本文選題：艾滋病病毒I型 + 抗病毒治療��； 參考：《中國艾滋病性病》2017年07期

【摘要】：目的建立針對艾滋病病毒I型(HIV-1)三個基因區(qū)片段的Illumina Hiseq深度測序(簡稱Hiseq測序)方法,并嘗試用于分析抗病毒治療急性期感染者的HIV-1準種群變化規(guī)律。方法對2例在急性期啟動抗病毒治療的HIV-1感染者進行隨訪檢測,直至第96周。提取外周血單個核細胞(PBMC)中的脫氧核糖核酸(DNA),對基線血液樣本進行HIV-1基因亞型分析。分別以gag、pol和env基因區(qū)為目的片段,對基線及隨訪樣本進行巢式聚合酶鏈反應(PCR),擴增產(chǎn)物經(jīng)一代測序確認無誤后純化、混合構(gòu)建DNA文庫,進行Hiseq測序。分析HIV-1準種群分布,計算基因離散率,并做系統(tǒng)進化樹分析。結(jié)果接受抗病毒治療后,2例感染者體內(nèi)的HIV-1病毒載量下降,到第12周后無法檢出;CD4+T淋巴細胞數(shù)在治療第2、4周時有所下降,隨后回升。2例感染的HIV-1毒株分別為CRF01_AE亞型和CRF07_BC亞型。核酸擴增成功的樣本全部成功進行了Hiseq測序,每個目的基因區(qū)片段都獲得了十萬級的序列數(shù)。在基線點,頻數(shù)最高的第一個準種群序列的頻數(shù)占全部序列總頻數(shù)的比例均超過50%。抗病毒治療后,準種群的分布發(fā)生不同程度的變化,其中頻數(shù)第一準種群頻數(shù)所占比例先減小,從第12周起多數(shù)增大,第72周再減小。樣本內(nèi)平均基因離散率整體穩(wěn)定,小范圍波動。每個樣本3個基因區(qū)各隨訪時間點與基線點之間的平均基因離散率在治療第2周增大,隨后保持穩(wěn)定。系統(tǒng)進化樹顯示,不同時間的準種群序列散在分布且距離接近。結(jié)論針對HIV-1 gag、pol和env基因區(qū)的Hiseq測序方法可有效用于分析HIV-1準種群的變化規(guī)律,早期抗病毒治療可降低病毒載量調(diào)定點且延長準種群分散時間。
[Abstract]:Objective to establish a method of Illumina Hiseq deep sequencing (Hiseq sequencing) for three gene regions of HIV-1, and to analyze the changes of HIV-1 quasi population in patients with acute HIV infection treated with antiviral therapy. Methods two patients with HIV-1 were followed up for 96 weeks. DNA was extracted from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and the HIV-1 gene subtypes were analyzed in baseline blood samples. The genomic DNA fragments of gagapol and env were used as the target fragments. The baseline and follow-up samples were detected by nested polymerase chain reaction (NPCR). The amplified products were confirmed by a generation of sequencing and then purified. The DNA library was constructed and sequenced by Hiseq sequencing. The distribution of HIV-1 quasi population was analyzed, gene dispersion rate was calculated, and phylogenetic tree analysis was done. Results after antiviral therapy, the HIV-1 viral load in two infected patients was decreased, and the number of CD4 T lymphocytes could not be detected after 12 weeks of treatment. The number of CD 4 T lymphocytes was decreased at the 2nd week of treatment, and then rose to CRF01_AE subtype and CRF07_BC subtype in 2 cases of HIV-1 infection. All the successful nucleic acid samples were sequenced by Hiseq. At baseline, the frequency of the first quasi population sequence with the highest frequency is more than 50 percent of the total frequency of the whole sequence. After antiviral therapy, the distribution of quasipopulations changed in different degrees, in which the proportion of the first quasi population frequency decreased first, increased from the 12th week, and then decreased at the 72nd week. The average gene dispersion rate in the sample was stable and fluctuated in a small range. The average gene dispersion rate between the time points and baseline points in 3 gene regions of each sample increased at the second week of treatment and then remained stable. Phylogenetic tree shows that the quasi-population sequences are distributed and close to each other at different times. Conclusion the Hiseq sequencing method for HIV-1 gagapol and env gene regions can be used to analyze the variation of HIV-1 quasi population effectively. Early antiviral therapy can reduce the viral load regulation and prolong the time of quasi population dispersion.
【作者單位】： 中國疾病預防控制中心性病艾滋病預防控制中心;首都醫(yī)科大學附屬北京佑安醫(yī)院感染中心;
【基金】：國家“十二五”科技重大專項(2012ZX10001001-001) 中美艾滋病防治合作項目(2016-2017,4.2) 首都衛(wèi)生發(fā)展科研專項基金項目(首發(fā)2016-1-2182) 北京市科技計劃資助(D141100000314002,D141100000314005)~~
【分類號】：R512.91

【參考文獻】

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本文編號：1977207