基于生信學數(shù)據(jù)挖掘和實驗研究的銀芍散抗高脂血癥的研究
發(fā)布時間:2021-01-16 02:42
目的:利用網(wǎng)絡(luò)藥理學技術(shù)結(jié)合動物實驗驗證,尋找銀芍散治療高脂血癥的作用靶點,探討可能的作用機制。方法:利用TCMSP中藥化學成分數(shù)據(jù)庫,結(jié)合文獻報道篩選銀芍散中核心化學成分。采用2D/3D化合物相似性方法和反向藥效團匹配方法在Swiss Target Prediction和PharmMapper數(shù)據(jù)庫中篩選成分潛在作用靶點,同時比對篩選CooLGeN數(shù)據(jù)庫中已批準的降脂藥物靶基因,使用Cytoscape軟件構(gòu)建成分-靶點-通路網(wǎng)絡(luò),應(yīng)用ClueGO進行GO富集分析和KEGG通路注釋分析,分析銀芍散降血脂可能作用機制。采用高脂血癥大鼠模型,銀芍散干預6 w后測定血清中總膽固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白膽固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)水平。肝組織HE染色觀察病理,熒光定量PCR(q-PCR)檢測肝組織TNF-α、NF-κB、PPAR-γ、LDL-R基因表達。結(jié)果:本研究建立了銀芍散的"成分-疾病-靶點"網(wǎng)絡(luò),共發(fā)現(xiàn)21個銀芍散治療高血脂癥可能的作用靶點,GO富集及KEGG分析表明其中16個靶點涉及25條作用通路。分子對接顯示銀芍散潛在的16個作用靶點與3...
【文章來源】:中藥藥理與臨床. 2020,36(03)北大核心
【文章頁數(shù)】:8 頁
【部分圖文】:
銀芍散對高脂血癥大鼠模型肝臟病理的影響
根據(jù)Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫預測的結(jié)果,以Probability值≥0.5為條件進行篩選,排除重復項,結(jié)果得到銀芍散潛在作用靶點314個。在CooLGeN和OMIM數(shù)據(jù)庫中搜索高血脂癥的作用靶點共290個。韋恩圖(圖1)顯示銀芍散共有21個治療高脂血癥的潛在靶點,表中頻次越高說明該靶點與成分的交互次數(shù)越多,成分對該靶點越集中,結(jié)果見表3。表3 銀芍散治療高脂血癥的潛在作用靶點 Gene Name Uniprot ID Target 頻次/次 TNF-α P01375 Tumor necrosis factor(腫瘤壞死因子) 17 NF-κB1 P19838 Nuclear factor kappa B subunit 1(核轉(zhuǎn)錄因子κB亞基1) 13 LPL P06858 Lipoprotein lipase(脂蛋白脂肪酶) 6 LDLR P01130 Low-density lipoprotein receptor(低密度脂蛋白受體) 6 PPARG P37231 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma(過氧化物酶體增殖物激活受體γ) 6 BCL2 P10415 Apoptosis regulator Bcl-2(凋亡調(diào)節(jié)因子Bcl-2) 5 NR1H4 Q96RI1 Bile acid receptor(膽汁酸受體) 5 SEC14L2 O76054 SEC14-like protein 2(SEC14樣蛋白2) 4 BAX Q07812 Apoptosis regulator BAX(凋亡調(diào)節(jié)因子Bax) 4 HMGCR P04035 HMG-CoA reductase(HMG-CoA還原酶) 3 CYP24A1 Q07973 Cytochrome P450 family 24 subfamily A member 1(細胞色素P450家族24亞家族A成員1) 3 HTR2A P28223 hydroxytryptamine receptor 2A(羥色胺受體2A) 2 FDFT1 P37268 Squalene synthase(鯊烯合酶) 2 CALB1 P05937 Calbindin(鈣結(jié)合蛋白) 1 CYP27A1 Q02318 Cytochrome P450 family 27 subfamily A member 1(細胞色素P450家族27亞家族A成員1) 1 BACE1 P56817 Beta-secretase 1(β-分泌酶1) 1 ALOX5 P09917 Arachidonate 5-lipoxygenase(花生四烯酸5-脂氧合酶) 1 AR P10275 Androgen receptor(雄激素受體) 1 ALB P02768 Serum albumin(血清白蛋白) 1 F7 P08709 Coagulation factor VII(凝血因子Ⅶ) 1 LPA P08519 Apolipoprotein(a)(載脂蛋白a) 1
