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利用基因組數(shù)據(jù)庫(kù)篩選惡性瘧原蟲抗原候選基因

發(fā)布時(shí)間:2020-04-30 02:42
【摘要】:瘧疾是目前地球上對(duì)人類危害最嚴(yán)重的蚊傳寄生原蟲病,全世界每年有3至5億人受到瘧原蟲感染,二百多萬(wàn)人死于惡性瘧疾,其中80%是兒童。瘧原蟲是瘧疾的病原體,寄生于人體的瘧原蟲共有4種,而惡性瘧原蟲是其中最致命的一種。由于惡性瘧原蟲抗藥性的不斷出現(xiàn)和蔓延,使惡性瘧疾的化學(xué)治療難以奏效,加上蟲媒對(duì)殺蟲劑也易產(chǎn)生抗藥性,致使對(duì)瘧疾的控制至今仍是一個(gè)大難題。在瘧疾的防治過(guò)程中,人們希望通過(guò)有效的預(yù)防接種來(lái)防止發(fā)病,減輕臨床癥狀。然而盡管到目前為止已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了不少紅內(nèi)期抗原,但對(duì)這些抗原無(wú)論單獨(dú)使用還是聯(lián)合使用都未能達(dá)到滿意的免疫保護(hù)性,究其原因主要是由于瘧原蟲生活周期復(fù)雜,抗原性受其生活周期影響而不斷改變,而且抗原在不同蟲株間呈現(xiàn)高度多態(tài)性。因此尋找新的保護(hù)性抗原候選基因仍然是瘧疾疫苗發(fā)展的重點(diǎn)。1996年實(shí)施的惡性瘧原蟲基因組研究計(jì)劃,是瘧疾研究史上的一個(gè)重要里程碑,為瘧疾疫苗的研究開辟了新的思路。我們的研究策略就是基于惡性瘧原蟲基因組數(shù)據(jù)庫(kù)提供的信息,利用生物信息學(xué)分析方法,從兩條途徑來(lái)尋找惡性瘧原蟲保護(hù)性抗原基因。 第一條途徑是從惡性瘧原蟲二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)(contig),尋找含保守功能結(jié)構(gòu)域的抗原。我們選用了保守的動(dòng)力素蛋白作為篩選的目標(biāo)。它是一種廣泛分布于從酵母到哺乳動(dòng)物細(xì)胞的一種保守的膜運(yùn)轉(zhuǎn)相關(guān)蛋白。為了獲得惡性瘧原蟲動(dòng)力素蛋白,利用酵母動(dòng)力素相似蛋白VSP1的一段保守序列搜索惡性瘧原蟲數(shù)據(jù)庫(kù),找到了包含惡性瘧原蟲動(dòng)力素蛋白片段的一段Contig序列,并以此設(shè)計(jì)探針,從惡性瘧原蟲cDNA文庫(kù)中篩選Pfdyn基因?寺〉腜fdyn cDNA全長(zhǎng)3014bp,AT含量74.12%,GenBank登錄號(hào)為AF336796。具有保守Kozak序列,其翻譯起始位點(diǎn)位于315bp處,開放閱讀框架編碼837個(gè)氨基酸,,預(yù)測(cè)分子量92.1KD。所編碼的蛋白具有動(dòng)力素蛋白家族所共有的N端三重GTP結(jié)合結(jié)構(gòu)域、中部保守結(jié)構(gòu)域和GTP酶活性調(diào)控結(jié)構(gòu)域。根據(jù)動(dòng)力素蛋白家族的分子進(jìn)化樹分析,惡性瘧原蟲Pfdyn不屬于目前已知的動(dòng)力素蛋白家族的三個(gè)亞族。 Pfdyn在基因組上只發(fā)現(xiàn)一個(gè)拷貝,位于11號(hào)染色體內(nèi),共有4個(gè)外顯子。與3D7株相比,Dd2株來(lái)源的Pfdyn序列在1976位有一個(gè)A到G的突變,但這一突變并不影響所對(duì)應(yīng)的氨基酸序列。同時(shí)Pfdyn N端序列與鼠約氏瘧序列有94%同源與人間日瘧序列有92%的同源,在不同瘧原蟲種之間是保守的。RT-PCR分析Pfdyn
【圖文】:

利用基因組數(shù)據(jù)庫(kù)篩選惡性瘧原蟲抗原候選基因


pGEx一sx一1結(jié)構(gòu)及多克隆位點(diǎn)

載體


pBlueseriptSK載體結(jié)構(gòu)
【學(xué)位授予單位】:中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2001
【分類號(hào)】:R392;Q789

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本文編號(hào):2645300


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