基于生物網絡的復雜疾病關聯miRNA預測方法研究
發(fā)布時間:2020-12-14 05:06
miRNA是一種廣泛存在于真核生物中長度約為20到25個核苷酸的進化保守的單鏈內源性非編碼RNA,它們雖不能編碼蛋白質,但卻參與靶基因的調控,在細胞增殖、生長、凋亡等生物過程中都起著關鍵作用,能夠幫助我們從分子角度了解疾病的發(fā)生發(fā)展。探測miRNA及其功能將助于了解miRNA的調控機制,有助于深刻認識疾病的發(fā)生發(fā)展的機制,對人類疾病預防和治療具有十分重要的意義。近年來,大量miRNA生物數據不斷形成,大部分miRNA的功能仍然未知,探索miRNA功能是目前生命科學領域的熱點,研究者們通過精細的生物實驗的方法能夠準確鑒別出miRNA和疾病之間的關聯,但這類方法對實驗條件要求高且周期漫長。計算方法是生物實驗的最佳補充,這類方法通過整合已知的生物數據來推斷miRNA和疾病之間的關聯,利用預測結果可以指導生物實驗,能夠減少后續(xù)生物實驗的盲目性、縮小生物實驗的范圍,幫助理解miRNA功能及致病機理。目前大多數計算方法存在預測準確度不高、需要負樣本、不能預測孤立疾病和新miRNA、泛化能力不強等缺點,本文針對這些問題,提出了三種方法,主要研究工作如下:1)基于共同鄰居的異構二分網絡鏈路預測方法推斷...
【文章來源】:湖南大學湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數】:145 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
哺乳動物的miRNA產生途徑和機制[67]
Mesh 是美國國立醫(yī)學院圖書館制定的權威醫(yī)學主題詞表,其地址是https://www.nlm.nih.gov/mesh/。該數據庫對疾病的分類信息進行了詳細的描述Mesh 以樹狀形式結構對醫(yī)學詞匯進行了歸類劃分,越接近根結點,其概念越寬泛越接近葉結點,其定義越具體。如我們在該數據庫中查詢肝部腫瘤( LiNeoplasms),得到肝部腫瘤的結構編號情況是 Tree Number(s): C04.588.274.6C06.301.623, C06.552.697 其樹形結構見圖 2.2。從樹形結構我們可以知道,肝部瘤分屬腫瘤(Neoplasms)和消化系統(tǒng)疾病(Digestive System Diseases)這兩個之中,肝部腫瘤在消化系統(tǒng)疾病這個疾病類別中又分屬肝臟疾。↙iver Disease和消化系統(tǒng)腫瘤(Digestive System Neoplasms)這兩個子類之中。同樣方式查詢腺腫瘤(Pancreatic Neoplasms)的結構編號情況為 Tree Number(s): C04.588.274.76C04.588.322.475, C06.301.761, C06.689.667, C19.344.421,樹形結構圖限于幅,不再列出,從兩個疾病的樹形結構可知,兩個疾病存在共同的部分祖先結點如 C04.588(Neoplasms by Site),C04.588.274(Digestive System Neoplasms) C06(Digestive System Diseases),C06.301(Digestive System Neoplasms)等等
基于生物網絡的復雜疾病關聯 miRNA 預測方法研究 AtTADV (A)D(t)(2.4)通過以公式 2.4 計算出兩個疾病的語義值之后,然后用公式 2.5 來計算兩個疾病的語義相似度。()()((t)())(,)DVADVBDDtSABABtTTAB (2.5)
【參考文獻】:
期刊論文
[1]血清miR-103可作為乳腺癌潛在的診斷標記物[J]. 王小拍,吳興平,顏黎栩,邵建永. 南方醫(yī)科大學學報. 2012(05)
本文編號:2915874
【文章來源】:湖南大學湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數】:145 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
哺乳動物的miRNA產生途徑和機制[67]
Mesh 是美國國立醫(yī)學院圖書館制定的權威醫(yī)學主題詞表,其地址是https://www.nlm.nih.gov/mesh/。該數據庫對疾病的分類信息進行了詳細的描述Mesh 以樹狀形式結構對醫(yī)學詞匯進行了歸類劃分,越接近根結點,其概念越寬泛越接近葉結點,其定義越具體。如我們在該數據庫中查詢肝部腫瘤( LiNeoplasms),得到肝部腫瘤的結構編號情況是 Tree Number(s): C04.588.274.6C06.301.623, C06.552.697 其樹形結構見圖 2.2。從樹形結構我們可以知道,肝部瘤分屬腫瘤(Neoplasms)和消化系統(tǒng)疾病(Digestive System Diseases)這兩個之中,肝部腫瘤在消化系統(tǒng)疾病這個疾病類別中又分屬肝臟疾。↙iver Disease和消化系統(tǒng)腫瘤(Digestive System Neoplasms)這兩個子類之中。同樣方式查詢腺腫瘤(Pancreatic Neoplasms)的結構編號情況為 Tree Number(s): C04.588.274.76C04.588.322.475, C06.301.761, C06.689.667, C19.344.421,樹形結構圖限于幅,不再列出,從兩個疾病的樹形結構可知,兩個疾病存在共同的部分祖先結點如 C04.588(Neoplasms by Site),C04.588.274(Digestive System Neoplasms) C06(Digestive System Diseases),C06.301(Digestive System Neoplasms)等等
基于生物網絡的復雜疾病關聯 miRNA 預測方法研究 AtTADV (A)D(t)(2.4)通過以公式 2.4 計算出兩個疾病的語義值之后,然后用公式 2.5 來計算兩個疾病的語義相似度。()()((t)())(,)DVADVBDDtSABABtTTAB (2.5)
【參考文獻】:
期刊論文
[1]血清miR-103可作為乳腺癌潛在的診斷標記物[J]. 王小拍,吳興平,顏黎栩,邵建永. 南方醫(yī)科大學學報. 2012(05)
本文編號:2915874
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