發(fā)布時(shí)間：2022-01-06 00:16

　　目的 miRNA在骨質(zhì)疏松癥的發(fā)生發(fā)展過程中發(fā)揮重要作用。文中旨在篩選與骨質(zhì)疏松癥密切相關(guān)的miRNA和基因,完成骨質(zhì)疏松癥miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。方法通過GEO數(shù)據(jù)庫查找骨質(zhì)疏松癥的基因芯片表達(dá)譜,采用GEO2R進(jìn)行分析并篩選差異表達(dá)基因（DEGs）和差異表達(dá)miRNA,采用火山圖對差異基因和miRNA進(jìn)行展示,然后通過David在線數(shù)據(jù)庫完成GO和KEGG通路分析,String在線數(shù)據(jù)庫用于完成PPI蛋白網(wǎng)絡(luò)分析。采用TargetScan、miRTarBase和miRDB預(yù)測靶基因,最后通過Cytoscape軟件進(jìn)行PPI和miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)可視化。結(jié)果通過篩選得到15個(gè)差異miRNA和174個(gè)差異表達(dá)基因。通過GO和KEGG通路分析得到25條GO功能注釋,生物過程包括對藥物的反應(yīng)、血管生成、離子遷移、GTPase介導(dǎo)的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的調(diào)控、適應(yīng)性免疫反應(yīng)等,KEGG富集分析得到NF-κB信號通路、HIF-1信號通路和谷胱甘肽代謝。通過cytohubba插件得到10個(gè)hub基因,分別為:CDH2、POLR2A、KLF4、CCND1、SOX4、NCBP2、VEGFA、... 

【文章來源】：醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2020,33(03)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

骨質(zhì)疏松癥中的差異miRNA及基因火山圖

蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)得到88個(gè)節(jié)點(diǎn)、100條邊,通過cytohubba插件得到10個(gè)hub基因,分別為:CDH2、POLR2A、KLF4、CCND1、SOX4、NCBP2、VEGFA、PKLR、EP300、HNRNPL。hub基因網(wǎng)絡(luò)得到10個(gè)節(jié)點(diǎn)、22條邊。見圖3。2.4 miRNA靶基因和交集基因

通過cytoscape軟件對miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行構(gòu)建,可以發(fā)現(xiàn)hsa-miR-4768-3p關(guān)聯(lián)的靶基因最多,hsa-miR-18b-5p關(guān)聯(lián)的靶基因最少。hsa-miR-194-5p的靶基因多為表達(dá)上調(diào),hsa-miR-4269靶基因多為表達(dá)下調(diào)。見圖5。圖5 骨質(zhì)疏松癥miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于生物信息學(xué)方法的椎間盤退變miRNA芯片數(shù)據(jù)[J]. 童也,王宇翔,徐海棟.  醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2019(09)
[2]血管內(nèi)皮生長因子防治骨質(zhì)疏松的研究進(jìn)展[J]. 謝興文,李建國,黃晉,何勇,蘇積亮.  中國骨質(zhì)疏松雜志. 2019(07)
[3]雌激素相關(guān)受體α對沉默重組腺病毒載體轉(zhuǎn)染MG63細(xì)胞和骨相關(guān)蛋白的影響[J]. 劉少津,萬雷,喬榮勤,黃宏興,柴爽.  醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2018(09)
[4]內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激通路與骨質(zhì)疏松相關(guān)性的研究進(jìn)展[J]. 芮敏劼,鄭蘇陽,郭楊,馬勇.  醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2016(08)



本文編號：3571326