本文關(guān)鍵詞：基于迭代函數(shù)的生物序列圖形表示及其應(yīng)用，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：近年來，生物大分子序列數(shù)據(jù)的積累速度愈來愈快，簡單方便的序列分析方法顯得尤為重要。圖形表示方法由于可視性好，容易給出數(shù)學(xué)描述等優(yōu)點(diǎn)越來越得到研究者的關(guān)注。本文主要探討使用迭代函數(shù)系統(tǒng)進(jìn)行生物序列的圖形表示時，兩個參數(shù),值的變化對圖形的影響。 基于等參數(shù)==12和異參數(shù)=34,=12，我們給出了幾種蛋白序列圖形表示方法，引入了一些描述符用來比較蛋白序列間的相似性。并且將這些方法分別應(yīng)用在8個不同物種的線粒體NADH脫氫酶亞基6(ND6)的蛋白序列、60株不同的禽流感病毒的HA蛋白序列以及9個不同物種的線粒體NADH脫氫酶亞基5(ND5)蛋白序列的相似性比較上。我們分析得出的結(jié)論與生物進(jìn)化過程是一致的。應(yīng)用相關(guān)系數(shù)及其顯著性檢驗(yàn)將本文方法的結(jié)果、其他圖形表示方法得到的結(jié)果均與Clustal W算法得到的結(jié)果作比較，表明了我們方法的有效性。 由于蛋白序列中包含20個氨基酸，不利于分析,在圖形表示中的意義，所以我們選取DNA序列來進(jìn)行研究。對堿基,,,選取三種不同的映射方式，并且對每個映射方式都采用,分別取1/4、1/2、3/4、1和5/4組成的25種排列方式，共得到25種不同的迭代函數(shù)系統(tǒng)。選取人類的-globin基因的第一個外顯子序列來對這25種不同的迭代公式得出的圖形進(jìn)行比較分析。分析得出，當(dāng)為一固定值時，圖形的L/L矩陣的最大特征值是恒定不變的。對于一條DNA序列，選取12個圖形表示的L/L矩陣的最大特征值構(gòu)造一個12維的向量。通過對這些向量之間的相似性比較對應(yīng)DNA序列之間的相似性。最后，選取9個不同物種的-globin基因的第一個外顯子序列進(jìn)行相似性比較。
【關(guān)鍵詞】：迭代函數(shù)系統(tǒng) 圖形表示 蛋白質(zhì) DNA 相似性 L/L矩陣
【學(xué)位授予單位】：浙江理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：Q7
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 目錄7-9
• 第一章 緒論9-20
• 1.1 生物序列的研究概況9-16
• 1.1.1 DNA 序列的圖形表示9-12
• 1.1.2 蛋白序列的圖形表示12-16
• 1.2 蛋白質(zhì)圖形表示的應(yīng)用現(xiàn)狀16-18
• 1.2.1 系統(tǒng)發(fā)育分析方面的應(yīng)用16-17
• 1.2.2 膜蛋白預(yù)測方面的應(yīng)用17-18
• 1.2.3 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類方面的應(yīng)用18
• 1.3 本文的主要研究工作及內(nèi)容18-20
• 第二章 等參數(shù)迭代函數(shù)的蛋白質(zhì)圖表示20-37
• 2.1 蛋白序列的圖形表示20-24
• 2.2 蛋白序列的數(shù)值刻畫24-25
• 2.3 蛋白序列的相似性比較及其評估25-31
• 2.3.1 蛋白序列的相似性分析25-27
• 2.3.2 方法的可靠性分析27-31
• 2.4 H7N9 亞型禽流感病毒的進(jìn)化分析31-36
• 2.4.1 H7N9 亞型禽流感病毒簡介31-32
• 2.4.2 H7N9 的進(jìn)化分析32-36
• 2.5 小結(jié)36-37
• 第三章 異參數(shù)迭代函數(shù)的蛋白質(zhì)圖表示37-48
• 3.1 蛋白序列的數(shù)值模型37-40
• 3.1.1 圖形表示方法37-39
• 3.1.2 數(shù)值描述39-40
• 3.2 蛋白序列相似性分析40-41
• 3.3 蛋白序列的模糊聚類分析41-45
• 3.3.1 模糊數(shù)學(xué)理論簡介42-43
• 3.3.2 模糊聚類分析的應(yīng)用43-45
• 3.4 與現(xiàn)有的蛋白序列圖表示方法的比較45-46
• 3.5 小結(jié)46-48
• 第四章 DNA 圖形表示的迭代函數(shù)系統(tǒng)研究48-56
• 4.1 DNA 圖形表示48-51
• 4.2 DNA 圖形表示的應(yīng)用51-54
• 4.3 小結(jié)54-56
• 第五章 總結(jié)與展望56-58
• 5.1 總結(jié)56-57
• 5.2 展望57-58
• 參考文獻(xiàn)58-63
• 攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果63-64
• 致謝64

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 何清;模糊聚類分析理論與應(yīng)用研究進(jìn)展[J];模糊系統(tǒng)與數(shù)學(xué);1998年02期

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 解小莉;生物序列的分析方法及其進(jìn)化模型研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2012年

  本文關(guān)鍵詞：基于迭代函數(shù)的生物序列圖形表示及其應(yīng)用，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：399751