前列腺癌診斷/預后和耐藥分子標志物的篩選及其臨床意義
發(fā)布時間：2021-12-08 23:39
目的:基于已發(fā)表的芯片數(shù)據(jù)通過生物信息學方法篩選差異表達基因,以發(fā)現(xiàn)前列腺癌診斷/預后和耐藥相關分子標志物。方法:篩選GEO數(shù)據(jù)庫中已發(fā)表的前列腺癌m RNA芯片數(shù)據(jù)GSE6956和前列腺癌細胞多烯紫杉醇耐藥m RNA芯片數(shù)據(jù)GSE33455進行差異表達分析;通過生物學功能注釋、基因通路富集分析、蛋白質相互作用網(wǎng)絡（protein-protein interaction,PPI）分析等生物信息學方法發(fā)現(xiàn)和識別與差異表達基因相關的生物學功能和信號通路;比對TCGA數(shù)據(jù)庫,驗證差異表達基因在前列腺癌組織及癌旁組織中的表達,并通過Kaplan-Meier分析差異表達基因對前列腺癌患者生存率的影響;用q PCR方法驗證差異表達基因在前列腺癌細胞株PC3及多烯紫杉醇耐藥細胞PC3-DTX中的表達情況。結果:共篩選出227個在前列腺癌和前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細胞芯片數(shù)據(jù)中共同差異表達基因。差異表達基因主要富集到了癌癥相關通路（Lysosome、Sphingolipid、Fox O、Acute myeloid leukemia）,并主要參與細胞黏附、自噬和胞內蛋白轉運等生物學過程。構建PPI網(wǎng)絡選取...
【文章來源】：中國腫瘤生物治療雜志. 2020,27(11)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：9 頁
【部分圖文】：
在前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細胞PC3-DTX中驗證CITED2表達水平
經(jīng)過初步篩選后在GSE33455數(shù)據(jù)庫（包括前列腺癌親本細胞DU145、PC3和多烯紫杉醇耐藥細胞DU145-DTX、PC3-DTX）中一共得到1 596個在前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細胞DU145-DTX和PC3-DTX中差異表達的基因，其中與親本細胞相比，在耐藥細胞中高表達的基因634個，低表達基因962個。在GSE6956數(shù)據(jù)庫（包括18例前列腺癌旁正常組織和69例前列腺癌組織）中共篩選得到3 793個差異表達基因，其中前列腺癌組織中高表達的基因2 614個，低表達的基因1 179個（圖1A）。對GSE6956和GSE33455中獲得的差異表達基因取交集，共有173個基因在前列腺癌組織和耐藥細胞中共同高表達，54個基因在前列腺癌組織和耐藥細胞中共同低表達（圖1B）。采用Cluster3.0和Tree View進行聚類分析和可視化處理，結果（圖1C）顯示，這些差異表達基因分別在這兩個數(shù)據(jù)庫中呈現(xiàn)顯著特異性。選取這227個基因作為前列腺癌組織和多烯紫杉醇耐藥細胞共同差異表達基因進行下一步的分析。2.2 共同差異表達基因的GO分析和KEGG信號通路分析
通過DAVID網(wǎng)站進行GO和KEGG的富集分析。GO分析信號通路分析結果顯示，前列腺癌組織和多烯紫杉醇耐藥細胞中共同差異表達基因，主要參與轉錄的負調控，DNA模板（negative regulation of transcription,DNA-templated,P=0.004 3），轉錄的正調控，DNA模板（positive regulation of transcription,DNA-templated,P=0.032），細胞間黏附（cell-cell adhesion,P=0.012），自噬（autophagy,P=0.000 77），胞內蛋白質轉運（intracellular protein transport,P=0.018）等生物學進程；其主要分子功能為蛋白質結合（protein binding,P=0.000 033),ATP結合（ATP binding,P=0.005 5），相同蛋白結合（identical protein binding,P=0.023），轉錄因子結合（transcription factor binding,P=0.001 5），蛋白質異源二聚體活性（protein heterodimerization activity,P=0.039）；主要與細胞質（cytoplasm,P=0.000 83），胞液（cytosol,P=0.000 19），胞外外泌體（extracellular exosome,P=0.000 46），核質（nucleoplasm,P=0.0038），細胞膜（membrane,P=0.000 20）等細胞組分相關（圖2A）。