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氣候模式模擬中海量數(shù)據(jù)的并行抽取與可視化分析診斷

發(fā)布時(shí)間:2019-07-20 12:05
【摘要】:在地球動(dòng)力學(xué)和氣候模擬等領(lǐng)域,數(shù)值模擬產(chǎn)生的數(shù)據(jù)規(guī)模達(dá)到Tb至Pb量級(jí)。實(shí)現(xiàn)這些海量數(shù)據(jù)的實(shí)時(shí)可視化和實(shí)時(shí)診斷分析面臨很大的困難,時(shí)空多尺度數(shù)據(jù)抽取可以解決這一瓶頸。高精度數(shù)據(jù)的可視化結(jié)果展示需要高分辨率的顯示設(shè)備,并行的大屏幕顯示技術(shù)是解決這一問(wèn)題的有效手段。地球科學(xué)數(shù)值模擬、并行數(shù)據(jù)抽取和高分辨率顯示都需要搭建高性能計(jì)算機(jī)集群。本文在基于Lagrange插值的多維度、多尺度、多分辨率并行數(shù)據(jù)抽取算法的同時(shí),利用并行計(jì)算節(jié)點(diǎn)及LCD顯示器,基于Rocks cluster系統(tǒng)搭建起一個(gè)176核,4×10×1024×1280分辨率的高性能計(jì)算模擬、數(shù)據(jù)抽取和并行顯示輸出的集成平臺(tái),并將該平臺(tái)成功應(yīng)用到氣候模式模擬產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)的并行抽取和并行顯示。
【圖文】:
圖3并行數(shù)據(jù)抽取算法對(duì)海嘯模擬數(shù)據(jù)的抽。ǎ幔槿毡镜匦螆D;(b)為抽取后的日本地形圖;(c)為區(qū)域抽取后的日本地形圖;(d)為對(duì)感興趣區(qū)域抽取的結(jié)果2大規(guī)模并行顯示系統(tǒng)的搭建
所示;也可以把感興趣的異常區(qū)域加密抽取,如圖3(d)所示。這樣就減少了數(shù)據(jù)的量級(jí)。數(shù)據(jù)量可以降低到原來(lái)的6.5%,這一比例還可以隨著單個(gè)數(shù)據(jù)的變量增加而減少。對(duì)于時(shí)間步比較多的數(shù)據(jù),其數(shù)據(jù)減少的絕對(duì)值是非常可觀的。數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)可視化的可能性也就大大的提高。圖3并行數(shù)據(jù)抽取算法對(duì)海嘯模擬數(shù)據(jù)的抽。ǎ幔槿毡镜匦螆D;(b)為抽取后的日本地形圖;(c)為區(qū)域抽取后的日本地形圖;(d)為對(duì)感興趣區(qū)域抽取的結(jié)果2大規(guī)模并行顯示系統(tǒng)的搭建隨著計(jì)算機(jī)計(jì)算能力和存儲(chǔ)能力以及并行技術(shù)的飛速發(fā)展,科學(xué)計(jì)算所處理的數(shù)據(jù)量越來(lái)越大,在生物技術(shù)、氣象、核技術(shù)、流體力學(xué)等應(yīng)用領(lǐng)域,數(shù)據(jù)存儲(chǔ)量已達(dá)到Tb至Pb級(jí)。要精確地顯示出這些數(shù)據(jù),目前的單臺(tái)顯示設(shè)備遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足要求。建立大規(guī)模并行顯示系統(tǒng),已成為可視化和虛擬現(xiàn)實(shí)技術(shù)發(fā)展的迫切需求[5]。大屏幕顯示墻技術(shù)是目前國(guó)內(nèi)外研究的熱點(diǎn)之一,本文用11個(gè)集群節(jié)點(diǎn)驅(qū)動(dòng)40個(gè)顯示器。2.1硬件環(huán)境系統(tǒng)硬件選擇基于性價(jià)比以及可擴(kuò)展性的考慮,既要考慮計(jì)算機(jī)的性能,還要便于技術(shù)追蹤。