目的:應(yīng)用生物信息學(xué)技術(shù)挖掘食管癌差異表達(dá)基因,為食管癌治療提供新靶點(diǎn)。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載基因芯片數(shù)據(jù)集GSE20347、GSE92396和GSE1420,使用在線分析工具GEO2R篩選出食管癌組織與正常食管組織的差異表達(dá)基因。利用在線數(shù)據(jù)庫(kù)DAVID和STRING分別進(jìn)行功能、通路富集分析和蛋白互作分析,使用Cytoscape軟件來(lái)篩選蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中的核心網(wǎng)絡(luò)基因,并在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中驗(yàn)證其差異表達(dá)情況。結(jié)果:本實(shí)驗(yàn)共發(fā)現(xiàn)274個(gè)差異表達(dá)基因,269個(gè)基因有相同的表達(dá)趨勢(shì),其中96個(gè)上調(diào)基因,173個(gè)下調(diào)基因（調(diào)整后P<0.05,|log2FC|>1）。通過(guò)GO富集分析（P<0.05）發(fā)現(xiàn)它們主要參與了表皮發(fā)育、肽鍵交聯(lián)結(jié)合、角質(zhì)細(xì)胞分化、細(xì)胞外基質(zhì)組織生成等生物學(xué)過(guò)程。分子功能包括細(xì)胞外基質(zhì)結(jié)構(gòu)組分、分子活性、鈣離子及血小板源性生長(zhǎng)因子結(jié)合等的功能;而細(xì)胞組成分析提示這些差異基因主要集中在細(xì)胞外基質(zhì)。KEGG富集通路分析（P<0.05）顯示主要的信號(hào)通路包括阿米巴病信號(hào)通路、細(xì)胞外基質(zhì)作用信號(hào)通路、糖酵解和糖異生等信號(hào)通路過(guò)程。MCODE分析發(fā)現(xiàn)... 

【文章來(lái)源】：重慶醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,45(09)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

GSE20347、GSE92396、GSE1420中差異表達(dá)基因的表達(dá)

GO和KEGG分析

差異表達(dá)基因蛋白-蛋白相互作用圖和子模塊相互作用圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Epidemiology,etiology,and prevention of esophageal squamous cell carcinoma in China[J]. He Liang,Jin-Hu Fan,You-Lin Qiao.  Cancer Biology & Medicine. 2017(01)



本文編號(hào)：3615423