本文關(guān)鍵詞：ChIP-Seq中DNA模體挖掘工具的比較，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：下一代測序技術(shù),尤其是Ch IP-Seq技術(shù)的普及,產(chǎn)生了一系列大數(shù)據(jù)量、高復(fù)雜度的數(shù)據(jù)。而DNA模體的挖掘,是Ch IP-Seq數(shù)據(jù)功能分析的一個很重要的模塊。目前,已有大量的軟件能夠從Peak-Calling的數(shù)據(jù)中尋找出模體。但是我們對于這些軟件的信息所知甚少。直至目前為止還沒有專注于轉(zhuǎn)錄因子的Ch IP-Seq數(shù)據(jù)的軟件比較。因此本文挑選了6款軟件MEME、DREME、CHIPMUNK、RSAT-peak motif、HOMER和SIOMICS。使用了4個物種Mus musculus、Homo sapiens、Drosophila melanogaster、Saccharomyces cerevisiae的37套真實數(shù)據(jù)對這六款軟件進(jìn)行了運(yùn)行時間、模體數(shù)目、模體長度分布的測試;4個物種Homo sapiens、Mus musculus、Drosophila melanogaster、Caenorhabditis Elegans的模擬數(shù)據(jù)對軟件的準(zhǔn)確度進(jìn)行測試。通過本文的測試,我們發(fā)現(xiàn)這幾款軟件在Saccharomyces cerevisiae的數(shù)據(jù)中表現(xiàn)均比較好,準(zhǔn)確度均大于30%,其中最高的為MEME,達(dá)到了66.7%。而在Homo sapiens、Mus musculus、Drosophila melanogaster這三個物種的數(shù)據(jù)中,HOMER相較于其它軟件有較高的準(zhǔn)確度,大約在30%左右。同時我們認(rèn)為軟件結(jié)果之間的相互覆蓋度并不能成為取代準(zhǔn)確度的判定指標(biāo)。
【關(guān)鍵詞】：下一代測序 ChIP-Seq 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn) 模體
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：Q811.4;TP311.13
【目錄】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-7
• 第一章 前言7-12
• 1.1 基因序列測序技術(shù)的發(fā)展7-8
• 1.2 ChIP-chip與ChIP-Seq技術(shù)的發(fā)展和比較8-10
• 1.3 本課題研究的目的以及意義10
• 1.4 本文的研究內(nèi)容10-12
• 第二章 國內(nèi)DNA模體數(shù)據(jù)庫及基于ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘工具的發(fā)展現(xiàn)狀12-18
• 2.1 綜合性軟件：MEMESUIT、RSAT peak-模體、HOMER12-13
• 2.2 單一性性軟件：ChIPMunk、SIOMICS13
• 2.3 DNA模體數(shù)據(jù)庫的廣泛度的匯總13-18
• 第三章DNA模體挖掘軟件比較18-22
• 3.1 特征比較18-20
• 3.2 算法比較20-22
• 第四章 數(shù)據(jù)處理流程22-38
• 4.1 虛擬數(shù)據(jù)收集及設(shè)計22-24
• 4.2 虛擬數(shù)據(jù)預(yù)處理24-28
• 4.3 實際數(shù)據(jù)收集28-32
• 4.4 實際數(shù)據(jù)集預(yù)處理32-33
• 4.5 模體挖掘數(shù)據(jù)處理33-38
• 第五章 結(jié)論及展望38-46
• 5.1 軟件運(yùn)行時間統(tǒng)計38-40
• 5.2 挖掘出的模體特征統(tǒng)計40-42
• 5.3 軟件準(zhǔn)確度和靈敏度測評42-46
• 參考文獻(xiàn)46-49
• 附錄一49-53
• 附錄二53-62
• 附錄三62-75
• 攻讀碩士學(xué)位期間公開發(fā)表的論文75-76
• 致謝76-77

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