基于RNA-Seq技術(shù)分析肺與大腸相關(guān)差異表達(dá)基因及野罌粟的調(diào)控作用研究
發(fā)布時(shí)間:2021-02-22 06:18
目的:近年來研究發(fā)現(xiàn)腸道和呼吸道雖有不同的生理結(jié)構(gòu)和功能,但病理?xiàng)l件下特別是哮喘(Asthma)患者經(jīng)常與炎性腸。↖nflammatory bowel increase,IBD)共存。雖然有些患者并無急性或慢性呼吸系統(tǒng)病史,’卻有許多IBD患者出現(xiàn)肺功能受損的情況,并且越來越多的研究發(fā)現(xiàn)呼吸道疾病與炎性腸病的發(fā)生有著密切關(guān)系,該現(xiàn)象與中醫(yī)肺與大腸相表里理論不謀而合。野罌粟(Papaver nudicaule L.)在北方各少數(shù)民族中臨床用于鎮(zhèn)咳、止瀉時(shí)間已久。前期研究中發(fā)現(xiàn)野罌粟堿鎮(zhèn)咳止瀉的主要活性成分野罌粟堿在模型大鼠的結(jié)腸組織和肺組織中有較高濃度富集,為進(jìn)一步探討呼吸道疾病與腸道疾病相互傳變的可能作用機(jī)制以及野罌粟對兩種疾病調(diào)控作用與歸經(jīng)的關(guān)系,本研究結(jié)合現(xiàn)代醫(yī)學(xué)對呼吸系統(tǒng)和腸道系統(tǒng)疾病相互影響的最新研究進(jìn)展和前期研究結(jié)果,進(jìn)一步采用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(RNA-Sequencing,RNA-Seq)結(jié)合生物信息學(xué)分析篩選“肺病及腸”模型和“腸病及肺”模型中肺和腸組織中相同差異表達(dá)基因和富集通路以及野罌粟對其的調(diào)控作用。方法:采用OVA霧化法復(fù)制過敏性哮喘模型并與復(fù)合免疫法復(fù)制潰瘍性結(jié)...
【文章來源】:中央民族大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】:103 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
英文縮略詞表
前言
第一章 “肺病及腸”及“腸病及肺”兩種模型的復(fù)制與野罌粟的藥效評價(jià)
第一節(jié) 實(shí)驗(yàn)材料
1、實(shí)驗(yàn)動物
2、實(shí)驗(yàn)藥品及試劑
3、實(shí)驗(yàn)儀器
第二節(jié) 實(shí)驗(yàn)方法
1、實(shí)驗(yàn)藥物野罌粟有效成分(總生物堿)的制備
2、過敏性哮喘模型建立
3、潰瘍性結(jié)腸炎大鼠模型的復(fù)制
4、分組與給藥
5、結(jié)腸組織病理學(xué)檢查
5.1 樣本采集
5.2 HE染色觀察模型形態(tài)學(xué)變化
5.2.1 石蠟包埋
5.2.2 HE染色處理
5.3.3 掃描切片處理
6、統(tǒng)計(jì)分析
第三節(jié) 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
1、大鼠體重變化
2、DAI評分
3、結(jié)腸組織病理檢測
第四節(jié) 小結(jié)與討論
第二章 基于RNA-Seq技術(shù)分析哮喘模型與潰瘍性結(jié)腸炎模型大鼠共同差異表達(dá)基因
第一節(jié) 實(shí)驗(yàn)材料
1、實(shí)驗(yàn)動物
2、實(shí)驗(yàn)試劑
3、實(shí)驗(yàn)儀器
第二節(jié) 實(shí)驗(yàn)方法
1、UC模型復(fù)制
2、過敏性哮喘模型復(fù)制
3、取結(jié)腸組織及肺組織
4、測序?qū)嶒?yàn)流程
4.1 從組織樣品中提取RNA
4.2 富集mRNA
4.3 mRNA片段化處理
4.4 cDNA的反轉(zhuǎn)合成
4.5 連接adaptor
4.6 Illumina Hiseq4000上機(jī)測序
5、RNA-Seq生物信息學(xué)分析
5.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
5.1.1 堿基錯(cuò)誤率分布統(tǒng)計(jì)
5.1.2 質(zhì)量分布
5.1.3 堿基分布
5.2 測序數(shù)據(jù)分析
5.2.1 比對率分析
5.2.2 轉(zhuǎn)錄組的整體質(zhì)量評估
5.2.2.1 測序飽和度分析
5.2.2.2 分析基因覆蓋度
5.2.2.3 冗余序列分析
5.3 轉(zhuǎn)錄組深層分析
