理學術會議論文匯編[C];2011年

3 陳國忠;汪一萍;魯勇;應建飛;俞燕紅;安敏飛;周成杰;賀明陽;;多耐藥大腸埃希菌11種抗菌制劑外排泵基因研究[A];2011年浙江省檢驗醫(yī)學學術年會論文匯編[C];2011年

4 陳國忠;安敏飛;周成杰;汪一萍;魯勇;應建飛;俞燕紅;賀明陽;;多耐藥大腸埃希菌毒力基因研究[A];首屆西湖重癥醫(yī)學論壇暨2011年浙江省重癥醫(yī)學學術年會論文匯編[C];2011年

相關碩士學位論文 前1條

1 張靜;多重耐藥大腸埃希菌喹諾酮類藥物外排泵抑制劑中藥活性成分的篩選及其作用機制研究[D];西南大學;2012年

，

本文編號：2027107