發(fā)布時間：2024-03-30 15:26

　　目的:利用生物信息學方法在尖端細胞中篩選與血管生成(angiogenesis)相關(guān)的上調(diào)基因,將該基因的蛋白表達產(chǎn)物作為候選分子,探究該蛋白在HAPC患者血漿中的表達水平,為HAPC的發(fā)病機制的研究和診療提供科學依據(jù)。方法:在GEO(the Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫中下載編號為GSE19284基因表達譜數(shù)據(jù)集,利用limma包篩選出尖端細胞與莖細胞之間的差異表達基因,表達差異用差異倍數(shù)(fold change,FC)表示,篩選標準為P<0.05,|log2FC|≥1。利用GO功能分析,對明顯上調(diào)基因進行功能注釋,選擇和血管生成過程高度相關(guān)的基因作為候選分子。選取收治于青海大學附屬醫(yī)院明確診斷為HAPC的男性患者22例(HAPC組);選取青海大學附屬醫(yī)院體檢中心健康男性22例(HC組)。酶聯(lián)免疫吸附測定(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法檢測所有研究對象血漿中候選分子蛋白表達水平并進行比較分析,同時收集HAPC患者臨床相關(guān)資料。數(shù)據(jù)采用SPSS20.0軟件分析,P<0.05說明差異有統(tǒng)計學意義。結(jié)果...

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1GSE19284數(shù)據(jù)集箱線圖

92.3實驗結(jié)果2.3.1數(shù)據(jù)預(yù)處理基因芯片原始數(shù)據(jù)經(jīng)過預(yù)處理后，利用箱線圖可以方便快捷的形象化展示數(shù)據(jù)組的分布。獲取數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果的方式有兩種，第一種獲取方法是采用R語言對原始數(shù)據(jù)進行預(yù)處理，本文數(shù)據(jù)集GSE19284采用Aligent公司出品的基因芯片，應(yīng)該用limma進行數(shù)....

圖2GSE19284基因表達譜芯片數(shù)據(jù)熱圖

10圖2GSE19284基因表達譜芯片數(shù)據(jù)熱圖2.3.2差異基因表達分析結(jié)果在數(shù)據(jù)集GSE19284中比較4例莖細胞樣本和6例尖端細胞樣本基因表達譜差異，采用R語言的limma包進行基因差異表達分析，|log2FC|≥大于1，P<0.05為篩選標準，去除未確定名稱的基因，總共篩選....

圖3GSE19284差異基因火山圖

10圖2GSE19284基因表達譜芯片數(shù)據(jù)熱圖2.3.2差異基因表達分析結(jié)果在數(shù)據(jù)集GSE19284中比較4例莖細胞樣本和6例尖端細胞樣本基因表達譜差異，采用R語言的limma包進行基因差異表達分析，|log2FC|≥大于1，P<0.05為篩選標準，去除未確定名稱的基因，總共篩選....

圖4尖端細胞上調(diào)基因和下調(diào)基因

13圖4尖端細胞上調(diào)基因和下調(diào)基因2.3.3差異基因涉及的生物過程采用GO分析對尖端細胞和莖細胞中上調(diào)的基因進行生物過程注釋，選擇有意義的GO類別（P值<0.05；FDR<0.05）（表4，圖5）。本研究主要篩選在血管生成過程中尖端細胞上調(diào)的基因。挑選出涉及血管生成的生物過程，分....

本文編號：3942552