5.3.1 分析表達(dá)量
5.3.2 分析差異表達(dá)
5.3.3 分析差異基因功能
6、差異基因驗(yàn)證
7、統(tǒng)計(jì)分析
第三節(jié) 結(jié)果
1、質(zhì)檢結(jié)果
2、測序數(shù)據(jù)分析
2.1 質(zhì)量評估
2.2 表達(dá)量分析
2.3 樣品整體質(zhì)量評估
2.3.1 飽和度分析
2.3.2 基因覆蓋度分析
2.3.3 冗余序列分析
2.4 差異表達(dá)分析
2.5 共有差異表達(dá)基因分析
3、相關(guān)差異基因驗(yàn)證
3.1 差異表達(dá)基因的GO功能分析
3.2 GO富集分析
3.3 GO富集DAG分析
3.4 KEGG富集通路分析
3.5 KEGG差異基因代謝通路分析
4、相關(guān)共同差異基因驗(yàn)證
第四節(jié) 小結(jié)與討論
第三章 野罌粟對哮喘模型和UC模型大鼠共同差異表達(dá)基因的調(diào)節(jié)作用
第一節(jié)、實(shí)驗(yàn)材料
1、實(shí)驗(yàn)動物
2、實(shí)驗(yàn)藥品及試劑
3、實(shí)驗(yàn)儀器
第二節(jié) 實(shí)驗(yàn)方法
1、提取準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)藥物野罌粟總生物堿
2、動物模型建立
3、分組及給藥
4、取肺及結(jié)腸組織
5、RNA提取
6、逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系與合成cDNA
7、引物設(shè)定
8、實(shí)時(shí)定量PCR
9、統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
第三節(jié) 結(jié)果
1、野罌粟對腸組織中差異表達(dá)基因的影響
2、野罌粟對肺組織中差異表達(dá)基因的影響
第四節(jié) 討論
結(jié)論
綜述
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]通腑平喘方對膿毒癥急性肺損傷大鼠Keap1-Nrf2/ARE信號通路的影響[J]. 楊麗夢,熊旭東. 中國中醫(yī)急癥. 2019(02)
[2]宣肺通腑方治療重癥肺炎機(jī)械通氣患者30例臨床研究[J]. 張艷,林閩,王尚禮. 新中醫(yī). 2019(02)
[3]基于便秘模型小鼠相關(guān)差異蛋白表達(dá)探討中醫(yī)“肺與大腸相表里”理論[J]. 季幸姝,李燕舞,周福生,侯麗穎. 廣州中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(02)
[4]哮喘動物模型建立的研究進(jìn)展[J]. 張睦涵,朱振剛. 實(shí)驗(yàn)動物科學(xué). 2018(04)
[5]基于NF-κb信號通路的變化探討“肺與大腸相表里”[J]. 江志超,黃水仙. 廣西中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(01)
[6]針刺從肺腸論治對支氣管哮喘患者中醫(yī)癥狀的影響[J]. 鄭革平. 中西醫(yī)結(jié)合心血管病電子雜志. 2018(01)
[7]炎癥性腸病動物模型的研究進(jìn)展[J]. 張露丁,高文艷. 現(xiàn)代中西醫(yī)結(jié)合雜志. 2017(33)
[8]Fkbp51基因敲除小鼠心臟與肝臟RNA表達(dá)譜系的分析比較[J]. 武光東,邱彬,王婷婷,劉云波,雍偉東. 中國比較醫(yī)學(xué)雜志. 2017(07)
[9]運(yùn)用“土郁奪之”理論指導(dǎo)治療濕熱內(nèi)蘊(yùn)型潰瘍性結(jié)腸炎的系統(tǒng)評價(jià)[J]. 朱葉珊,陳建權(quán),劉建平. 中國醫(yī)藥導(dǎo)報(bào). 2017(10)
[10]益生菌在兒童過敏性疾病的應(yīng)用[J]. 鄭躍杰. 中國實(shí)用兒科雜志. 2017(02)
博士論文
[1]基于腸道菌群失調(diào)并過敏性哮喘大鼠TLRs/NF-κB信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路及腸道菌群16SrDNA的“肺與大腸相表里”免疫機(jī)制研究[D]. 付雯.成都中醫(yī)藥大學(xué) 2015
[2]基于肺腸微生態(tài)和MEK/ERK信號通路探討肺與大腸病理傳變的生物學(xué)基礎(chǔ)[D]. 鄭秀麗.成都中醫(yī)藥大學(xué) 2013
