【摘要】：目的:探索同型半胱氨酸甲基化反應(yīng)基因單核苷酸多態(tài)性與新疆維吾爾族人群缺血性腦卒中(Ischemic Stroke,IS)的關(guān)系。方法:病例組為2014年9月-2016年5月新疆醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科住院的維吾爾族缺血性腦卒中患者367例,對(duì)照組為經(jīng)過(guò)體檢確定為健康的1202例維吾爾族個(gè)體。選取MTHFR基因C677T和A1298C,MTR基因A2756G,MTRR基因A1130G、A66G和C1324T,BHMT基因R239Q等7個(gè)非同義突變,探索它們同IS的關(guān)聯(lián)。結(jié)果:MTHFR基因A1298C位點(diǎn)的CC、AC基因型及C等位基因在病例組中的分布頻率(7.5%,44.8%及29.9%)顯著高于對(duì)照組(6.1%,36.4%及24.3%)(P0.05)。顯性遺傳模型發(fā)現(xiàn)C等位基因攜帶者發(fā)生缺血性腦卒中的風(fēng)險(xiǎn)升高(OR:1.485,95%CI:1.17-1.88,P0.05)。調(diào)整年齡、性別、吸煙、飲酒、肥胖、高血壓、高膽固醇、高甘油三酯等混雜因素后差異仍顯著。未發(fā)現(xiàn)其余6個(gè)位點(diǎn)與維吾爾族人群缺血性腦卒中相關(guān)。結(jié)論:MTHFR基因位點(diǎn)A1298C多態(tài)性影響維吾爾族人群缺血性腦卒中的發(fā)生,C等位基因可能是維吾爾族發(fā)生缺血性卒中的的危險(xiǎn)因素。
【學(xué)位授予單位】：新疆醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類(lèi)號(hào)】：R743.3
【圖文】：

圖 1 Hcy 代謝通路基因的 PCR 擴(kuò)增電泳結(jié)果Fig.1 PCR amplification results of Hcy metabolism gene2.5.4 Solexa 測(cè)序技術(shù)將純化后的 PCR 產(chǎn)物于 Ion torrent PGM 測(cè)序儀（Thermo Fisher Scientific ,美國(guó)）上測(cè)序，操作流程按照標(biāo)準(zhǔn)說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。首先，純化后的 PCR 產(chǎn)物在 OneTouch 2儀器上進(jìn)行乳液 PCR 擴(kuò)增，通過(guò)乳液 PCR 將測(cè)序片段富集在微珠上；乳液 PCR 后的微珠由 OneTouch 2 ES。富集的微珠結(jié)合 318 芯片（Thermo Fisher Scientific ,美國(guó)）和 Ion PGM TM Sequencing 200 Kit v2 測(cè)序試劑盒在 Ion torrent PGM 儀器上測(cè)序，測(cè)序流程嚴(yán)格按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行，測(cè)序步驟如下：a.清洗儀器中殘留的雜質(zhì)以進(jìn)行油包水PCR。b.安裝 Ion OneTouch 2 儀器。c.配制油包水 PCR 的反應(yīng) mix。d.將反應(yīng) mix加樣至 OT2 儀器的反應(yīng)器中。e.設(shè)置儀器進(jìn)行油包水 PCR。f.OT2 的日常維護(hù)及監(jiān)控。g.將 ISP 溶液進(jìn)行濃縮并重選懸。h.配制富集試劑以備上機(jī)。i.將配制好的富集試劑加樣至 ES 的配套富集管中。j.設(shè)置儀器進(jìn)行 ISP 珠子的富集。k.測(cè)序儀的環(huán)境條件確定。l.清洗測(cè)序儀以備測(cè)序反應(yīng)。m.儀器初始化設(shè)置。n.測(cè)序?qū)⒁锝Y(jié)合至 ISP 珠子上。o.檢測(cè)測(cè)序芯片以備測(cè)序。p.將測(cè)序芯片內(nèi)的液體吸除以備加樣。q.將引物退

圖 2 Hcy 代謝通路基因測(cè)序報(bào)告Fig.2 Hcy metabolism gene Sequencing repor2.5.5 測(cè)序數(shù)據(jù)分析與 SNP 分型經(jīng)過(guò) base calling 的原始數(shù)據(jù)通常包含三個(gè)部分：index 序列、接頭序列和特異序列.基于樣本 index 序列的差異，利用 FASTX-Toolkit 軟件比對(duì) index 序列，根據(jù) index序列差異將原始數(shù)據(jù)中每個(gè)樣本的數(shù)據(jù)區(qū)分，在比對(duì) index 序列時(shí)最多允許一個(gè)堿基的錯(cuò)配；匹配到每個(gè)樣本的數(shù)據(jù)利用 Cutadapt 軟件將接頭序列去掉.運(yùn)用序列比對(duì)軟件 BWA（v0.7.12）將去接頭后的序列與 SNP 位點(diǎn)參考序列（NCBI，dbSNP build 142）比對(duì)，利用 samtools（v0.1.19）軟件將每一條測(cè)序 reads 進(jìn)行 SNP 判定。針對(duì) SNP分型閾值，針對(duì)測(cè)序深度<15x 的擴(kuò)增子被舍棄（測(cè)序深度不足）。對(duì)有足夠測(cè)序深度的擴(kuò)增子判定基因型：雜合子等位基因比率在 20-80%，在此范圍之外的為純合子[39]。2.5.6 基因分型根據(jù)測(cè)序所得數(shù)據(jù)中 A/T/G/C 四種堿基的 reads 數(shù)確定最終的基因型。3 統(tǒng)計(jì)方法

【參考文獻(xiàn)】

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1 ;Plasma Homocysteine and Gene Polymorphisms Associated with the Risk of Hyperlipidemia in Northern Chinese Subjects[J];Biomedical and Environmental Sciences;2008年06期

2 周靖;董文敏;崔德華;;同型半胱氨酸與腦疾病[J];神經(jīng)疾病與精神衛(wèi)生;2007年05期

3 王薇;趙冬;劉靜;曾哲淳;孫佳藝;劉軍;秦蘭萍;吳兆蘇;;中國(guó)35～64歲人群膽固醇水平與10年心血管病發(fā)病危險(xiǎn)的前瞻性研究[J];中華心血管病雜志;2006年02期

4 馬冠生,朱丹紅,胡小琪,欒德春,孔靈芝,楊曉光;中國(guó)居民飲酒行為現(xiàn)況[J];營(yíng)養(yǎng)學(xué)報(bào);2005年05期

5 胡善聯(lián),龔向光;中國(guó)缺血性腦卒中的疾病經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)[J];中國(guó)衛(wèi)生經(jīng)濟(jì);2003年12期

6 高聰,蒲蜀湘,朱德儀;早期康復(fù)治療對(duì)腦卒中偏癱患者肢體功能及日常生活能力的影響[J];中國(guó)康復(fù)醫(yī)學(xué)雜志;2001年01期

本文編號(hào)：2726186