本文關鍵詞：基于多視角特征組合與隨機森林的G蛋白偶聯(lián)受體與藥物相互作用預測　出處：《南京理工大學學報》2016年01期 　論文類型：期刊論文

  更多相關文章： 偶聯(lián)受體 G蛋白偶聯(lián)受體 藥物 多視角特征 氨基酸組分 序列特征 分子指紋 隨機森林

【摘要】：為了提高G蛋白偶聯(lián)受體(G-protein-coupled receptors,GPCR)與藥物相互作用預測的精度,該文提出一種基于多視角特征組合與隨機森林的GPCR-Drug相互作用預測新方法。該方法首先從氨基酸組成成分和蛋白質(zhì)進化視角分別抽取GPCR的序列特征,并從分子指紋視角抽取藥物分子的特征;將所抽取的多視角特征進行組合,得到GPCR-Drug配對的特征表示;基于所提出的GPCR-Drug特征表示方法,使用隨機森林構建預測模型。在標準數(shù)據(jù)集上的交叉驗證和獨立測試結(jié)果驗證了該文所述方法的有效性。
【作者單位】： 南京理工大學計算機科學與工程學院;南京財經(jīng)大學信息工程學院;
【基金】：國家自然科學基金(61373062) 江蘇省自然科學基金(BK20141403) 江蘇省“六大人才高峰”項目(2013-XXRJ-022)
【分類號】：R96
【正文快照】： G蛋白偶聯(lián)受體(G-protein-coupled receptors,GPCR)作為一種特殊的膜蛋白,對于細胞完成正常的生命功能有著重要的意義。GPCR有著特殊的拓撲構象,包含7個α螺旋組成的跨膜結(jié)構域。這些結(jié)構域?qū)PCR分割為膜外N端(N-terminus)、膜內(nèi)C端(C-terminus)、3個膜外環(huán)(O-loop)和3個膜內(nèi)

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 錢維;王超;吳騁;許金芳;葉小飛;杜文民;賀佳;;運用隨機森林分析藥品不良反應發(fā)生的影響因素[J];中國衛(wèi)生統(tǒng)計;2013年02期

2 武曉巖;李康;;隨機森林方法在基因表達數(shù)據(jù)分析中的應用及研究進展[J];中國衛(wèi)生統(tǒng)計;2009年04期

3 李貞子;張濤;武曉巖;李康;;隨機森林回歸分析及在代謝調(diào)控關系研究中的應用[J];中國衛(wèi)生統(tǒng)計;2012年02期

4 劉永春;宋弘;;基于隨機森林的乳腺腫瘤診斷研究[J];電視技術;2014年15期

5 聶斌;王卓;杜建強;朱明峰;林劍鳴;艾國平;熊玲珠;;基于粗糙集和隨機森林算法輔助糖尿病并發(fā)癥分類研究[J];江西師范大學學報(自然科學版);2014年03期

6 武曉巖;李康;;基因表達數(shù)據(jù)判別分析的隨機森林方法[J];中國衛(wèi)生統(tǒng)計;2006年06期

7 武曉巖;閆曉光;李康;;基因表達數(shù)據(jù)的隨機森林逐步判別分析方法[J];中國衛(wèi)生統(tǒng)計;2007年02期

8 馬廣立;趙筱萍;程翼宇;;基于隨機森林與Chemistry Development Kit描述符的P-gp底物識別[J];高等學�；瘜W學報;2007年10期

9 苑婕;李曉杰;陳超;宋向崗;王淑美;;基于隨機森林算法的川芎成分-靶點-疾病網(wǎng)絡的預測研究[J];中國中藥雜志;2014年12期

10 ;[J];;年期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 謝程利;王金橋;盧漢清;;核森林及其在目標檢測中的應用[A];第六屆和諧人機環(huán)境聯(lián)合學術會議（HHME2010)、第19屆全國多媒體學術會議（NCMT2010）、第6屆全國人機交互學術會議（CHCI2010）、第5屆全國普適計算學術會議（PCC2010）論文集[C];2010年

2 武曉巖;方慶偉;;基因表達數(shù)據(jù)分析的隨機森林方法及算法改進[A];黑龍江省第十次統(tǒng)計科學討論會論文集[C];2008年

3 張?zhí)忑?梁龍;王康;李華;;隨機森林結(jié)合激光誘導擊穿光譜技術用于的鋼鐵分類[A];中國化學會第29屆學術年會摘要集——第19分會：化學信息學與化學計量學[C];2014年

4 相玉紅;張卓勇;;組蛋白去乙�；敢种苿┑臉嬓шP系研究[A];第十一屆全國計算（機）化學學術會議論文摘要集[C];2011年

5 張濤;李貞子;武曉巖;李康;;隨機森林回歸分析方法及在代謝組學中的應用[A];2011年中國衛(wèi)生統(tǒng)計學年會會議論文集[C];2011年

6 馮飛翔;馮輔周;江鵬程;劉菁;劉建敏;;隨機森林和k-近鄰法在某型坦克變速箱狀態(tài)識別中的應用[A];第八屆全國轉(zhuǎn)子動力學學術討論會論文集[C];2008年

7 曹東升;許青松;梁逸曾;陳憲;李洪東;;組合樹的集合體和后向消除策略去分類P-糖蛋白化合物[A];第十屆全國計算(機)化學學術會議論文摘要集[C];2009年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 曹正鳳;隨機森林算法優(yōu)化研究[D];首都經(jīng)濟貿(mào)易大學;2014年

2 雷震;隨機森林及其在遙感影像處理中應用研究[D];上海交通大學;2012年

3 岳明;基于隨機森林和規(guī)則集成法的酒類市場預測與發(fā)展戰(zhàn)略[D];天津大學;2008年

4 李書艷;單點氨基酸多態(tài)性與疾病相關關系的預測及其機制研究[D];蘭州大學;2010年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 錢維;藥品不良反應監(jiān)測中隨機森林方法的建立與實現(xiàn)[D];第二軍醫(yī)大學;2012年

2 韓燕龍;基于隨機森林的指數(shù)化投資組合構建研究[D];華南理工大學;2015年

3 賀捷;隨機森林在文本分類中的應用[D];華南理工大學;2015年

4 張文婷;交通環(huán)境下基于改進霍夫森林的目標檢測與跟蹤[D];華南理工大學;2015年

5 李強;基于多視角特征融合與隨機森林的蛋白質(zhì)結(jié)晶預測[D];南京理工大學;2015年

6 朱玟謙;一種收斂性隨機森林在人臉檢測中的應用研究[D];武漢理工大學;2015年

7 肖宇;基于序列圖像的手勢檢測與識別算法研究[D];電子科技大學;2014年

8 李慧;一種改進的隨機森林并行分類方法在運營商大數(shù)據(jù)的應用[D];電子科技大學;2015年

9 趙亞紅;面向多類標分類的隨機森林算法研究[D];哈爾濱工業(yè)大學;2014年

10 黎成;基于隨機森林和ReliefF的致病SNP識別方法[D];西安電子科技大學;2014年

，

本文編號：1319079