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基于網(wǎng)絡藥理學聯(lián)合分子對接對逍遙散干預原發(fā)性肝癌的作用機制研究

發(fā)布時間:2022-01-23 12:32
  為探索逍遙散干預原發(fā)性肝癌(HCC)的作用機制。運用網(wǎng)絡藥理學的方法,通過中藥系統(tǒng)藥理學技術平臺(TCMSP)網(wǎng)站檢索逍遙散的主要活性成分及對應的作用靶點,再利用GEO數(shù)據(jù)庫篩選并分析原發(fā)性肝癌的差異基因,采用Cytoscape3.7.2軟件構(gòu)建活性成分—靶點網(wǎng)絡圖,利用Biso Genet插件分析篩選得出PPI蛋白互作網(wǎng)絡和PPI網(wǎng)絡的關鍵節(jié)點,然后運用生物信息學的方法對關鍵靶點進行基因功能分析和通路富集分析。最后使用分子對接技術對化合物核心成分與關鍵靶點進行對接驗證。通過分析得到逍遙散作用于HCC的交集基因27個,GO富集顯示逍遙散的生物功能主要設涉及無機物質(zhì)細胞反應、趨化因子活動、細胞周期性蛋白依賴復合物等方面;KEGG通路富集顯示逍遙散影響的通路主要有細胞衰老信號通路、甾類激素生物合成信號通路、p53信號通路等。分子對接結(jié)果顯示逍遙散核心成分與HCC關鍵靶點親和力良好。綜上逍遙散改善HCC存在多成分、多靶點和多重藥理作用,為進一步研究治療HCC提供了線索。 

【文章來源】:天然產(chǎn)物研究與開發(fā). 2020,32(08)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】:14 頁

【部分圖文】:

基于網(wǎng)絡藥理學聯(lián)合分子對接對逍遙散干預原發(fā)性肝癌的作用機制研究


HCC差異基因火山圖

活性成分,靶點


27個逍遙散—HCC交集基因影響了271個生物學過程,選取P值排名20的功能信息,圖5~7。圖表顯示逍遙散活性成分主要富集在無機物質(zhì)細胞反應、細胞激素代謝過程金屬離子反應、類固醇分解過程、伯醇代謝過程等生物過程中,在分子功能方面,主要涉及趨化因子活動、氧化還原酶活性、趨化因子受體結(jié)合等,細胞組成主要影響細胞周期蛋白復合物、蛋白激酶全酶復合物、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶復合物等。表1 逍遙散干預HCC的有效分子成分Table 1 The effective molecular components of Xiaoyaosan in the intervention of HCC Mol Drug Mol Drug MOL005016 Gancao MOL004835 Gancao MOL004913 Gancao MOL005020 Gancao MOL004653 Chaihu MOL004898 Gancao MOL013187 Chaihu MOL004814 Gancao MOL000296 Fuling MOL000449 multiDrug MOL004915 Gancao MOL000275 Fuling MOL004949 Gancao MOL004810 Gancao MOL004838 Gancao MOL004959 Gancao MOL004912 Gancao MOL004990 Gancao MOL000098 multiDrug MOL005003 Gancao MOL004829 Gancao MOL000279 Fuling MOL000359 multiDrug MOL004948 Gancao MOL004941 Gancao MOL004966 Gancao MOL005012 Gancao MOL000492 Baishao MOL002311 Gancao MOL000049 Baizhu MOL004808 Gancao MOL004827 Gancao MOL004904 Gancao MOL004855 Gancao

示意圖,富集,靶點,功能分析


Symbol Uniprot ID Protein names Degree Betweenness CUL2 Q13617 Cullin-2,CUL-2 134 249.05 CUL3 Q13618 Cullin-3,CUL-3 282 848.13 CTNNB1 P35222 Catenin beta-1 136 327.95 CAND1 Q86VP6 Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1 176 297.83 CUL1 Q13616 Cullin-1,CUL-1 214 533.84 CDC5L Q99459 Cell division cycle 5-like protein 158 266.87 CDK1 P11440 Cyclin-dependent kinase 1 281 354.28圖5 GO富集功能分析柱狀圖(CC富集結(jié)果)

【參考文獻】:
期刊論文
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本文編號:3604355

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