[3]“肺合大腸”中的氣機(jī)升降理論研究[D]. 李磊.山東中醫(yī)藥大學(xué) 2011
碩士論文
[1]宣肺利氣法針刺對胃腸癌術(shù)后胃腸功能恢復(fù)的臨床觀察[D]. 黃展明.廣州中醫(yī)藥大學(xué) 2016
[2]基于“肺與大腸相表里”理論指導(dǎo)治療痰熱壅盛型肺癌的臨床研究[D]. 姬旭科.云南中醫(yī)學(xué)院 2015
[3]中藥口服配合灌腸治療慢性肺心病急性加重期的臨床研究[D]. 呂江夏.廣州中醫(yī)藥大學(xué) 2014
[4]野罌粟澀腸止瀉與歸大腸經(jīng)的在體實(shí)驗(yàn)研究[D]. 鐘伯雄.中央民族大學(xué) 2012
[5]野罌粟水煎劑對番瀉葉致瀉小鼠止瀉作用的機(jī)理研究[D]. 劉素芳.北京中醫(yī)藥大學(xué) 2007
本文編號:3045572
【文章來源】:中央民族大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】:103 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
英文縮略詞表
前言
第一章 “肺病及腸”及“腸病及肺”兩種模型的復(fù)制與野罌粟的藥效評價(jià)
第一節(jié) 實(shí)驗(yàn)材料
1、實(shí)驗(yàn)動物
2、實(shí)驗(yàn)藥品及試劑
3、實(shí)驗(yàn)儀器
第二節(jié) 實(shí)驗(yàn)方法
1、實(shí)驗(yàn)藥物野罌粟有效成分(總生物堿)的制備
2、過敏性哮喘模型建立
3、潰瘍性結(jié)腸炎大鼠模型的復(fù)制
4、分組與給藥
5、結(jié)腸組織病理學(xué)檢查
5.1 樣本采集
5.2 HE染色觀察模型形態(tài)學(xué)變化
5.2.1 石蠟包埋
5.2.2 HE染色處理
5.3.3 掃描切片處理
6、統(tǒng)計(jì)分析
第三節(jié) 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
1、大鼠體重變化
2、DAI評分
3、結(jié)腸組織病理檢測
第四節(jié) 小結(jié)與討論
第二章 基于RNA-Seq技術(shù)分析哮喘模型與潰瘍性結(jié)腸炎模型大鼠共同差異表達(dá)基因
第一節(jié) 實(shí)驗(yàn)材料
1、實(shí)驗(yàn)動物
2、實(shí)驗(yàn)試劑
3、實(shí)驗(yàn)儀器
第二節(jié) 實(shí)驗(yàn)方法
1、UC模型復(fù)制
2、過敏性哮喘模型復(fù)制
3、取結(jié)腸組織及肺組織
4、測序?qū)嶒?yàn)流程
4.1 從組織樣品中提取RNA
4.2 富集mRNA
4.3 mRNA片段化處理
4.4 cDNA的反轉(zhuǎn)合成
4.5 連接adaptor
4.6 Illumina Hiseq4000上機(jī)測序
5、RNA-Seq生物信息學(xué)分析
5.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
5.1.1 堿基錯(cuò)誤率分布統(tǒng)計(jì)
5.1.2 質(zhì)量分布
5.1.3 堿基分布
5.2 測序數(shù)據(jù)分析
5.2.1 比對率分析
5.2.2 轉(zhuǎn)錄組的整體質(zhì)量評估
5.2.2.1 測序飽和度分析
5.2.2.2 分析基因覆蓋度
5.2.2.3 冗余序列分析
5.3 轉(zhuǎn)錄組深層分析
5.3.1 分析表達(dá)量
5.3.2 分析差異表達(dá)
5.3.3 分析差異基因功能
6、差異基因驗(yàn)證
7、統(tǒng)計(jì)分析
第三節(jié) 結(jié)果
1、質(zhì)檢結(jié)果
2、測序數(shù)據(jù)分析
2.1 質(zhì)量評估
2.2 表達(dá)量分析
2.3 樣品整體質(zhì)量評估
2.3.1 飽和度分析
2.3.2 基因覆蓋度分析
2.3.3 冗余序列分析
2.4 差異表達(dá)分析
2.5 共有差異表達(dá)基因分析
3、相關(guān)差異基因驗(yàn)證
3.1 差異表達(dá)基因的GO功能分析
3.2 GO富集分析
3.3 GO富集DAG分析
3.4 KEGG富集通路分析
3.5 KEGG差異基因代謝通路分析
4、相關(guān)共同差異基因驗(yàn)證
第四節(jié) 小結(jié)與討論
第三章 野罌粟對哮喘模型和UC模型大鼠共同差異表達(dá)基因的調(diào)節(jié)作用
