本文旨在通過網(wǎng)絡藥理學和分子對接探索荊芥-防風藥對治療冠狀病毒肺炎的潛在藥效物質(zhì)和作用靶點。首先,通過檢索TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫收集荊芥-防風中活性成分及其作用靶點,并在GeneCards、OMIM、NCBI Gene數(shù)據(jù)庫收集冠狀病毒肺炎相關靶點。然后,兩者取交集運用STRING數(shù)據(jù)庫分析關鍵靶點間蛋白相互作用,并利用DAVID數(shù)據(jù)庫進行生物功能和通路分析。最后,利用Autodock軟件對潛在藥效物質(zhì)和關鍵靶點進行分子對接。本研究共收集到28個活性成分、56個關鍵靶點。GO功能富集收集到176個生物過程（biological process）、47個分子功能（cell compound）、36個細胞組分（molecular function）（P<0.05）。KEGG通路富集共收集到99條通路（P<0.05）。分子對接結(jié)果顯示,潛在藥效物質(zhì)與關鍵靶點及血管緊張素轉(zhuǎn)化酶II、COVID-19 main protease對接結(jié)果能量低于-5 kcal/mol。本文揭示了荊芥-防風藥對治療冠狀病毒肺炎可能的潛在藥效物質(zhì)和作用靶點,為荊芥-防風的開發(fā)和后... 

【文章來源】：天然產(chǎn)物研究與開發(fā). 2020年07期 北大核心

【文章頁數(shù)】：12 頁

【部分圖文】：

GO功能富集和KEGG通路富集

序號No. TCMSP標識TCMSP ID 化合物名稱Name 生物利用度OB(%) 類藥性DL PubChem標識PubChem ID 草藥Herb M18 MOL011730 11-Hydroxy-sec-O-beta-D-glucosylhamaudol_qt 50.24 0.27 - SR M19 MOL011732 Praeruptorin B 59.65 0.66 6859585 SR M20 MOL011735 Deltoin 46.69 0.37 906525 SR M21 MOL011737 Divaricatacid 87.00 0.32 101866715 SR M22 MOL011740 Divaricatol 31.65 0.38 9974111 SR M23 MOL011747 Ledebouriellol 32.05 0.51 5318962 SR M24 MOL011753 5-O-Methylvisamminol 37.99 0.25 441970 SR M25 MOL011849 Schizonepetoside B 47.74 0.27 5248526 SH M26 MOL011856 Schkuhrin I 54.45 0.52 5281471 SH M27 MOL013077 Decursin 39.27 0.38 442126 SR M28 MOL001506 Supraene 33.55 0.42 638072 SH2.2 藥物靶點基因篩選及關鍵基因獲取

將56個關鍵靶點導入STRING數(shù)據(jù)庫,基因類型改為“Homo sapiens”,并將置信度設置為high confidence 0.700,獲得PPI網(wǎng)絡圖TSV格式文件,將其導入Cytoscaope軟件進行可視化處理(圖3)。圖3中共涉及54個節(jié)點(node),399條邊(edge)。PPI網(wǎng)路圖中,節(jié)點根據(jù)度值從最低點以順時針排列為圓形,節(jié)點的大小代表betweenness centrality大小,節(jié)點顏色從淡綠色漸變至橙色表示closeness centrality從小到大變化,edge的粗細從粗到細表示edge betweenness從大到小,利用edge顏色從淡綠色漸變至橙色表示combined score大小。共有23個蛋白度值高于平均值(表2),其中度值前十的蛋白為IL6、TNF、MAPK1、TP53、IL1β、RELA、IL10、CXCL8、CCL2、ICAM1,說明這10種蛋白在網(wǎng)絡中與其他蛋白相互作用較多,在網(wǎng)絡中發(fā)揮了重要作用。表2 Degree值高于平均值的23個靶蛋白Table 2 Twenty-three targets with degree values above average 序號No. 靶點Name of target 度值Degree 序號No. 靶點Name of target 度值Degree 1 IL6 36 13 STAT1 22 2 TNF 34 14 EGFR 22 3 MAPK1 31 15 IL2 22 4 TP53 29 16 PTGS2 22 5 IL1B 29 17 IL4 21 6 RELA 28 18 FOS 21 7 IL10 25 19 IFNG 20 8 CXCL8 25 20 PPARG 17 9 CCL2 25 21 HMOX1 17 10 ICAM1 24 22 NFKB1 16 11 MAPK14 23 23 CASP8 15 12 CASP3 22

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：2932610