云南省20個HIV-1獨特型重組毒株近全長基因序列特征分析
發(fā)布時間:2018-03-31 16:51
本文選題:艾滋病病毒型 切入點:獨特型重組 出處:《中國艾滋病性病》2017年05期
【摘要】:目的研究云南省目前主要流行的艾滋病病毒1型(HIV-1)的獨特型重組(URFs)毒株的分子變異特點。方法收集2012-2014年云南省14個地市,800例在定點醫(yī)院隨訪的HIV感染者或艾滋病患者的血樣及流行病學調查信息,采用反轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)的方法,分別擴增HIV-1的3′半分子和5′半分子。測序后,序列應用contig軟件校對拼接,獲得約9.0kb的近全長基因組,后用Genotyping、MEGA 6.06和BLAST工具軟件確定毒株亞型,挑出新型獨特型重組毒株,分析云南省HIV-1獨特型重組毒株的基因變異及重組進化情況。結果共獲得800例樣本的103條近全長基因組,分析后挑出獨特型重組毒株20個,分別來自于昆明、德宏、紅河、昭通、大理和西雙版納地區(qū)。20個毒株之間的平均基因距離為(0.204±0.015),分別與來自泰國、印度、越南和日本的國際參考株的平均基因距離較為接近。云南省HIV-1獨特型重組株呈現(xiàn)3種基因重組模式,主要為以C亞型為骨架的11株,其次是CRF0l_AE為骨架的7株,和B(B′)為骨架的2株。從重組區(qū)域上看,env、nef和rev基因是最易發(fā)生重組的基因區(qū)域。結論在2012-2014年間,云南省的HIV-1毒株呈現(xiàn)高度重組進化趨勢,出現(xiàn)了大量的獨特型重組毒株,且這些毒株與一些東南亞國家的毒株表現(xiàn)出高度同源性,其重組的類型和模式比較復雜,并且在全省范圍內廣泛傳播開來,應密切監(jiān)測流行趨勢變化。
[Abstract]:Objective To study the molecular variation characteristics of HIV - 1 in Yunnan Province . The results showed that there were 20 isolates of HIV - 1 in Yunnan province from 2012 to 2014 .
【作者單位】: 云南省傳染病?漆t(yī)院艾滋病關愛中心;中國軍事醫(yī)學科學院微生物流行病研究所;
【基金】:云南省科技廳應用基礎研究計劃自籌項目(2013FZ217) 國家“十二五”傳染病科技重大專項(2012ZX10001-002) 云南省科技廳-昆明醫(yī)科大學聯(lián)合項目(2014FB099)~~
【分類號】:R512.91
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2 陸群英;邵芯儀;李冰如;王小鈞;;HBV感染中抗-(抗-HBs)獨特型抗體的研究[J];病毒學雜志;1990年03期
3 ;[J];;年期
,本文編號:1691596
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