發(fā)布時間：2021-07-13 17:23

　　目的查詢篩選桂枝加葛根湯治療頸椎病的靶點(diǎn)、通路,明確桂枝加葛根湯的藥理學(xué)作用。方法通過TCMSP中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺,定義生物利用度（OB）≥30%,類藥性（DL）≥0. 18,獲得桂枝加葛根湯的有效成分,利用Uni Prot系統(tǒng)確定靶點(diǎn)基因,然后查詢OMIM、Dis Ge NET、Gene Cards等數(shù)據(jù)庫,挖掘頸椎病相關(guān)的基因靶點(diǎn)。最后對兩種靶點(diǎn)基因取交集,運(yùn)用STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件,構(gòu)建中藥-成分-靶基因-疾病的中藥調(diào)控網(wǎng)絡(luò),查找桂枝加葛根湯治療頸椎病的核心靶點(diǎn)基因,對核心蛋白進(jìn)行GO和KEGG的分析。結(jié)果桂枝加葛根湯的有效化學(xué)成分共1 001個,篩選后獲得最終150個,基因靶點(diǎn)221個。確定頸椎病靶點(diǎn)12 171個,二者共同靶點(diǎn)基因180個,PPI網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn)STAT3、AKT1、JUN、IL6、MAPK、EGFR可能是桂枝加葛根湯治療頸椎病的關(guān)鍵靶點(diǎn)。GO富集分析確定了154個條目（P <0. 05）,其中生物過程主要包括DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄激活劑活性、酰胺結(jié)合、細(xì)胞因子受體結(jié)合等; KEGG通路富集分析明確了166條信號通路,其中信號通路涉及... 

【文章來源】：世界中西醫(yī)結(jié)合雜志. 2020,15(07)

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

藥物預(yù)測靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)韋恩圖

通過Cytoscape 3.7.1軟件繪制并分析桂枝加葛根湯干預(yù)頸椎病成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖。紅色菱形表示頸椎病，藍(lán)色長方形代表桂枝加葛根湯的中藥組成，黃色箭頭代表活性成分，綠色橢圓表示基因靶點(diǎn)。該網(wǎng)絡(luò)共包括節(jié)點(diǎn)296個，成分靶點(diǎn)間共存在3 409條相互作用關(guān)系。結(jié)果見圖2。2.4 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心蛋白確定

通過STRING 11.0數(shù)據(jù)庫在線檢索蛋白質(zhì)(已知蛋白和預(yù)測蛋白)之間相互作用的數(shù)據(jù)庫，初步構(gòu)建PPI蛋白網(wǎng)絡(luò)圖，設(shè)置medium confidence參數(shù)為0.9，在Export模塊中，導(dǎo)出文本文件保存為string＿interactions.tsv，依據(jù)節(jié)點(diǎn)(degree)的多少，得到互作關(guān)系排名前30的靶點(diǎn)確定核心蛋白，制作barplot條形圖。結(jié)果見圖3。左列為基因名，如STAT3(Signal transducer and activator of Transcription3，信號傳導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄活化子3)，數(shù)字為相應(yīng)基因鄰接節(jié)點(diǎn)數(shù)目，如STAT3鄰接節(jié)點(diǎn)數(shù)目為31個。

【參考文獻(xiàn)】：
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