本文關(guān)鍵詞：R軟件nlme程序包在網(wǎng)狀Meta分析中的應(yīng)用，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

中國循證醫(yī)學(xué)雜志 2014, 14(3): 355～360

論 著

方法學(xué)研究

R軟件nlme程序包在網(wǎng)狀Meta分析中的應(yīng)用

張 超1 牛玉明2 曾憲濤1,2*

1. 湖北醫(yī)藥學(xué)院附屬太和醫(yī)院循證醫(yī)學(xué)中心（湖北十堰 442000）；2. 湖北醫(yī)藥學(xué)院附屬太和醫(yī)院口腔醫(yī)學(xué)中心（湖北十堰 442000）

摘要 nlme程序包是基于廣義最小二乘法和線性混合效應(yīng)模型研發(fā)的、可通過R軟件實(shí)現(xiàn)廣義線性和非線性混合效應(yīng)模型下的Meta分析。該程序包實(shí)現(xiàn)Meta分析時(shí)，需要對數(shù)據(jù)先行轉(zhuǎn)化為效應(yīng)量的對數(shù)值才可進(jìn)行。本文介紹了使用R軟件nlme程序包實(shí)現(xiàn)網(wǎng)狀Meta分析的過程，詳細(xì)呈現(xiàn)了如何轉(zhuǎn)化數(shù)據(jù)這一核心步驟。

關(guān)鍵詞 網(wǎng)狀Meta分析；廣義線性混合效應(yīng)模型；R語言；nlme程序包

Implementation of Network Meta-Analysis with nlme Package in R Soft ware

ZHANG Chao1, NIU Yu-ming2, ZENG Xian-tao1,2*

1. Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China;2. Department of Stomatology, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China

Abstract Th e nlme package is developed based on the generalized least squares (gls) and linear mixed-eff ects model (lme). It can perform meta-analysis based on linear and nonlinear mixed eff ects models in R language. When conducting meta-analysis using nlme package in R language, the fi rst step is to translate the data into its logarithm estimation. In this article, we introduce how to perform network meta-analysis using R language nlme package and show the core step of data translation in detail.

Key words Network meta-analysis; Generalized linear mixed model; R language; nlme package

隨著網(wǎng)狀Meta分析的發(fā)展及各種軟件的成功研發(fā)，運(yùn)算模型的選擇也日益受到關(guān)注，廣義線性模型（generalized linear model，GLM）就是其中之一。GLM是線性模型的擴(kuò)展，其特點(diǎn)是不強(qiáng)行改變數(shù)據(jù)的自然度量，數(shù)據(jù)可以具有非線性和非恒定方差結(jié)構(gòu)；與線性模型相比，GLM模型中Y的分布可以是任何形式的指數(shù)分布（如高斯分布、泊松分布、二項(xiàng)式分布），聯(lián)結(jié)函數(shù)可以是任何單調(diào)可微函數(shù)（如對數(shù)函數(shù)logarithm或邏輯函數(shù)logit），這些優(yōu)點(diǎn)使得GLM模型可處理多種變量，日益受到關(guān)注（欲詳細(xì)了解GLM的讀者建議閱讀參考文獻(xiàn) [1,2]）。

nlme是一款基于S語言在S-PLUS軟件中實(shí)現(xiàn)混合效應(yīng)模型（mixed-eff ects models）分析的軟件。因此，其可以同時(shí)進(jìn)行線性和非線性混合效應(yīng)模型（linear and nonlinear mixed effects models，NLME）分析 [3,4]。當(dāng)前，混合效應(yīng)模型也可通過nlme程序

DOI: 10.7507/1672-2531.20140060基金項(xiàng)目：湖北省教育科學(xué)“十二五”規(guī)劃2012年度重點(diǎn)課題（編號：2012A050），湖北醫(yī)藥學(xué)院2011年度優(yōu)秀中青年科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目（編號：2011CZX01），湖北醫(yī)藥學(xué)院附屬太和醫(yī)院2013年循證醫(yī)學(xué)“苗圃基金”項(xiàng)目（編號：EBM2013004）。作者簡介：張超，男（1988年～），本科，，住院醫(yī)師，以循證醫(yī)學(xué)、系統(tǒng)評價(jià)與Meta分析為主要研究方向。Email: zhangchao0803@*通訊作者，Email: zengxiantao1128@

包在R語言中實(shí)現(xiàn) [5,6]。nlme程序包亦可以實(shí)現(xiàn)網(wǎng)狀Meta分析 [6,7]，本文仍以《R軟件R2WinBUGS程序包在網(wǎng)狀Meta分析中的應(yīng)用》一文中實(shí)例 [8,9]為例進(jìn)行展示。

1 軟件及程序包的安裝/加載

R軟件的安裝已在前文講述，本文使用的是R-3.0.1 [8,10,11]。

此外，需要安裝nlme程序包，具體命令為：in-stall.packages(“nlme”)。在彈出的對話框中選擇某個(gè)鏡像（CRAN）安裝，安裝完成后再由library(“nlme”)命令完成加載。

2 數(shù)據(jù)的加載與預(yù)處理

2.1 數(shù)據(jù)加載

R軟件nlme程序包實(shí)現(xiàn)網(wǎng)狀Meta分析的基本思路是將因變量y設(shè)置為效應(yīng)量，自變量x設(shè)置為干預(yù)措施，結(jié)合相關(guān)的干預(yù)措施之間的比較來計(jì)算得出線性關(guān)系 [7]。本文將y設(shè)為logOR，x設(shè)為13種藥物以及安慰劑，并對相關(guān)藥物之間的比較作一定標(biāo)記。

因?qū)嵗泻?臂試驗(yàn)，所以，首先將數(shù)據(jù)中

CJEBM

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