目的·驗證基于SMART(switching mechanism at 5’end of RNA template)技術(shù)自制的轉(zhuǎn)錄組測序文庫構(gòu)建試劑(DIY試劑)替代昂貴的商業(yè)化試劑TaKaRa SMART-Seq v4試劑盒(TaKaRa試劑)的可行性。方法·選取4只8周齡雌性C57BL/6小鼠,隨機分為2組:一組作為對照組,不進行處理;另一組向小鼠腹腔內(nèi)注射1 mL濃度為4%的巰基乙酸鹽肉湯,誘導(dǎo)巨噬細胞。經(jīng)過72 h后,分離腹腔巨噬細胞并提取RNA,用DIY試劑和Ta KaRa試劑分別進行cDNA文庫的構(gòu)建。經(jīng)二代測序后,利用生物信息學(xué)分析方法從數(shù)據(jù)質(zhì)量、基因差異表達分析、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析3個方面探究不同建庫試劑對轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的影響。結(jié)果·DIY試劑和TaKaRa試劑處理的樣品數(shù)據(jù)質(zhì)量良好;2種試劑捕獲轉(zhuǎn)錄本的能力相近;樣品所測序列在基因上的覆蓋度均勻且一致性較高;差異表達基因以及通路富集的分析結(jié)果基本一致。結(jié)論·DIY試劑可替代TaKaRa試劑進行少量細胞的轉(zhuǎn)錄組測序文庫構(gòu)建,并降低建庫成本...

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
        1.1.1 實驗細胞和動物
        1.1.2 主要試劑
        1.1.3 主要儀器
        1.1.4 主要軟件
    1.2 實驗方法
        1.2.1 腹腔巨噬細胞的誘導(dǎo)
        1.2.2 腹腔巨噬細胞RNA的提取
        1.2.3 cDNA的構(gòu)建及二代測序
        1.2.4 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和序列比對
        1.2.5 基因表達分析
        1.2.6 差異表達基因通路富集分析
2 結(jié)果
    2.1 2種試劑處理樣品的數(shù)據(jù)質(zhì)量比較
    2.2 2種試劑捕獲轉(zhuǎn)錄本的能力比較
    2.3 2種試劑處理的樣品基因覆蓋度比較
    2.4 主成分分析
    2.5 2種試劑處理樣品的差異表達基因鑒定結(jié)果
    2.6 2種試劑處理樣品的基因通路富集分析
3 討論



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