本文關(guān)鍵詞：二酮酸化合物與HIV-1整合酶識(shí)別的分子模擬研究

  更多相關(guān)文章： 二酮酸類 HIV-整合酶 分子對(duì)接 分子動(dòng)力學(xué)模擬 自由能分解

【摘要】：目的研究二酮酸類化合物(diketoacids,DKAs)與HIV-1整合酶(integrase,IN)的分子識(shí)別機(jī)制和二者復(fù)合物的構(gòu)象變化,為預(yù)測(cè)同類化合物抑制活性提供理論支持。方法使用Auto Dock程序包將10個(gè)二酮酸類化合物與整合酶進(jìn)行了分子對(duì)接,得到一系列對(duì)接復(fù)合物模型。選取其中兩個(gè)抑制活性有明顯差異的復(fù)合物進(jìn)行了15ns的分子動(dòng)力學(xué)模擬,并從能量和氫鍵的角度分析了二者與HIV-1整合酶識(shí)別的關(guān)鍵殘基。結(jié)果二者特異性識(shí)別主要依靠與DDE基序形成的氫鍵,結(jié)合在由I141~M154,W61~L63和V77構(gòu)成的口袋中,與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)吻合�；诜肿觿�(dòng)力學(xué)模擬軌跡做了結(jié)合自由能分解,其中范德華能項(xiàng)與lg IC50有較高的線性相關(guān),結(jié)果表明該方程可用于此類化合物的活性預(yù)測(cè)。結(jié)論氫鍵是抑制劑維持活性及復(fù)合物穩(wěn)定的重要作用力。結(jié)合自由能中的疏水作用與抑制活性有明確的相關(guān)性。對(duì)后續(xù)HIV-1整合酶抑制劑設(shè)計(jì)具有一定的指導(dǎo)意義。
【作者單位】： 藥食同源植物資源開發(fā)四川省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室四川抗菌素工業(yè)研究所成都大學(xué);
【關(guān)鍵詞】： 二酮酸類 HIV-整合酶 分子對(duì)接 分子動(dòng)力學(xué)模擬 自由能分解
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(No.11247018和No.11147175) 四川省教育廳科研重點(diǎn)項(xiàng)目(No.12ZA066) 樂山市科技計(jì)劃項(xiàng)目(No.14SZD018)
【分類號(hào)】：R943
【正文快照】： 獲得性免疫缺陷綜合征(acquired immuno-defi ciency syndrome,AIDS),俗稱艾滋病,由人類免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)引起。現(xiàn)已成為目前人類最主要的流行病之一[1],嚴(yán)重威脅著人類健康。HIV為逆轉(zhuǎn)錄病毒,可分為1型(HIV-1)和2型(HIV-2)兩類。其中HIV-1是引

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：632446