第一節(jié)、實(shí)驗(yàn)材料
1、實(shí)驗(yàn)動物
2、實(shí)驗(yàn)藥品及試劑
3、實(shí)驗(yàn)儀器
第二節(jié) 實(shí)驗(yàn)方法
1、提取準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)藥物野罌粟總生物堿
2、動物模型建立
3、分組及給藥
4、取肺及結(jié)腸組織
5、RNA提取
6、逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系與合成cDNA
7、引物設(shè)定
8、實(shí)時(shí)定量PCR
9、統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
第三節(jié) 結(jié)果
1、野罌粟對腸組織中差異表達(dá)基因的影響
2、野罌粟對肺組織中差異表達(dá)基因的影響
第四節(jié) 討論
結(jié)論
綜述
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]通腑平喘方對膿毒癥急性肺損傷大鼠Keap1-Nrf2/ARE信號通路的影響[J]. 楊麗夢,熊旭東. 中國中醫(yī)急癥. 2019(02)
[2]宣肺通腑方治療重癥肺炎機(jī)械通氣患者30例臨床研究[J]. 張艷,林閩,王尚禮. 新中醫(yī). 2019(02)
[3]基于便秘模型小鼠相關(guān)差異蛋白表達(dá)探討中醫(yī)“肺與大腸相表里”理論[J]. 季幸姝,李燕舞,周福生,侯麗穎. 廣州中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(02)
[4]哮喘動物模型建立的研究進(jìn)展[J]. 張睦涵,朱振剛. 實(shí)驗(yàn)動物科學(xué). 2018(04)
[5]基于NF-κb信號通路的變化探討“肺與大腸相表里”[J]. 江志超,黃水仙. 廣西中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(01)
[6]針刺從肺腸論治對支氣管哮喘患者中醫(yī)癥狀的影響[J]. 鄭革平. 中西醫(yī)結(jié)合心血管病電子雜志. 2018(01)
[7]炎癥性腸病動物模型的研究進(jìn)展[J]. 張露丁,高文艷. 現(xiàn)代中西醫(yī)結(jié)合雜志. 2017(33)
[8]Fkbp51基因敲除小鼠心臟與肝臟RNA表達(dá)譜系的分析比較[J]. 武光東,邱彬,王婷婷,劉云波,雍偉東. 中國比較醫(yī)學(xué)雜志. 2017(07)
[9]運(yùn)用“土郁奪之”理論指導(dǎo)治療濕熱內(nèi)蘊(yùn)型潰瘍性結(jié)腸炎的系統(tǒng)評價(jià)[J]. 朱葉珊,陳建權(quán),劉建平. 中國醫(yī)藥導(dǎo)報(bào). 2017(10)
[10]益生菌在兒童過敏性疾病的應(yīng)用[J]. 鄭躍杰. 中國實(shí)用兒科雜志. 2017(02)
博士論文
[1]基于腸道菌群失調(diào)并過敏性哮喘大鼠TLRs/NF-κB信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路及腸道菌群16SrDNA的“肺與大腸相表里”免疫機(jī)制研究[D]. 付雯.成都中醫(yī)藥大學(xué) 2015
[2]基于肺腸微生態(tài)和MEK/ERK信號通路探討肺與大腸病理傳變的生物學(xué)基礎(chǔ)[D]. 鄭秀麗.成都中醫(yī)藥大學(xué) 2013
[3]“肺合大腸”中的氣機(jī)升降理論研究[D]. 李磊.山東中醫(yī)藥大學(xué) 2011
碩士論文
[1]宣肺利氣法針刺對胃腸癌術(shù)后胃腸功能恢復(fù)的臨床觀察[D]. 黃展明.廣州中醫(yī)藥大學(xué) 2016
[2]基于“肺與大腸相表里”理論指導(dǎo)治療痰熱壅盛型肺癌的臨床研究[D]. 姬旭科.云南中醫(yī)學(xué)院 2015
[3]中藥口服配合灌腸治療慢性肺心病急性加重期的臨床研究[D]. 呂江夏.廣州中醫(yī)藥大學(xué) 2014
[4]野罌粟澀腸止瀉與歸大腸經(jīng)的在體實(shí)驗(yàn)研究[D]. 鐘伯雄.中央民族大學(xué) 2012
[5]野罌粟水煎劑對番瀉葉致瀉小鼠止瀉作用的機(jī)理研究[D]. 劉素芳.北京中醫(yī)藥大學(xué) 2007
本文編號:3045572
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