本文選題：蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) + 評(píng)價(jià)方法��； 參考：《計(jì)算機(jī)科學(xué)》2013年12期

【摘要】：蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(Protein-Protein Interaction,PPI)聚類結(jié)果的評(píng)價(jià)方法的研究是檢測(cè)PPI網(wǎng)絡(luò)功能模塊聚類結(jié)果正確與否的關(guān)鍵。介紹并分析了4種有代表性的PPI網(wǎng)絡(luò)聚類的評(píng)價(jià)方法,即p-value、匹配統(tǒng)計(jì)量、基于準(zhǔn)確率和查全率的綜合評(píng)價(jià)以及基于層結(jié)構(gòu)的hF-measure,在此基礎(chǔ)上考慮了主錯(cuò)誤劃分類與該預(yù)測(cè)類的相似性,提出了新的罰分函數(shù)和新的Sf-measure評(píng)價(jià)方法。仿真結(jié)果表明了各評(píng)價(jià)方法的特點(diǎn)及Sf-measure評(píng)價(jià)方法的有效性及合理性。
[Abstract]:The research on the evaluation method of protein interaction (PPI) clustering results is the key to detect whether the clustering results of the functional modules of the PPI network are correct or not. This paper introduces and analyzes four representative evaluation methods of PPI network clustering, that is, p-value. matching statistics. Based on the comprehensive evaluation of accuracy and recall and the hF-measurement based on hierarchical structure, the similarity between the classification of the main error classification and the prediction class is considered, and a new penalty function and a new evaluation method of Sf-measure are proposed. The simulation results show the characteristics of each evaluation method and the validity and rationality of Sf-measure evaluation method.
【作者單位】： 陜西師范大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金青年基金(61100164,61173190) 教育部留學(xué)回國(guó)人員科研啟動(dòng)基金(教外司留[2012]1707號(hào)) 陜西省2010年自然科學(xué)基礎(chǔ)研究計(jì)劃青年基金(2010JQ8034)資助
【分類號(hào)】：TP393.0

【參考文獻(xiàn)】

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1 雷秀娟;田建芳;;蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的蜂群信息流聚類模型與算法[J];計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào);2012年01期

【共引文獻(xiàn)】

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2 王沖;雷秀娟;;基于人工免疫系統(tǒng)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)聚類算法[J];計(jì)算機(jī)應(yīng)用;2013年12期

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3 王敏;個(gè)性化搜索中隱私保護(hù)的問(wèn)題研究[D];河北工程大學(xué);2012年

4 王沖;基于群智能優(yōu)化的聚類算法研究[D];陜西師范大學(xué);2013年

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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1 王正華;董蘊(yùn)源;王勇獻(xiàn);;蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的幾種聚類方法綜述[J];國(guó)防科技大學(xué)學(xué)報(bào);2009年04期

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2 于庚;劉應(yīng)海;石全勝;;基于因子分析的省級(jí)政府門(mén)戶網(wǎng)站評(píng)價(jià)研究[J];數(shù)字通信;2011年03期

3 李宏汀;葛列眾;鄭燕;;網(wǎng)頁(yè)可用性評(píng)價(jià)的視線追蹤技術(shù)研究[J];人類工效學(xué);2007年04期

4 韓新華;;電子商務(wù)網(wǎng)站評(píng)價(jià)研究與分析[J];吉林省經(jīng)濟(jì)管理干部學(xué)院學(xué)報(bào);2008年02期

5 梁靚;黃玉清;張曉琴;;基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)性能評(píng)價(jià)[J];計(jì)算機(jī)工程;2010年04期

6 劉丹;;網(wǎng)絡(luò)信息資源的評(píng)價(jià)[J];湖南科技學(xué)院學(xué)報(bào);2007年04期

7 許潔斌;宋婭;梁永椿;;P2P流媒體數(shù)據(jù)分配算法的新評(píng)價(jià)方法[J];計(jì)算機(jī)工程;2009年16期

8 張征宇;王然;厲言;;B2B網(wǎng)站易用性評(píng)價(jià)系統(tǒng)的構(gòu)建[J];黑龍江科技信息;2009年34期

9 黃微,畢勝男,賈春華;網(wǎng)站系統(tǒng)綜合測(cè)評(píng)方法的研究[J];情報(bào)科學(xué);2003年08期

10 汪祖柱;胡兵;;電子商務(wù)網(wǎng)站服務(wù)質(zhì)量的模糊語(yǔ)義評(píng)價(jià)研究[J];情報(bào)雜志;2010年03期

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2 梁建華;李學(xué)慶;榮風(fēng)光;周霆;;網(wǎng)站可用性評(píng)估模型研究[A];第二屆和諧人機(jī)環(huán)境聯(lián)合學(xué)術(shù)會(huì)議(HHME2006)——第2屆中國(guó)人機(jī)交互學(xué)術(shù)會(huì)議(CHCI'06)論文集[C];2006年

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1 王芳;網(wǎng)站主題目錄重要性評(píng)價(jià)[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2006年

2 關(guān)鐵軍;電子商務(wù)安全策略研究[D];北京郵電大學(xué);2008年

3 于少然;網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)中節(jié)點(diǎn)重要性評(píng)價(jià)方法的研究[D];北京交通大學(xué);2012年

4 吳洋;電子商務(wù)安全方法研究[D];天津大學(xué);2006年

5 黃麗民;計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息系統(tǒng)安全評(píng)價(jià)方法研究[D];山東大學(xué);2005年

6 陳娜;高校校園網(wǎng)絡(luò)安全評(píng)價(jià)分析研究[D];山西財(cái)經(jīng)大學(xué);2011年

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8 曹成;基于GABP算法的復(fù)雜計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)安全評(píng)價(jià)方法[D];合肥工業(yè)大學(xué);2007年

9 李超;神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)在高校門(mén)戶網(wǎng)站評(píng)價(jià)中的應(yīng)用研究[D];安徽大學(xué);2011年

10 薛春剛;基于QoS的語(yǔ)義Web服務(wù)選擇技術(shù)的研究[D];北京郵電大學(xué);2008年

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本文編號(hào)：1907722