基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接技術(shù)探索銀翹散治療小兒新型冠狀病毒肺炎活性化合物的研究
發(fā)布時(shí)間:2021-03-19 21:03
目的:探尋銀翹散治療新型冠狀病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)的活性化合物。方法:應(yīng)用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺(tái)(Traditional Chinese Medicine System Pharmacological,TCMSP)、PubChem數(shù)據(jù)庫、SwissTargetPrediction數(shù)據(jù)庫挖掘獲取銀翹散中金銀花、連翹、桔梗、薄荷、牛蒡子、竹葉、荊芥穗、淡豆豉、甘草、蘆根的活性成分和作用靶點(diǎn);應(yīng)用Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建銀翹散成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò);利用String數(shù)據(jù)庫構(gòu)建銀翹散作用靶標(biāo)的PPI網(wǎng)絡(luò);通過WebGestalt數(shù)據(jù)庫和KOBAS 3.0數(shù)據(jù)庫對銀翹散作用靶點(diǎn)進(jìn)行GO分析和KEGG富集分析,篩選出潛在通路并分析其作用機(jī)制。結(jié)果:共篩選出153個(gè)銀翹散生物活性成分和580個(gè)靶點(diǎn),核心靶點(diǎn)為PTGS2、HSP90AA1、AR、PCP4、F7,主要涉及PI3K-Akt信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路、細(xì)胞凋亡途徑、細(xì)胞衰老通路、非小細(xì)胞肺癌通路等信號(hào)通路。分子對接結(jié)果顯示類黃酮、山柰酚等核心化合物與COVID-19推薦用藥的親和...
【文章來源】:中醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,35(09)
【文章頁數(shù)】:10 頁
【部分圖文】:
化合物作用靶點(diǎn)的KEGG富集分析的前25條通路
由上述結(jié)果可知,銀翹散中存在不同藥物含有相同化合物,不同化合物中含有相同的作用靶點(diǎn)的情況,由此可映射出中醫(yī)異病同治,同病異治的思想。為了解銀翹散中化合物的分布情況,利用在線韋恩圖排重后得到銀翹散153種化合物,韋恩圖結(jié)果見圖2。其中MOL000006-木樨草素為薄荷、桔梗、金銀花、荊芥穗、連翹、竹葉所共有,MOL000422-山柰酚為甘草、金銀花、連翹、牛蒡子所共有,MOL000358-β-谷甾醇為金銀花、連翹、牛蒡子所共有,MOL000098-槲皮素為甘草、金銀花、連翹所共有,MOL000449-豆甾醇為金銀花、荊芥穗、蘆根所共有,MOL001689-金合歡素為薄荷、桔梗、荊芥穗所共有,MOL000359-β-谷甾醇為薄荷、甘草、荊芥穗所共有,MOL002773-β-胡蘿卜素為金銀花、牛蒡子所共有,MOL000522-牛蒡苷和MOL003290-二甲基苦參醇為連翹、牛蒡子所共有,MOL000211-丁子香萜為甘草、連翹所共有,MOL004328-柚皮素為薄荷、甘草所共有。2.4 構(gòu)建銀翹散活性成分的靶標(biāo)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
在string數(shù)據(jù)庫對銀翹散活性成分的作用靶點(diǎn)進(jìn)行蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間相互作用關(guān)系的分析,將結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2軟件進(jìn)行可視化分析,舍棄孤立節(jié)點(diǎn)得到485個(gè)節(jié)點(diǎn),3 729條相互作用關(guān)系的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見圖3,節(jié)點(diǎn)大小代表其度值的大小,顏色冷暖代表連接強(qiáng)度的強(qiáng)弱。利用軟件中NetworkAnalyzer工具PPI網(wǎng)絡(luò)中出現(xiàn)的蛋白的頻次進(jìn)行統(tǒng)計(jì)得到排名前30的蛋白,排名較前的蛋白有APP、PIK3CA、PIK3R1、MAPK1、MAPK3、SRC、AKT1等,可能為治療小兒新冠肺炎的靶點(diǎn),結(jié)果見圖4。2.5 GO和KEGG分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]構(gòu)筑公共衛(wèi)生防疫之基:“共同體”視角的思考——基于防控新冠病毒肺炎疫情的啟示[J]. 劉云章,劉于媛,趙金萍. 中國醫(yī)學(xué)倫理學(xué). 2020(04)