GO富集分析了銀芍散潛在靶點的功能分布,其中biologicalprocess(生物過程)與脂質(zhì)生物合成的調(diào)控、脂質(zhì)儲存調(diào)節(jié)、膽固醇生物合成、低密度脂蛋白顆粒的應(yīng)答、酒精生物合成調(diào)控、甾體生物合成調(diào)控、腫瘤壞死因子介導的信號通路、維生素D代謝和膽汁分泌等方面相關(guān),其中主要以脂質(zhì)生物合成的正向調(diào)控為主;molecular function(分子功能)與RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄因子活性和特異性DNA結(jié)合相關(guān);cellular component(細胞組分)與血漿脂蛋白顆粒相關(guān),見圖2。2.3.2 KEGG通路分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的血必凈注射液治療急性肺損傷作用機制研究[J]. 左莉華,周霖,師瑩瑩,李卓倫,劉麗偉,姜曉芳,王丹,燕樹勛,孫志,張曉堅. 中草藥. 2018(15)
[2]銀杏雙黃酮藥理作用的研究進展[J]. 涂清波,孫云,許婷,林穎,呂志陽,盛晟,王俊,吳福安. 山東醫(yī)藥. 2018(19)
[3]SPF級SD大鼠高血脂模型建立的實驗報告[J]. 鄭立新,楊光,蔡祥焜,喬秋爽,葉曉薇,田世民. 中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2018(07)
[4]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的款冬花止咳化痰活性成分靶點探究[J]. 李靜,高麗,高耀,秦雪梅,李震宇. 中草藥. 2018(01)
[5]積雪草酸通過調(diào)節(jié)TLR4和PPAR-γ活性抑制內(nèi)毒素誘導的血管平滑肌細胞炎癥反應(yīng)[J]. 孟哲,李海禹,劉宇宙,陶海龍,李凌. 中國藥理學通報. 2018(01)
[6]赤芍總苷藥理作用的研究進展[J]. 董國菊. 環(huán)球中醫(yī)藥. 2017(09)
[7]銀杏藥理作用研究進展[J]. 李思佳,耿劍亮,張悅,楊娜,周芳,阿基業(yè),王廣基. 藥物評價研究. 2017(06)
[8]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的吳茱萸湯作用機制分析[J]. 劉鑫馗,吳嘉瑞,藺夢娟,張曉朦. 中國實驗方劑學雜志. 2017(16)
[9]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的百合地黃湯干預心理亞健康作用機制研究[J]. 趙蕾,武嫣斐,高耀,向歡,秦雪梅,田俊生. 藥學學報. 2017(01)
[10]銀杏內(nèi)酯研究進展[J]. 田青亞,鞏麗麗. 中南藥學. 2016(08)
本文編號:2979998
【文章來源】:中藥藥理與臨床. 2020,36(03)北大核心
【文章頁數(shù)】:8 頁
【部分圖文】:
銀芍散對高脂血癥大鼠模型肝臟病理的影響
根據(jù)Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫預測的結(jié)果,以Probability值≥0.5為條件進行篩選,排除重復項,結(jié)果得到銀芍散潛在作用靶點314個。在CooLGeN和OMIM數(shù)據(jù)庫中搜索高血脂癥的作用靶點共290個。韋恩圖(圖1)顯示銀芍散共有21個治療高脂血癥的潛在靶點,表中頻次越高說明該靶點與成分的交互次數(shù)越多,成分對該靶點越集中,結(jié)果見表3。表3 銀芍散治療高脂血癥的潛在作用靶點 Gene Name Uniprot ID Target 頻次/次 TNF-α P01375 Tumor necrosis factor(腫瘤壞死因子) 17 NF-κB1 P19838 Nuclear factor kappa B subunit 1(核轉(zhuǎn)錄因子κB亞基1) 13 LPL P06858 Lipoprotein lipase(脂蛋白脂肪酶) 6 LDLR P01130 Low-density lipoprotein receptor(低密度脂蛋白受體) 6 PPARG P37231 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma(過氧化物酶體增殖物激活受體γ) 6 BCL2 P10415 Apoptosis regulator Bcl-2(凋亡調(diào)節(jié)因子Bcl-2) 