本文關(guān)鍵詞：CUDA平臺(tái)下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

上海交通大學(xué) 碩士學(xué)位論文 CUDA平臺(tái)下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究 姓名：胡曉菡 申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士 專業(yè)：生物醫(yī)學(xué)工程 指導(dǎo)教師：師勇 20100501 上海交通大學(xué)工程碩士學(xué)位論文 摘要 CUDA平臺(tái)下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究 摘 要 復(fù)雜疾病的全基因組基因-基因掃描可以有效發(fā)現(xiàn)多個(gè)基因的相互作 用對(duì)疾病易感性的貢獻(xiàn)。但是這種掃描的計(jì)算量通常非常巨大，，限制了它 的實(shí)際應(yīng)用。現(xiàn)代圖形處理器（GPU，顯卡）已具有非常強(qiáng)大的并行計(jì)算 能力，同時(shí)價(jià)格低廉。因此，在這項(xiàng)研究中我們使用了基于GPU 的算法， 即SHEsisEpi。它僅與多個(gè)位點(diǎn)在全基因組中的易感性相關(guān)，而不受單個(gè)位 點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果（即邊際函數(shù)）影響。 我們分析了 WTCCC 數(shù)據(jù)庫提供的雙向情感障礙（bipolar disorder, BPD）數(shù)據(jù)，僅耗時(shí)27 小時(shí)就完成了全基因組一共500K 個(gè)SNP 的掃描， 比傳統(tǒng)的CPU 程序快將近300 倍。 -12 然后，我們通過對(duì)掃描結(jié)果進(jìn)行篩選（p 5.37×10 ），對(duì)p 值最小并且 符合條件的SNP 組合，用獨(dú)立的樣本進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)（475 個(gè)BPD 病例，480 個(gè)對(duì)照組，漢族人群），證明兩對(duì)基因組合與BPD 的易感性相關(guān)（a 0.05 ）。 可執(zhí)行文件和源代碼可從SHEsis 主頁進(jìn)行下載（ -x.cn ）。 關(guān)鍵詞：基因-基因相互作用，雙向情感障礙，GPU編程

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