[2]23個(gè)。ㄊ、自治區(qū))中醫(yī)治療新型冠狀病毒肺炎策略、參與率和治愈效果分析[J]. 王薇,王玉偉,馬爽,李瑞鋒. 世界中醫(yī)藥. 2020(06)
[3]銀翹散對流感病毒感染性重癥肺炎小鼠肺組織的修復(fù)機(jī)制研究[J]. 王佳,馮星火,國麗娜,王妍. 陜西中醫(yī). 2020(02)
[4]miR-127-5p靶向IRAK4對肺炎鏈球菌誘導(dǎo)的肺泡上皮細(xì)胞凋亡及炎癥因子表達(dá)的影響[J]. 謝丹,文丹寧,羅丹. 臨床肺科雜志. 2020(02)
[5]銀翹散治療小兒肺炎的臨床研究[J]. 郗玉玲,惠紅巖,李大通,鄧智建. 中國醫(yī)院藥學(xué)雜志. 2016(07)
本文編號(hào):3090225
【文章來源】:中醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,35(09)
【文章頁數(shù)】:10 頁
【部分圖文】:
化合物作用靶點(diǎn)的KEGG富集分析的前25條通路
由上述結(jié)果可知,銀翹散中存在不同藥物含有相同化合物,不同化合物中含有相同的作用靶點(diǎn)的情況,由此可映射出中醫(yī)異病同治,同病異治的思想。為了解銀翹散中化合物的分布情況,利用在線韋恩圖排重后得到銀翹散153種化合物,韋恩圖結(jié)果見圖2。其中MOL000006-木樨草素為薄荷、桔梗、金銀花、荊芥穗、連翹、竹葉所共有,MOL000422-山柰酚為甘草、金銀花、連翹、牛蒡子所共有,MOL000358-β-谷甾醇為金銀花、連翹、牛蒡子所共有,MOL000098-槲皮素為甘草、金銀花、連翹所共有,MOL000449-豆甾醇為金銀花、荊芥穗、蘆根所共有,MOL001689-金合歡素為薄荷、桔梗、荊芥穗所共有,MOL000359-β-谷甾醇為薄荷、甘草、荊芥穗所共有,MOL002773-β-胡蘿卜素為金銀花、牛蒡子所共有,MOL000522-牛蒡苷和MOL003290-二甲基苦參醇為連翹、牛蒡子所共有,MOL000211-丁子香萜為甘草、連翹所共有,MOL004328-柚皮素為薄荷、甘草所共有。2.4 構(gòu)建銀翹散活性成分的靶標(biāo)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
在string數(shù)據(jù)庫對銀翹散活性成分的作用靶點(diǎn)進(jìn)行蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間相互作用關(guān)系的分析,將結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2軟件進(jìn)行可視化分析,舍棄孤立節(jié)點(diǎn)得到485個(gè)節(jié)點(diǎn),3 729條相互作用關(guān)系的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見圖3,節(jié)點(diǎn)大小代表其度值的大小,顏色冷暖代表連接強(qiáng)度的強(qiáng)弱。利用軟件中NetworkAnalyzer工具PPI網(wǎng)絡(luò)中出現(xiàn)的蛋白的頻次進(jìn)行統(tǒng)計(jì)得到排名前30的蛋白,排名較前的蛋白有APP、PIK3CA、PIK3R1、MAPK1、MAPK3、SRC、AKT1等,可能為治療小兒新冠肺炎的靶點(diǎn),結(jié)果見圖4。2.5 GO和KEGG分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]構(gòu)筑公共衛(wèi)生防疫之基:“共同體”視角的思考——基于防控新冠病毒肺炎疫情的啟示[J]. 劉云章,劉于媛,趙金萍. 中國醫(yī)學(xué)倫理學(xué). 2020(04)
[2]23個(gè)。ㄊ、自治區(qū))中醫(yī)治療新型冠狀病毒肺炎策略、參與率和治愈效果分析[J]. 王薇,王玉偉,馬爽,李瑞鋒. 世界中醫(yī)藥. 2020(06)
[3]銀翹散對流感病毒感染性重癥肺炎小鼠肺組織的修復(fù)機(jī)制研究[J]. 王佳,馮星火,國麗娜,王妍. 陜西中醫(yī). 2020(02)
[4]miR-127-5p靶向IRAK4對肺炎鏈球菌誘導(dǎo)的肺泡上皮細(xì)胞凋亡及炎癥因子表達(dá)的影響[J]. 謝丹,文丹寧,羅丹. 臨床肺科雜志. 2020(02)
[5]銀翹散治療小兒肺炎的臨床研究[J]. 郗玉玲,惠紅巖,李大通,鄧智建. 中國醫(yī)院藥學(xué)雜志. 2016(07)
本文編號(hào):3090225
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