【摘要】：腎臟纖維化是許多慢性腎臟疾病的最終結(jié)果,受到科研工作者的廣泛關(guān)注。為了更深入地了解在腎臟纖維化發(fā)生發(fā)展過程中轉(zhuǎn)錄本的變化,同時(shí)尋找腎臟纖維化診斷的生物標(biāo)志物,我們構(gòu)建了大鼠的腎臟纖維化模型,并在纖維化模型和對照組中分別做了尿液樣本和腎臟組織的轉(zhuǎn)錄本測序。通過一系列實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和組內(nèi)組間分析,表明此次模型構(gòu)建成功、測序數(shù)據(jù)可信度高。經(jīng)一系列差異表達(dá)分析,發(fā)現(xiàn)包括長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在內(nèi)的很多轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)在模型中發(fā)生了改變,其中在尿液樣本中有10條表達(dá)上調(diào)的lncRNA、8條表達(dá)下調(diào)的lncRNA,在腎臟組織樣本中有24條表達(dá)上調(diào)的lncRNA、79條表達(dá)下調(diào)的lncRNA。將腎臟組織中有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的差異表達(dá)的lncRNA和尿液樣本中差異表達(dá)的lncRNA做交集,我們一共發(fā)現(xiàn)5條在纖維化的腎臟組織和尿液中表達(dá)均上調(diào)的lncRNA,2條表達(dá)均下調(diào)的lncRNA。從上述差異表達(dá)的lncRNA中,我們選擇部分進(jìn)行了 RT-qPCR驗(yàn)證,結(jié)果與測序結(jié)果相一致。我們對尿液樣本中表達(dá)上調(diào)的lncRNA做了 miRNA前體預(yù)測,發(fā)現(xiàn)lncRNA NONRATT042796是和TGF-β信號通路相關(guān)的rno-mir-207的前體序列。進(jìn)一步對尿液樣本表達(dá)上調(diào)的lncRNA做家族分析發(fā)現(xiàn),諸多l(xiāng)ncRNA涵蓋到促進(jìn)腎臟纖維化發(fā)生發(fā)展的TUG1 lncRNA家族。我們還對尿液樣本和腎臟組織的差異表達(dá)mRNA做了 GO和KEGG分析,發(fā)現(xiàn)上述部分表達(dá)差異的mRNA和纖維化生長因子刺激、炎癥反應(yīng)、溶酶體通路等生物學(xué)過程和信號通路相關(guān)。我們對腎臟組織中表達(dá)上調(diào)的lncRNA做了順式作用分析,發(fā)現(xiàn)很多靶基因和纖維化的發(fā)生、發(fā)展相關(guān)。對24條腎臟組織中表達(dá)上調(diào)的lncRNA做了啟動子結(jié)合位點(diǎn)分析,其中19條在啟動子區(qū)含有保守的Smad3結(jié)合位點(diǎn)。在TGF-β處理的大鼠腎臟細(xì)胞系NRK-52E中檢測在啟動子區(qū)含有4個(gè)或更多的Smad3結(jié)合位點(diǎn)的lncRNA的表達(dá),發(fā)現(xiàn)這些lncRNA可由TGF-β誘導(dǎo)表達(dá)。我們進(jìn)一步在NRK-52E細(xì)胞系中證實(shí),TGF-β能夠以時(shí)間依賴和劑量依賴的方式誘導(dǎo)lncRNA TCONS_00088786 和 TCONS_01496394 的表達(dá)。敲低 lncRNA TCONS_00088786 和TCONS_01496394能影響纖維化相關(guān)蛋白的表達(dá)。通過上述轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)、實(shí)時(shí)定量PCR結(jié)果、細(xì)胞學(xué)相關(guān)實(shí)驗(yàn)和生物信息學(xué)分析檢測,我們在尿液樣本和腎臟組織中發(fā)現(xiàn)了新的具有生物學(xué)效應(yīng)的差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本。綜合所有數(shù)據(jù),表明這些lncRNA,有可能成為潛在的腎臟纖維化的生物標(biāo)志物和新的治療靶點(diǎn)。
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：R692;R-332

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本文編號：2585290