本文關(guān)鍵詞：基于序列的蛋白質(zhì)—藥物相互作用預(yù)測(cè)研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：蛋白質(zhì)是生命科學(xué)和醫(yī)藥化學(xué)中一類(lèi)重要的有機(jī)大分子,蛋白質(zhì)擔(dān)負(fù)著各種生理功能,是生命活動(dòng)的重要承擔(dān)者。因此研究蛋白質(zhì)與藥物之間相互作用機(jī)制,對(duì)于促進(jìn)人類(lèi)健康具有十分重要的意義。蛋白質(zhì)(Protein)與藥物(Drug)相互作用的識(shí)別在研究基因組藥物過(guò)程中起著關(guān)鍵的作用。傳統(tǒng)的生物實(shí)驗(yàn)方法確定蛋白質(zhì)與藥物相互作用,從時(shí)間和費(fèi)用兩個(gè)方面來(lái)說(shuō)代價(jià)都是昂貴的。因此,利用模式識(shí)別技術(shù),直接從蛋白質(zhì)序列出發(fā)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)與藥物相互作用就成了一項(xiàng)重要的工作。本文提出了一種基于序列的蛋白質(zhì)-藥物相互作用預(yù)測(cè)方法：從蛋白質(zhì)序列出發(fā)提取了進(jìn)化信息PSSM_ACT特征和偽氨基酸組成(PseAAC)特征,從藥物分子結(jié)構(gòu)出發(fā)提取了分子指紋特征,并對(duì)分子指紋特征分別進(jìn)行了離散傅里葉變換和離散小波變換,然后通過(guò)特征組合方法將蛋白質(zhì)特征和藥物特征組合為不同蛋白質(zhì)-藥物對(duì)向量作為訓(xùn)練樣本。在預(yù)測(cè)階段,采用基于證據(jù)理論K近鄰、支持向量機(jī)(SVM)和隨機(jī)森林(Random Forest)計(jì)算出每個(gè)樣本發(fā)生相互作用的概率,然后選取適當(dāng)?shù)拈撝蹬卸ㄏ嗷プ饔脤?duì)。在兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集上的留一法驗(yàn)證結(jié)果表明,本文基于序列的預(yù)測(cè)方法在一定程度上提升了預(yù)測(cè)精度。與iGPCR_Drug、pNN_FGBF、LargeScale、三種常見(jiàn)的預(yù)測(cè)方法的結(jié)果比較表明,本文提出的方法預(yù)測(cè)性能最優(yōu),說(shuō)明了本文方法的有效性。
【關(guān)鍵詞】：相互作用預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì)-藥物對(duì) 特征組合 支持向量機(jī) 隨機(jī)森林
【學(xué)位授予單位】：南京理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：R96
【目錄】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-7
• 1 緒論7-13
• 1.1 引言7
• 1.2 研究背景7-9
• 1.3 研究意義9-10
• 1.4 國(guó)內(nèi)外研究概況10-11
• 1.5 論文主要研究?jī)?nèi)容11
• 1.6 本文結(jié)構(gòu)11-13
• 2 蛋白質(zhì)-藥物相互作用預(yù)測(cè)概述13-23
• 2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)及其分子組成13-17
• 2.1.1 蛋白質(zhì)概述13-15
• 2.1.2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)層次15-16
• 2.1.3 蛋白質(zhì)面向計(jì)算機(jī)表示方法16-17
• 2.2 藥物概述17
• 2.2.1 藥物基本信息17
• 2.2.2 藥物作用17
• 2.3 蛋白質(zhì)與藥物相互作用預(yù)測(cè)研究方法17-21
• 2.3.1 文本挖掘方法18-19
• 2.3.2 基于結(jié)構(gòu)的方法19-20
• 2.3.3 基于序列的方法20-21
• 2.4 本章小結(jié)21-23
• 3 特征提取及預(yù)測(cè)模型建立23-38
• 3.1 蛋白質(zhì)特征提取23-27
• 3.1.1 PSSM ACT23-24
• 3.1.2 PSEAAC24-27
• 3.2 藥物特征提取27-29
• 3.2.1 藥物分子指紋特征提取27-29
• 3.3 特征組合29-30
• 3.4 建立預(yù)測(cè)模型30-34
• 3.4.1 基于證據(jù)理論的K近鄰(OET-KNN)30-31
• 3.4.2 支持向量機(jī)(SVM)31-33
• 3.4.3 隨機(jī)森林(RF)33-34
• 3.5 結(jié)果評(píng)價(jià)及驗(yàn)證策略34-36
• 3.5.1 評(píng)價(jià)指標(biāo)34-35
• 3.5.2 交叉驗(yàn)證35-36
• 3.5.3 獨(dú)立測(cè)試驗(yàn)證36
• 3.6 預(yù)測(cè)框架36-37
• 3.7 本章小結(jié)37-38
• 4 結(jié)果與討論38-52
• 4.1 數(shù)據(jù)集38-39
• 4.1.1 標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集38
• 4.1.2 獨(dú)立測(cè)試集38-39
• 4.2 實(shí)驗(yàn)參數(shù)配置39-42
• 4.2.1 分類(lèi)器參數(shù)配置39-40
• 4.2.2 閩值配置40-42
• 4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析42-49
• 4.3.1 DB1860_GPCR數(shù)據(jù)集的預(yù)測(cè)結(jié)果42-48
• 4.3.2 DB258_NR數(shù)據(jù)集的預(yù)測(cè)結(jié)果48-49
• 4.4 預(yù)測(cè)系統(tǒng)設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)49-51
• 4.5 本章小結(jié)51-52
• 5 總結(jié)與展望52-54
• 5.1 工作總結(jié)52
• 5.2 工作展望52-54
• 致謝54-55
• 參考文獻(xiàn)55-61
• 附錄61

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 方匡南;吳見(jiàn)彬;朱建平;謝邦昌;;隨機(jī)森林方法研究綜述[J];統(tǒng)計(jì)與信息論壇;2011年03期

2 李端;徐紅;曾衍霖;;藥物吸收速率常數(shù)的計(jì)算[J];中國(guó)藥學(xué)雜志;1982年06期

  本文關(guān)鍵詞：基于序列的蛋白質(zhì)—藥物相互作用預(yù)測(cè)研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：435584