發(fā)布時間：2021-08-26 19:11

　　新藥的研發(fā)過程往往周期長、耗資大且具有一定的隨機性和盲目性。通常,一個新藥從研發(fā)開始到成功上市平均耗時10-15年,平均耗費超過8億美元。盡管藥物開發(fā)的投資大,但產(chǎn)出并不理想。因此,加速創(chuàng)新藥物的研發(fā)已成為全球的共識。作為藥物研發(fā)的源頭,藥物-靶標相互作用的識別在藥物發(fā)現(xiàn)過程中起著重要的作用。然而,傳統(tǒng)的生物實驗以及臨床試驗的方法不僅需要大量的人力、財力,同時還伴隨著高的假陽性率和假陰性率。隨著機器學習和生物信息學的快速發(fā)展,計算機輔助的藥物-靶標相互作用預測方法已經(jīng)成為一種快速、準確的藥物靶標識別手段。本文采用基于集成學習的方法對藥物-標相互作用進行預測研究,主要內(nèi)容如下:（1）藥物化合物和靶標蛋白序列的數(shù)值化表征�？紤]到分子描述符可以根據(jù)藥物的物理性質(zhì)、原子數(shù)和化學鍵數(shù)這些指標將分子符號表示中編碼的化學信息轉(zhuǎn)換成有用的數(shù)值,從而可以區(qū)分不同的藥物分子。因此,本文采用基于分子亞結(jié)構(gòu)指紋的方式來表征藥物化合物。為了盡可能多的包含靶標蛋白的生物進化信息,本文使用了位置特異性得分矩陣（Position-Specific Score Matrix,PSSM）來表示靶標蛋白序列。（2）對于數(shù)值... 

【文章來源】：西京學院陜西省

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

007-2012年美國、歐洲、日本和中國的生物醫(yī)藥研發(fā)總額

作用并能夠治療某些疾病，該生物大分子就表示藥物靶標。通過對靶標蛋白的鑒定來進一步確定與之相關(guān)的疾病問題，不可少的。當藥物靶標確定之后，藥物研發(fā)者就能夠很容易試驗的有效性和安全性緊密結(jié)合起來。圖 2.1 給出了目前能夠靶標蛋白的所占比例圖。據(jù) FDA 的數(shù)據(jù)報道，當今所涉及的屬于酶、離子通道、G 蛋白偶聯(lián)受體（GPCRs）與核受體這據(jù)了整個藥物靶標數(shù)量的 88%。因此，本文也主要圍繞這四-靶標相互作用。下面，我們來介紹這四類藥物靶標蛋白家族4%4%4%2%1% 1%

如果給定藥物分子中存在子結(jié)構(gòu)，則指紋中相應的存在子結(jié)構(gòu)，則設(shè)置為 0。這樣，亞結(jié)構(gòu)指紋就能夠描述這項工作中，我們使用的化學結(jié)構(gòu)指紋圖譜集是從 PubChem屬性在 PubChem 系統(tǒng)中是通過二進制數(shù)據(jù)的形式來呈現(xiàn)出了 881 個亞結(jié)構(gòu)的信息，因此藥物分子特征是由 881 個二給出了藥物分子結(jié)構(gòu)的指紋轉(zhuǎn)化示意圖。具體的，對于給定物化合物，基于所提出的方法，它的指紋轉(zhuǎn)化結(jié)果如圖 2.3


本文編號：3364806