發(fā)布時間：2021-11-10 11:42

　　目的基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究銀杏葉提取物抗氧化的機制。方法通過UPLC-Q-TOF MS分析銀杏葉提取物中的化學(xué)成分,在PubChem數(shù)據(jù)庫中查詢其化學(xué)成分的Canonical SMILES號,利用Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫查找其化學(xué)成分的靶點,使用UniProt數(shù)據(jù)庫對其進行批量標準化后,與CTD數(shù)據(jù)庫、GeneCards數(shù)據(jù)庫比對得到銀杏葉提取物抗氧化作用的靶點,利用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建靶蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),進行GO生物功能與模塊分析、KEGG通路富集分析,Cytoscape構(gòu)建成分-靶點-通路網(wǎng)絡(luò)圖。結(jié)果從銀杏葉提取物中篩選出31種化學(xué)成分,檢索出28個靶蛋白,與抗氧化有關(guān)的靶點有26個。銀杏葉提取物發(fā)揮抗氧化作用可能涉及AKT1、MAPK1、MAPK14靶點,以及MAPK信號通路、Toll樣受體信號通路、NOD樣受體信號通路等相關(guān)通路。結(jié)論本研究反映了銀杏葉提取物多成分、多靶點、多通路的作用特點,可為后續(xù)相關(guān)作用新機制研究提供線索和啟示。 

【文章來源】：中藥新藥與臨床藥理. 2020,31(08)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

銀杏葉提取物靶點間相互作用網(wǎng)絡(luò)

通過ImageGP的“GO Enrichment Plot”插件對銀杏葉抗氧化作用的28個潛在靶點進行GO生物過程富集分析，結(jié)果見圖3。主要富集到30條生物過程，GO分析有3個分支，生物過程（BP,Biological Process）有10個，細胞成分（CC,Cellular Component）有10個，分子功能（MF,Molecular Function）有10個。銀杏葉抗氧化作用的生物過程中主要富集到細胞應(yīng)激、細胞死亡調(diào)控、程序性細胞死亡調(diào)控、細胞凋亡調(diào)控等；細胞組分富集到細胞質(zhì)、細胞外空間、胞質(zhì)溶膠、微粒體、囊泡分數(shù)等；分子功能中富集到蛋白結(jié)合、輔酶結(jié)合、蛋白二聚體活性等過程。隨著系統(tǒng)生物學(xué)研究的深入，我們發(fā)現(xiàn)生物分子并不以單體的形式發(fā)揮作用，而常通過相互作用的模塊組成的分子網(wǎng)絡(luò)進行工作。根據(jù)“MCODE”聚類分析算法將GO生物過程進行模塊分析，篩選得到K-Core≥2的9個聚類模塊（圖4），分別是脂質(zhì)代謝過程、離子穩(wěn)態(tài)、生物種間相互作用、多細胞生物繁殖、分子功能的正調(diào)控/轉(zhuǎn)錄因子活性的調(diào)節(jié)、免疫系統(tǒng)過程、核膜組織、細胞內(nèi)蛋白運輸?shù)恼{(diào)節(jié)、脂肪酸代謝過程等生物過程。

采用Cytoscape軟件的“Merge”功能構(gòu)建成分-靶點-通路網(wǎng)絡(luò)圖，見圖6。由圖可知，該網(wǎng)絡(luò)有78個節(jié)點，包括30種成分、28個靶點、20條通路和233條邊。成分節(jié)點越大，說明度值越大，與其相連的靶點數(shù)越多。另外，靶點節(jié)點越大，靶點度越大，與其相連的成分越多。圖6中七葉內(nèi)酯、木犀草素、β-谷甾醇、胡蘿卜苷等度值較大，表明其可能是銀杏葉提取物發(fā)揮抗氧化作用的關(guān)鍵成分。AKT1、MAPK1、MAPK14等靶點節(jié)點較大，說明其可能成為銀杏抗氧化作用的靶點。MAPK信號通路、Toll樣受體信號通路、NOD樣受體信號通路等是銀杏葉提取物抗氧化作用的潛在通路。圖5 銀杏葉提取物KEGG通路富集分析

【參考文獻】：
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