發(fā)布時(shí)間：2021-04-08 03:49

　　目的基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討、篩選經(jīng)典名方逍遙散治療糖尿病的可能通路、靶點(diǎn)、成分。方法利用TCMSP、TCMIP、Drugbank、TTD等數(shù)據(jù)庫(kù)檢索成分、靶點(diǎn)信息,并進(jìn)行Cytoscape分析;利用String數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行蛋白互作分析,利用ClueGO進(jìn)行GO等數(shù)據(jù)庫(kù)信息富集,并以AutodockVina進(jìn)行分子對(duì)接驗(yàn)證。結(jié)果檢索得到逍遙散394個(gè)可能的活性成分和558個(gè)成分靶點(diǎn),糖尿病相關(guān)靶點(diǎn)4 963個(gè),靶點(diǎn)取交集后得到359個(gè)靶點(diǎn),在Cytoscape進(jìn)行分析并按Degree排序后取前10個(gè)靶點(diǎn)。按Degree、Average Shortest Path Length、Betweenness Centrality和Closeness Centrality排序后各取排名靠前的一半數(shù)據(jù)得到325個(gè)靶點(diǎn),在String數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行檢索利用Cytoscape分析,取Degree大于100的靶點(diǎn),與中藥-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)分析中的10個(gè)靶點(diǎn)去重合并后得到21個(gè)靶點(diǎn),對(duì)這21個(gè)靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接驗(yàn)證和GO、KEGG、REACTOME數(shù)據(jù)庫(kù)檢索分析。結(jié)論篩選出8個(gè)潛在活性結(jié)構(gòu),利用分子對(duì)接在21個(gè)潛在... 

【文章來(lái)源】：現(xiàn)代藥物與臨床. 2020,35(09)

【文章頁(yè)數(shù)】：12 頁(yè)

【部分圖文】：

0 與逍遙散成分對(duì)接能小于對(duì)照藥的蛋白個(gè)數(shù)排序前8的結(jié)構(gòu)3D圖

將8味中藥、394個(gè)成分、359個(gè)靶點(diǎn)在Cytoscape中進(jìn)行分析、做圖。由圖1可見(jiàn)，8味中藥的成分和相關(guān)靶點(diǎn)比較多，存在比較復(fù)雜的關(guān)系。在數(shù)據(jù)處理過(guò)程中發(fā)現(xiàn)，部分結(jié)構(gòu)如在TCMIP庫(kù)中檢索到的Dimethyl Camphorate，數(shù)據(jù)庫(kù)顯示成藥性為“好”，但是并沒(méi)給出相應(yīng)靶點(diǎn)，為了避免錯(cuò)漏可能有活性的結(jié)構(gòu)，在后續(xù)研究中利用Autodock Vina對(duì)所有結(jié)構(gòu)和篩選出的關(guān)鍵靶點(diǎn)進(jìn)行了分子對(duì)接。對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，中藥相關(guān)參數(shù)按自由度（Degree）排序后如表1所示，甘草Degree最大，預(yù)示其可能的活性成分?jǐn)?shù)量最多。同時(shí)接近中心性（Closeness Centrality）很大、平均最短路徑長(zhǎng)度（Average Shortest Path Length）很小，說(shuō)明其在網(wǎng)絡(luò)中可能非常重要。當(dāng)歸介數(shù)（Betweenness Centrality）很大，說(shuō)明其可能也在本方劑中起著非常重要的作用。對(duì)Cytoscape處理結(jié)果中的靶點(diǎn)部分，按Degree由大到小排序后前10個(gè)靶點(diǎn)如表2所示。分別對(duì)自由度、平均最短路徑長(zhǎng)度、介數(shù)、接近中心性按值大小排序后，各取排名靠前的一半得到4份數(shù)據(jù)，然后對(duì)得到的結(jié)果取交集得到4個(gè)參數(shù)排名都比較靠前的325個(gè)靶點(diǎn)用于String數(shù)據(jù)庫(kù)分析。

對(duì)藥物–成分–靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)分析中篩出的10個(gè)靶點(diǎn)和String蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析中篩出的13個(gè)靶點(diǎn)取交集得到2個(gè)靶點(diǎn)ESR1、PTGS2，其在藥物–成分–靶點(diǎn)和蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中都起重要作用，預(yù)示這2個(gè)靶點(diǎn)可能起著非常關(guān)鍵的作用。圖3 325個(gè)靶點(diǎn)的Degree分布

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3124790