本文選擇普通的Intel架構(gòu)并行計(jì)算機(jī)集群[6]和顯示器來(lái)構(gòu)建大規(guī)模并行顯示系統(tǒng)。這樣一來(lái),可大大降低了系統(tǒng)的成本,如圖4所示。整個(gè)系統(tǒng)由11臺(tái)計(jì)算機(jī)組成,其中10臺(tái)計(jì)算機(jī)作為大屏幕系統(tǒng)的繪制和顯示節(jié)點(diǎn)(Tilenode),1個(gè)節(jié)點(diǎn)作為控制節(jié)點(diǎn)(Frontendnode),主節(jié)點(diǎn)控制子節(jié)點(diǎn)。11臺(tái)機(jī)子主板都是超微服務(wù)器主板。每臺(tái)計(jì)算機(jī)配置兩個(gè)8核CPU,一塊NVIDIAQuadroNVS440四路輸出顯卡。主節(jié)點(diǎn)的硬盤(pán)為3塊2T
圖4大規(guī)模并行顯示系統(tǒng)物理結(jié)構(gòu)2.2軟件環(huán)境
通的液晶顯示器拼在一起,在選擇顯示器時(shí)選擇盡可能邊框窄的顯示器。系統(tǒng)采用41個(gè)19寸普通的BenQ顯示器,一個(gè)作為控制節(jié)點(diǎn)的控制端,其余40個(gè)顯示器拼接在一起,構(gòu)成一個(gè)4×10的顯示墻。每個(gè)顯示器的分辨率為1280×1024,最高分辨率可達(dá)40×1024×1280即5242萬(wàn)像素。圖4大規(guī)模并行顯示系統(tǒng)物理結(jié)構(gòu)2.2軟件環(huán)境目前用于大規(guī)模顯示的軟件有XDMX[7]、SAGE[8]、CGLX[9]、Chromium[10]等,這些軟件都是基于Linux系統(tǒng)開(kāi)發(fā)的。XDMX技術(shù)是一個(gè)代理X服務(wù)器,它提供了對(duì)連接在多臺(tái)不同機(jī)器上的多頭支持(其中每臺(tái)機(jī)器都運(yùn)行著一個(gè)典型的X服務(wù)器),結(jié)合使用Xin-erama[11],這樣多個(gè)機(jī)器上的多個(gè)顯示就可以形成一個(gè)統(tǒng)一的虛擬桌面。XDMX雖然可以實(shí)現(xiàn)大規(guī)模高分辨率顯示,但并不是并行顯示的,實(shí)際的渲染和繪制都是在主節(jié)點(diǎn)上完成的,這就要求主節(jié)點(diǎn)的配置要特別好。據(jù)日本同步輻射研究所(JASRI)測(cè)定[12],打開(kāi)一個(gè)12561×3350像素11M的JPEG格式圖片,,使用XDMX+Linux系統(tǒng)打開(kāi)用時(shí)20s,而RocksCluster+VizRoll系統(tǒng)只用時(shí)2s。因此,XDMX技術(shù)對(duì)海量數(shù)據(jù)的實(shí)時(shí)可視化XD-MX技術(shù)有心無(wú)力。SAGE是由美國(guó)芝加哥大學(xué)電子可視化實(shí)驗(yàn)室(EVL)開(kāi)發(fā),采用圖像流架構(gòu)實(shí)現(xiàn)百萬(wàn)級(jí)別以上的顯示像素能力的協(xié)同科研可視化環(huán)境,用于高清視頻和圖像的可視化研究。SAGE的軟件相對(duì)單一,它所支持的軟件均需要在SAGE函數(shù)庫(kù)支持下
【作者單位】: 中國(guó)科學(xué)院計(jì)算地球動(dòng)力學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】:國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃重點(diǎn)項(xiàng)目(2010AA012402) SinoProbe-07-01(0841042G02)
【分類號(hào)】:P3;TP393.09

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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