5 NR1H4 Q96RI1 Bile acid receptor(膽汁酸受體) 5 SEC14L2 O76054 SEC14-like protein 2(SEC14樣蛋白2) 4 BAX Q07812 Apoptosis regulator BAX(凋亡調(diào)節(jié)因子Bax) 4 HMGCR P04035 HMG-CoA reductase(HMG-CoA還原酶) 3 CYP24A1 Q07973 Cytochrome P450 family 24 subfamily A member 1(細胞色素P450家族24亞家族A成員1) 3 HTR2A P28223 hydroxytryptamine receptor 2A(羥色胺受體2A) 2 FDFT1 P37268 Squalene synthase(鯊烯合酶) 2 CALB1 P05937 Calbindin(鈣結(jié)合蛋白) 1 CYP27A1 Q02318 Cytochrome P450 family 27 subfamily A member 1(細胞色素P450家族27亞家族A成員1) 1 BACE1 P56817 Beta-secretase 1(β-分泌酶1) 1 ALOX5 P09917 Arachidonate 5-lipoxygenase(花生四烯酸5-脂氧合酶) 1 AR P10275 Androgen receptor(雄激素受體) 1 ALB P02768 Serum albumin(血清白蛋白) 1 F7 P08709 Coagulation factor VII(凝血因子Ⅶ) 1 LPA P08519 Apolipoprotein(a)(載脂蛋白a) 1
GO富集分析了銀芍散潛在靶點的功能分布,其中biologicalprocess(生物過程)與脂質(zhì)生物合成的調(diào)控、脂質(zhì)儲存調(diào)節(jié)、膽固醇生物合成、低密度脂蛋白顆粒的應(yīng)答、酒精生物合成調(diào)控、甾體生物合成調(diào)控、腫瘤壞死因子介導的信號通路、維生素D代謝和膽汁分泌等方面相關(guān),其中主要以脂質(zhì)生物合成的正向調(diào)控為主;molecular function(分子功能)與RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄因子活性和特異性DNA結(jié)合相關(guān);cellular component(細胞組分)與血漿脂蛋白顆粒相關(guān),見圖2。2.3.2 KEGG通路分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的血必凈注射液治療急性肺損傷作用機制研究[J]. 左莉華,周霖,師瑩瑩,李卓倫,劉麗偉,姜曉芳,王丹,燕樹勛,孫志,張曉堅. 中草藥. 2018(15)
[2]銀杏雙黃酮藥理作用的研究進展[J]. 涂清波,孫云,許婷,林穎,呂志陽,盛晟,王俊,吳福安. 山東醫(yī)藥. 2018(19)
[3]SPF級SD大鼠高血脂模型建立的實驗報告[J]. 鄭立新,楊光,蔡祥焜,喬秋爽,葉曉薇,田世民. 中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2018(07)
[4]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的款冬花止咳化痰活性成分靶點探究[J]. 李靜,高麗,高耀,秦雪梅,李震宇. 中草藥. 2018(01)
[5]積雪草酸通過調(diào)節(jié)TLR4和PPAR-γ活性抑制內(nèi)毒素誘導的血管平滑肌細胞炎癥反應(yīng)[J]. 孟哲,李海禹,劉宇宙,陶海龍,李凌. 中國藥理學通報. 2018(01)
[6]赤芍總苷藥理作用的研究進展[J]. 董國菊. 環(huán)球中醫(yī)藥. 2017(09)
[7]銀杏藥理作用研究進展[J]. 李思佳,耿劍亮,張悅,楊娜,周芳,阿基業(yè),王廣基. 藥物評價研究. 2017(06)
[8]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的吳茱萸湯作用機制分析[J]. 劉鑫馗,吳嘉瑞,藺夢娟,張曉朦. 中國實驗方劑學雜志. 2017(16)
[9]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學的百合地黃湯干預心理亞健康作用機制研究[J]. 趙蕾,武嫣斐,高耀,向歡,秦雪梅,田俊生. 藥學學報. 2017(01)
[10]銀杏內(nèi)酯研究進展[J]. 田青亞,鞏麗麗. 中南藥學. 2016(08)
本文編號:2979998
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