他莫昔芬適用于絕經(jīng)前或絕經(jīng)后的患者,能有效降低雌激素受體陽性（estrogen receptor positive,ER+）患者的死亡率和復(fù)發(fā)率,目前仍然是乳腺癌內(nèi)分泌治療的基礎(chǔ)用藥,然而在臨床應(yīng)用中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)約半數(shù)患者出現(xiàn)原發(fā)或繼發(fā)性他莫昔芬耐藥.因此,鑒定有效的他莫昔芬耐藥關(guān)鍵基因?qū)門AM治療ER+的乳腺癌患者提供重要的參考價(jià)值.本文首先聯(lián)合Cancer Cell Line Encyclopedia （CCLE）數(shù)據(jù)庫中的乳腺癌細(xì)胞系表達(dá)譜和STRING數(shù)據(jù)庫中人類蛋白相互作用數(shù)據(jù),得到了基于乳腺癌的蛋白互作（breast cancer-based PPI,B_PPI）網(wǎng)絡(luò).再通過walktrap算法對B_PPI網(wǎng)絡(luò)中的基因進(jìn)行聚類分析,產(chǎn)生不同大小的群落.同時(shí),收集并分析GEO（Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫中與他莫昔芬耐藥相關(guān)的乳腺癌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從而得到表達(dá)差異基因.再用reciprocal best-hit方法對群落與表達(dá)差異基因進(jìn)行相似性分析找出與他莫昔芬耐藥相關(guān)的群落.依據(jù)群落的功能特性和差異基因網(wǎng)絡(luò)特性篩選... 

【文章來源】：陜西科技大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,38(05)

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

TAM耐藥相關(guān)群落功能富集分析

在網(wǎng)絡(luò)分析中,度(degree)是刻畫節(jié)點(diǎn)中心性的最直觀的度量指標(biāo).一個(gè)節(jié)點(diǎn)的degree越大,那么也就說明這個(gè)節(jié)點(diǎn)的degree centrally(度中心性)越高,也就是說明這個(gè)節(jié)點(diǎn)在該網(wǎng)絡(luò)中越重要.圖1(c)表明原始蛋白互作網(wǎng)絡(luò)與乳腺癌蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中的基因節(jié)點(diǎn)度具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上的差別(Mann-Whitney test,P<0.05).結(jié)果表明隨著網(wǎng)絡(luò)中基因組成的改變,其網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)也隨之改變.圖1 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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