發(fā)布時間：2021-07-28 03:07

　　目的:采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對菟絲子主要活性成分的作用機(jī)制進(jìn)行分析,探討其成分、多靶點(diǎn)、靶點(diǎn)相關(guān)信號通路及生物學(xué)過程的相互關(guān)系。方法:首先借助中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺（Chinese medicine system pharmacology analysis platform,TCMSP）篩選出菟絲子中的活性成分及相關(guān)作用靶點(diǎn),然后通過Uniprot數(shù)據(jù)庫對提取靶點(diǎn)進(jìn)行篩選與轉(zhuǎn)化,并利用CTD網(wǎng)絡(luò)在線分析平臺獲取與靶點(diǎn)相關(guān)的疾病,利用Cytoscape 3.6.1及其插件ClueGO構(gòu)建"活性成分-靶點(diǎn)""靶點(diǎn)-疾病""靶點(diǎn)-生物學(xué)通路"網(wǎng)絡(luò)圖,最后利用Cytoscape 3.6.1中的Network Analyzer插件分析網(wǎng)絡(luò)圖,獲取相關(guān)拓?fù)洚悩?gòu)信息,建立菟絲子成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)模型。結(jié)果:篩選得到菟絲子8個活性成分,涉及靶點(diǎn)118個,靶點(diǎn)相關(guān)疾病516種;對所得靶點(diǎn)進(jìn)行GO分析,再經(jīng)Kappa算法聚類,共獲得79類相關(guān)生物學(xué)過程和57類信號相關(guān)信號通路。結(jié)論:初步探討菟絲子主要活性成分的作用機(jī)制,為深入研究菟絲子的藥效作用及其機(jī)制提供參考。 

【文章來源】：中醫(yī)學(xué)報. 2020,35(06)

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

靶點(diǎn)-生物學(xué)過程關(guān)系網(wǎng)絡(luò)

運(yùn)用Cytoscape 3.2.0將8個候選化合物和潛在的靶標(biāo)相連構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)(C-T)相互作用網(wǎng)絡(luò)(圖2)�；衔�-靶點(diǎn)(C-T)相互作用網(wǎng)絡(luò)包含126個節(jié)點(diǎn)(8個化合物和118個潛在靶標(biāo))和199條邊。紅色箭頭代表候選化合物,藍(lán)色菱形表示靶標(biāo)蛋白,而每條邊則標(biāo)識候選化合物分子與靶標(biāo)的相互作用關(guān)系。研究報道,度值(degree)和介數(shù)值的節(jié)點(diǎn)(betweenness)與活性成分的重要性呈現(xiàn)正相關(guān)[15]。在網(wǎng)絡(luò)中,一個節(jié)點(diǎn)的度(degree)表示網(wǎng)絡(luò)中和節(jié)點(diǎn)相連的路線和條數(shù)。并且根據(jù)表1中候選化合物的degree可以發(fā)現(xiàn),網(wǎng)絡(luò)中每個候選化合物都至少與1個蛋白靶點(diǎn)連接,如此說明菟絲子中含有的候選化合物可能作用于整個生物網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)。進(jìn)一步將關(guān)系網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)詳細(xì)信息列出,見表3(僅列出化合物與靶點(diǎn)Degree最高的前10項(xiàng))。表3 化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)參數(shù)信息 Category Name ASPL BC CC Degree Compound quercetin 1.833 333 33 0.603 268 88 0.545 454 55 70 Compound kaempferol 2.277 777 78 0.232 219 66 0.439 024 39 42 Compound beta-sitosterol 2.515 873 02 0.226 127 27 0.397 476 34 28 Compound isorhamnetin 2.531 746 03 0.178 216 34 0.394 984 33 28 Compound sesamin 2.912 698 41 0.124 234 20 0.343 324 25 11 Compound Isofucosterol 2.976 190 48 0.078 614 55 0.336 000 00 8 Gene NCOA2 2.095 238 10 0.088 081 11 0.477 272 73 6 Gene GABRA1 2.126 984 13 0.063 892 35 0.470 149 25 5 Gene Ptgs2 2.079 365 08 0.111 121 77 0.480 916 03 5 Gene HSP90AB1 2.222 222 22 0.025 532 47 0.450 000 00 4

通過CTD 在線分析平臺分析與靶點(diǎn)有關(guān)的疾病,共獲得118 個與疾病相關(guān)的作用靶點(diǎn)。通過Cytoscape 3.6.1 構(gòu)建“靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖,包含634個節(jié)點(diǎn)(118個靶點(diǎn)和516種相關(guān)疾病)和15 521條線,紅色圓形代表疾病;藍(lán)色菱形代表靶點(diǎn),線代表活性成分與相關(guān)靶點(diǎn)的關(guān)系,如圖2 所示。在“靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖中度值最高的前5種疾病分別為:Prenatal Exposure Delayed Effects、Weight Loss、Inflammation、Necrosis、Chemical and Drug Induced Liver Injury,表明菟絲子的主要活性成分有可用于女性生育、體質(zhì)量失調(diào)、炎癥、壞疽、肝損傷等相關(guān)疾病的治療。度值最大的五個靶點(diǎn)分別為:TNF、IL-6、BCL2、IL1B、MAPK1等,表明這些基因可能是菟絲子主要活性成分的潛在作用靶點(diǎn),體現(xiàn)了菟絲子治療疾病的多成分、多靶點(diǎn)的協(xié)同作用。進(jìn)一步將關(guān)系網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)詳細(xì)信息列出,見表4(分別列出靶點(diǎn)與疾病Degree最高的前5項(xiàng))。表4 靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)參數(shù)信息 Category Name ASPL BC CC Degree Gene TNF 1.403 174 60 0.118 838 61 0.712 669 68 768 Gene IL-6 1.517 460 32 0.077 333 76 0.658 995 82 409 Gene BCL2 1.555 555 56 0.069 986 34 0.642 857 14 397 Gene IL1B 1.555 555 56 0.062 139 35 0.642 857 14 397 Gene MAPK1 1.704 761 90 0.053 622 60 0.586 592 18 350 Disease Prenatal Exposure Delayed Effects 1.817 460 32 0.012 317 35 0.550 218 34 117 Disease Weight Loss 1.823 809 52 0.008 782 77 0.548 302 87 115 Disease Inflammation 1.826 984 13 0.008 281 49 0.547 350 13 114 Disease Necrosis 1.826 984 13 0.008 236 91 0.547 350 13 114 Disease Chemical and Drug Induced Liver Injury 1.830 158 73 0.009 845 82 0.546 400 69 114

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號：3307079