本文選題：大腸埃希菌 + 全基因組　； 參考：《中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào)》2016年08期

【摘要】：目的檢測(cè)1株多耐藥大腸埃希菌NB8株的遺傳學(xué)背景。方法病原分離自2012年4月寧波市第一醫(yī)院住院患者尿液,作16SrDNA和gyrA基因測(cè)序、BLASTn比對(duì)確認(rèn)為大腸埃希菌,采用Illumina HiSeq與Ion Torrent PGM兩種大規(guī)模并行測(cè)序儀進(jìn)行全基因組分析,再行人工測(cè)序。最后NB8株和9株已完成全基因組測(cè)序的大腸埃希菌耐藥基因的比較基因組學(xué)研究。結(jié)果多耐藥大腸埃希菌NB8株全基因組測(cè)序得到一條推定的染色體序列,長(zhǎng)4 550 369bp(內(nèi)含14個(gè)缺口),得到一條推定的質(zhì)粒序列,長(zhǎng)635 377bp(內(nèi)含33個(gè)缺口)。從NB8株全基因組數(shù)據(jù)中挖掘出了β-內(nèi)酰胺類(lèi)、氨基糖苷類(lèi)、喹諾酮類(lèi)、大環(huán)內(nèi)酯類(lèi)、磺胺類(lèi)、四環(huán)素類(lèi)、多粘菌素的耐藥基因,并挖掘出接合性質(zhì)粒、轉(zhuǎn)座子、插入序列、整合子的遺傳標(biāo)記,以及5大類(lèi)外排泵基因。結(jié)論多耐藥大腸埃希菌NB8株遺傳學(xué)背景明確,主動(dòng)外排機(jī)制增強(qiáng)也會(huì)導(dǎo)致或者增強(qiáng)NB8株的耐藥性。質(zhì)粒、轉(zhuǎn)座子和整合子等可移動(dòng)遺傳元件可以使細(xì)菌的耐藥性得以快速傳播,使受體菌表現(xiàn)為多重耐藥。
[Abstract]:Objective to detect the genetic background of a multidrug resistant Escherichia coli strain NB 8. Methods the pathogens were isolated from the urine of the inpatients in the first Hospital of Ningbo City in April 2012. The results were compared with 16s rDNA and gyrA gene sequencing and identified as Escherichia coli. Two large-scale parallel sequencing instruments, Illumina HiSeq and Ion Torrent PGM, were used to analyze the whole genome of Escherichia coli. Then artificial sequencing was performed. Finally, the comparative genomics study of drug-resistant genes of Escherichia coli was carried out in Nb8 and 9 strains of Escherichia coli. Results A putative chromosome sequence was obtained by sequencing the whole genome of multidrug resistant Escherichia coli strain NB8, with a length of 4 550 369bp (containing 14 notches) and a deduced plasmid sequence with a length of 635 377bp (containing 33 gaps). 尾 -lactams, aminoglycosides, quinolones, macrolides, sulfonamides, tetracyclines, polymyxin were extracted from genomic data of Nb8 strain. The genetic markers of integron, and 5 kinds of efflux pump genes. Conclusion the genetic background of multidrug resistant Escherichia coli strain NB8 is clear, and the enhancement of active efflux mechanism will lead to or enhance the drug resistance of Nb8 strain. Transportable genetic elements such as plasmids, transposons and integrons can rapidly spread the drug resistance of bacteria and make the bacteria multidrug resistant.
【作者單位】： 寧波市第一醫(yī)院檢驗(yàn)科;無(wú)錫市克隆遺傳技術(shù)研究所生物信息學(xué)室;南京醫(yī)科大學(xué)附屬無(wú)錫人民醫(yī)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)科;杭州市余杭區(qū)中醫(yī)院檢驗(yàn)科;
【基金】：寧波市自然科學(xué)基金(No.2012A610186) 浙江省中醫(yī)藥基金(No.2011ZB126)資助~~
【分類(lèi)號(hào)】：R440

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本文編號(hào)：2027107