本文選題：骨質(zhì)疏松　切入點(diǎn)：骨密度　出處：《湖南師范大學(xué)》2016年碩士論文　論文類(lèi)型：學(xué)位論文

【摘要】：研究目的:骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis,OP)和骨關(guān)節(jié)炎(osteoarthritis,OA)多發(fā)生于中老年人群,在部分老年人中,這兩種病同時(shí)出現(xiàn)。因此,骨關(guān)節(jié)炎和骨質(zhì)疏松癥之間的關(guān)系復(fù)雜且相互影響。目前,通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了骨質(zhì)疏松和骨關(guān)節(jié)炎的候選致病基因,也有研究已經(jīng)鑒定了一些兩個(gè)疾病的共享風(fēng)險(xiǎn)因子,但為了進(jìn)一步理解兩者間的相關(guān)性,還需要發(fā)現(xiàn)更多的多效基因。本研究旨在探究骨關(guān)節(jié)炎相關(guān)基因是否與骨密度關(guān)聯(lián),從而鑒定同時(shí)影響骨關(guān)節(jié)炎和骨質(zhì)疏松的多效基因。研究方法及結(jié)果:我們?cè)谕ㄟ^(guò)公共數(shù)據(jù)庫(kù)PheGenI和Pubmed選擇了102個(gè)已鑒定的與骨關(guān)節(jié)炎相關(guān)的SNPs(多重檢驗(yàn)之后P0.05),然后在7個(gè)樣本中檢測(cè)這些SNPs是否與骨密度相關(guān),經(jīng)過(guò)多重檢驗(yàn)校正之后,共發(fā)現(xiàn)2個(gè)骨關(guān)節(jié)炎相關(guān)的SNP(LRP5rs3736228和SP7 rs2016266)與骨質(zhì)疏松性狀相關(guān)聯(lián),P值分別為:5.99E-05和2.53E-04,eQTL分析發(fā)現(xiàn)rs3736228具有eQTL效應(yīng),并且對(duì)其eQTL基因MTL5和CPT1A具有順式調(diào)節(jié)的作用。使用公共數(shù)據(jù)庫(kù)GEO中表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)分析,發(fā)現(xiàn)GSE13850這一數(shù)據(jù)集中MTL5和CPT1A在高低骨密度組單核細(xì)胞里存在差異表達(dá),t檢驗(yàn)P值分別為:1.56E-02和4.83E-02。對(duì)rs3736228進(jìn)行功能預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)該位點(diǎn)位于錯(cuò)義突變區(qū)域,并且位點(diǎn)所編碼的氨基酸經(jīng)錯(cuò)義突變后,由丙氨酸(A)變成了纈氨酸(V),由此推測(cè),rs3736228位點(diǎn)可能通過(guò)改變其編碼的氨基酸的種類(lèi),從而改變蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu),來(lái)影響甚至是誘發(fā)骨質(zhì)疏松癥,對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)也發(fā)現(xiàn)錯(cuò)義突變后的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)發(fā)生了變化,更加證明了這一推論。另外,rs3736228還可以通過(guò)調(diào)節(jié)其eQTL基因CPT1A和MTL5的表達(dá)進(jìn)而影響骨質(zhì)疏松。因此,LRP5和SP7基因是同時(shí)影響骨關(guān)節(jié)炎和骨質(zhì)疏松的多效基因�；谠诰�(xiàn)公共數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)的信息挖掘,利用整合分析的方法去探究疾病相關(guān)SNPs和疾病間的分子功能機(jī)制,為進(jìn)一步研究疾病的致病原因提供了更多證據(jù)。
[Abstract]:Objective: osteoporosis (OPO) and osteoarthritis (Osteoarthritis) (OAA) occur mostly in the middle-aged and elderly population, and they occur simultaneously in some elderly people. Therefore, the relationship between Osteoarthritis and Osteoporosis is complex and interacted. At present, the relationship between Osteoarthritis and Osteoporosis is very complicated. GWASA has identified candidate genes for osteoporosis and osteoarthritis, and some studies have identified shared risk factors for both diseases, but in order to further understand the correlation between the two diseases, More multipotent genes need to be found. The aim of this study was to investigate whether osteoarthritis related genes were associated with bone mineral density. Methods and results: we selected 102 identified SNPs associated with osteoarthritis via the public database PheGenI and Pubmed (after multiple tests, P0.05, however. They were then tested in seven samples to see if the SNPs was related to bone mineral density. Two Osteoarthritis related SNP(LRP5rs3736228 and SP7 Rs2016266) were found to be associated with osteoporosis traits (P = 5. 99E-05 and 2. 53E-04EQTL, respectively). Rs3736228 had eQTL effect. The eQTL gene MTL5 and CPT1A have the function of cis regulation. The differential expression analysis was carried out by using the expression profile data in the common database GEO. The differential expression of MTL5 and CPT1A in the GSE13850 data set was found in monocytes of high and low BMD group (P = 1.56E-02 and 4.83E-02, respectively). The functional prediction of rs3736228 revealed that the site was located in the missense mutation region. After missense mutation, the amino acid encoded at the locus changed from alanine to valine, which suggested that rs3736228 might change the structure of protein by changing the amino acid type of the amino acid. In order to influence and even induce osteoporosis, the protein secondary structure after missense mutation was found to have changed by predicting the structure of protein. In addition, rs3736228 can affect osteoporosis by regulating the expression of CPT1A and MTL5 of its eQTL gene. Therefore, LRP5 and SP7 genes are multifunctional genes that affect both osteoarthritis and osteoporosis. Information mining for public database data, The method of integrative analysis is used to explore the molecular functional mechanism between disease-related SNPs and disease, which provides more evidence for the further study of the pathogenicity of disease.
【學(xué)位授予單位】：湖南師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：R580;R684.3

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本文編號(hào)：1603938