目的:為了揭示miRNA與甲狀腺乳頭狀癌（PaPillary thyroid cancer,PTC）的關(guān)系,本課題以PTC組織樣本為研究對象,測序篩選差異miRNA,并從分子層面驗證黃芪多糖（astragalus Polysaccharide,APS）抗PTC的機制。方法:（1）PTC表達譜的構(gòu)建與分析選取甘肅省人民醫(yī)院普通外科經(jīng)病理確診的PTC癌組織及配對正常組織樣本3對,運用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)進行分析,篩選顯著差異表達的miRNAs,預(yù)測靶基因并進行通路富集分析,在細胞層面對篩選的差異基因進行驗證。（2）APS干預(yù)TPC-1細胞形態(tài)的觀察APS干預(yù)TPC-1細胞后,在倒置顯微鏡下觀察細胞形態(tài)變化情況。（3）APS對TPC-1增殖的影響取生長狀態(tài)良好的TPC-1細胞,接種于96孔板中,利用CCK8分別對TPC-1對照組、APS100ug/mL、APS200ug/mL、APS400ug/mL作用12h/24h/36h/48h后,繪制各組細胞的抑制率。（4）novel-miR-26、FOXO1水平的檢測分別收集不同濃度APS（100、200和400ug/mL）處理的TPC-1細胞和對照組細胞... 

【文章來源】：甘肅中醫(yī)藥大學(xué)甘肅省

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

文庫構(gòu)建流程

由百邁克公司負責(zé)檢測，樣品保存完好，樣品純度符合檢測標(biāo)準(zhǔn)，沒有污降解，符合建庫要求。如（表 2-圖 2）表 2 測序樣品總 RNA 的檢測結(jié)果樣品名稱 RIN 值 28S/18S OD260/280 OD260/230 樣品狀態(tài) 稀釋倍a1 6.90 1.10 1.97 0.87 正常 5.00a2 8.00 1.30 1.96 1.14 正常 3.00b1 7.50 1.50 1.97 1.03 正常 4.00b2 7.70 1.60 1.97 1.23 正常 4.00c1 7.20 1.80 1.96 1.69 正常 5.00c2 6.10 0.90 1.95 0.74 正常 4.001.5%凝膠 TAKARA λ-Hind III digest TAKARA 250bP DNA Ladder

圖 3 fastq 文件示例圖2.2.2 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計見（表 3），SamPles 是樣品信息；BMK-ID：百邁客編號；Raw_reads：測序原始數(shù)據(jù)；Length<15：小于 15 的 reads；Length>35：大于35 的 reads；Clean_reads：質(zhì)量值大于或等于 30 的堿基的 Reads 數(shù)；Q30(%):質(zhì)量值大于 30 的比例。通過質(zhì)量控每個樣品的 Clean Data 均大于 15.56 M。表 3 miRNA 測序數(shù)據(jù)匯總表SamPles BMK-ID Raw_reads Length<15 Length>35 Clean_reads Q30(%)a1 S01 26624219 78601 336268 26209350 99.18a2 S02 20661072 70239 311119 20279714 99.18b1 S03 21634797 115288 412265 21107244 99.00


本文編號：3337828