為了對骨質(zhì)疏松癥基因芯片數(shù)據(jù)集進(jìn)行整合分析并識(shí)別出外周血細(xì)胞中與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的樞紐基因,通過檢索GEO和ArrayExpress數(shù)據(jù)庫獲得骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)集;運(yùn)用GWGS （genome-wide global significance）方法對納入的數(shù)據(jù)集進(jìn)行整合分析,篩選出差異表達(dá)基因（differentially expressed genes, DEGs）;然后,運(yùn)用GO （gene ontology）富集分析和KEGG （kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路富集分析對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋,并建立蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interaction, PPI）網(wǎng)絡(luò),篩選出骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的樞紐基因。公共數(shù)據(jù)庫檢索得到3個(gè)符合納入排除標(biāo)準(zhǔn)的研究集, GWGS整合分析篩選出排序前200的DEGs,這些基因主要富集的GO條目為脂多糖的細(xì)胞反應(yīng)、凋亡過程和炎癥反應(yīng),與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的KEGG富集通路為破骨細(xì)胞分化等。PPI分析進(jìn)一步檢測到與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的10個(gè)樞紐基因,其中9個(gè)基因已有研究報(bào)道和骨質(zhì)疏松... 

【文章來源】：生命科學(xué)研究. 2020,24(02)CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)集的篩選
    1.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理及差異表達(dá)基因的獲得
    1.3 GWGS整合分析
    1.4 基因功能注釋和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
2 結(jié)果
    2.1 納入研究的基本情況
    2.2 GWGS整合分析
    2.3 功能注釋和PPI分析
3 討論
4 結(jié)論



本文編號(hào)：3613671