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基于GEO數(shù)據(jù)庫的DPN相關(guān)靶點挖掘及與芍藥苷分子對接研究

發(fā)布時間:2022-12-11 12:01
  目的基于GEO數(shù)據(jù)庫挖掘與糖尿病周圍神經(jīng)病變(diabetic peripheral neuropathy,DPN)發(fā)生發(fā)展相關(guān)的潛在基因與靶點,并通過分子對接探討芍藥苷的干預(yù)作用。方法從GEO數(shù)據(jù)庫中收集DPN和糖尿病人群研究的全基因組微陣列共計12例。在GEO2R平臺內(nèi)對兩組的數(shù)據(jù)做差異基因分析,將篩選出的差異基因?qū)隨TRING在線數(shù)據(jù)庫,獲得差異基因所編碼的蛋白質(zhì)之間的相互作用并分析篩選核心靶點。采用Auto Dock VINA對芍藥苷與上述篩選的核心靶點進(jìn)行對接打分,并采用Western blot法檢測芍藥苷對m CCL2/CCR2激活的MAPK表達(dá)的影響進(jìn)行驗證。結(jié)果通過GEO數(shù)據(jù)庫篩選出DPN組相對于糖尿病組表達(dá)差異基因共計有132個,其中CCR2、TNF和BDNF處于蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)核心位置,芍藥苷與相應(yīng)靶點對接分?jǐn)?shù)分別為-8.0,-5.2和-5.0,具有較強親和力,芍藥苷能夠抑制m CCL2/CCR2激活的MAPK表達(dá)。結(jié)論芍藥苷抗DPN機(jī)制可能與通過調(diào)節(jié)神經(jīng)生長因子(BDNF)、調(diào)控趨化因子受體(CCR2)和促炎因子(TNF)以促進(jìn)神經(jīng)修復(fù)和減輕炎性疼痛有關(guān)。 

【文章頁數(shù)】:5 頁

【文章目錄】:
1 材料與方法
    1.1 研究對象
    1.2 方法
        1.2.1 差異基因選取
        1.2.2蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        1.2.3 基于AutoDock VINA的分子對接
        1.2.4 體外驗證試驗
2 結(jié)果
    2.1 差異基因篩選結(jié)果
    2.2 蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)
    2.3 AutoDock VINA分子對接結(jié)果
    2.4 體外驗證試驗結(jié)果
3 討論


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]芍藥苷藥理作用研究新進(jìn)展[J]. 張育貴,張淑娟,邊甜甜,司昕蕾,牛江濤,辛二旦,王文順,李越峰.  中草藥. 2019(15)
[2]基于GEO數(shù)據(jù)庫對顱內(nèi)動脈瘤形成與破裂相關(guān)基因的挖掘與分析[J]. 白晶波,張婷,涂悅,劉洋.  海南醫(yī)學(xué)院學(xué)報. 2019(17)
[3]芍藥苷通過抑制脊髓Akt-NF-kB信號通路及小膠質(zhì)細(xì)胞激活緩解炎癥性疼痛[J]. 洪嘉琪,史家欣,敖歡,章鑒東,翁依佳,朱佳.  中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報. 2018(03)
[4]P38MAPK在炎性痛大鼠背根神經(jīng)節(jié)中的表達(dá)及CCR2對其調(diào)控的影響[J]. 陳春生,萬效梅,時飛,劉玉秋,劉孝潔.  中國疼痛醫(yī)學(xué)雜志. 2015(10)
[5]TNF-α對外周神經(jīng)損傷繼發(fā)病理性疼痛的影響[J]. 黃雪松,呂荼,張兆毅.  中國實用神經(jīng)疾病雜志. 2015(05)
[6]趨化因子介導(dǎo)的神經(jīng)炎癥反應(yīng)和神經(jīng)病理性疼痛[J]. 高永靜,張志軍,曹德利.  中國細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報. 2014(03)
[7]芍藥苷作用于神經(jīng)系統(tǒng)的研究進(jìn)展[J]. 胡增峣,徐嵐,閆蓉,黃晏,劉港,周文霞,張永祥.  中國中藥雜志. 2013(03)
[8]TNF-α在坐骨神經(jīng)冷凍致神經(jīng)病理性疼痛模型大鼠脊髓的表達(dá)[J]. 南興東,馮藝,張利萍.  中國疼痛醫(yī)學(xué)雜志. 2012(01)

博士論文
[1]BDNF對外周神經(jīng)損傷后神經(jīng)修復(fù)及繼發(fā)神經(jīng)病理性疼痛的影響[D]. 陳曄凌.華中科技大學(xué) 2013

碩士論文
[1]馬錢苷、芍藥苷對高糖培養(yǎng)大鼠雪旺細(xì)胞增殖及其NGF、IGF-1表達(dá)的影響[D]. 劉一敬.瀘州醫(yī)學(xué)院 2014



本文編號:3718745

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