KEGG結果顯示差異表達基因主要和溶酶體（Lysosome,P=0.005 7），鞘脂類信號通路（Sphingolipid signaling pathway,P=0.023),Fox O信號通路（Fox O signaling pathway,P=0.035），急性髓系白血�。ˋcute myeloid leukemia,P=0.040）相關（圖2B）。2.3 差異表達基因的PPI構建及Hub基因篩選
本文編號：3529469
【文章來源】：中國腫瘤生物治療雜志. 2020,27(11)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：9 頁
【部分圖文】：
在前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細胞PC3-DTX中驗證CITED2表達水平
經(jīng)過初步篩選后在GSE33455數(shù)據(jù)庫（包括前列腺癌親本細胞DU145、PC3和多烯紫杉醇耐藥細胞DU145-DTX、PC3-DTX）中一共得到1 596個在前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細胞DU145-DTX和PC3-DTX中差異表達的基因，其中與親本細胞相比，在耐藥細胞中高表達的基因634個，低表達基因962個。在GSE6956數(shù)據(jù)庫（包括18例前列腺癌旁正常組織和69例前列腺癌組織）中共篩選得到3 793個差異表達基因，其中前列腺癌組織中高表達的基因2 614個，低表達的基因1 179個（圖1A）。對GSE6956和GSE33455中獲得的差異表達基因取交集，共有173個基因在前列腺癌組織和耐藥細胞中共同高表達，54個基因在前列腺癌組織和耐藥細胞中共同低表達（圖1B）。采用Cluster3.0和Tree View進行聚類分析和可視化處理，結果（圖1C）顯示，這些差異表達基因分別在這兩個數(shù)據(jù)庫中呈現(xiàn)顯著特異性。選取這227個基因作為前列腺癌組織和多烯紫杉醇耐藥細胞共同差異表達基因進行下一步的分析。2.2 共同差異表達基因的GO分析和KEGG信號通路分析
通過DAVID網(wǎng)站進行GO和KEGG的富集分析。GO分析信號通路分析結果顯示，前列腺癌組織和多烯紫杉醇耐藥細胞中共同差異表達基因，主要參與轉錄的負調控，DNA模板（negative regulation of transcription,DNA-templated,P=0.004 3），轉錄的正調控，DNA模板（positive regulation of transcription,DNA-templated,P=0.032），細胞間黏附（cell-cell adhesion,P=0.012），自噬（autophagy,P=0.000 77），胞內蛋白質轉運（intracellular protein transport,P=0.018）等生物學進程；其主要分子功能為蛋白質結合（protein binding,P=0.000 033),ATP結合（ATP binding,P=0.005 5），相同蛋白結合（identical protein binding,P=0.023），轉錄因子結合（transcription factor binding,P=0.001 5），蛋白質異源二聚體活性（protein heterodimerization activity,P=0.039）；主要與細胞質（cytoplasm,P=0.000 83），胞液（cytosol,P=0.000 19），胞外外泌體（extracellular exosome,P=0.000 46），核質（nucleoplasm,P=0.0038），細胞膜（membrane,P=0.000 20）等細胞組分相關（圖2A）。KEGG結果顯示差異表達基因主要和溶酶體（Lysosome,P=0.005 7），鞘脂類信號通路（Sphingolipid signaling pathway,P=0.023),Fox O信號通路（Fox O signaling pathway,P=0.035），急性髓系白血�。ˋcute myeloid leukemia,P=0.040）相關（圖2B）。2.3 差異表達基因的PPI構建及Hub基因篩選
本文編號：3529469
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