本文關(guān)鍵詞：SNP位點(diǎn)rs11175194影響卵巢癌預(yù)后的機(jī)制研究

  更多相關(guān)文章： 卵巢腫瘤 單核苷酸多態(tài)性 SRGAP1 預(yù)后 TCGA

【摘要】：目的卵巢癌是女性生殖器官常見(jiàn)的惡性腫瘤之一,其發(fā)病率和死亡率在中西方均呈上升的趨勢(shì),對(duì)女性生命健康造成了嚴(yán)重的威脅。SNP是單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn),其不同的堿基可以改變順勢(shì)作用元件的結(jié)構(gòu)影響相應(yīng)基因的表達(dá)。前期課題組在中國(guó)漢族女性上皮性卵巢癌患者中進(jìn)行的GWAS研究發(fā)現(xiàn)了SNP位點(diǎn)rs11175194與上皮性卵巢癌的發(fā)病相關(guān)。Rs11175194位于基因SRGAP1的1號(hào)內(nèi)含子上,因此猜測(cè)其可能對(duì)SRGAP1的轉(zhuǎn)錄具有一定的調(diào)控作用,繼而通過(guò)改變SRGAP1的表達(dá)影響卵巢癌患者的發(fā)病和預(yù)后。因此本研究旨在探索SNP位點(diǎn)rs11175194的基因型是否影響SRGAP1的表達(dá)及對(duì)卵巢癌患者預(yù)后的影響,并且初步闡明SNP位點(diǎn)影響卵巢癌預(yù)后的分子機(jī)制。方法本研究分析186例卵巢癌患者SNP位點(diǎn)rs11175194的基因型是否與卵巢癌患者的預(yù)后相關(guān),然后用qRT-PCR的方法檢測(cè)64例與SNP位點(diǎn)基因型配對(duì)的卵巢癌患者組織中SRGAP1基因mRNA的表達(dá)進(jìn)行定量檢測(cè),分析其表達(dá)與基因型是否具有相關(guān)性。通過(guò)生物信息學(xué)網(wǎng)站預(yù)測(cè)SNP位點(diǎn)所處位置的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)以及SNP位點(diǎn)的生物學(xué)功能。按照SRGAP1表達(dá)的中位數(shù)分組,進(jìn)行生存分析,研究SRGAP1的表達(dá)是否與卵巢癌患者的預(yù)后相關(guān),同時(shí)利用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的卵巢癌患者信息進(jìn)行驗(yàn)證。構(gòu)建熒光素酶報(bào)告基因載體和染色質(zhì)免疫沉淀驗(yàn)證SNP位點(diǎn)rs11175194的功能。為了研究SRGAP1對(duì)卵巢癌發(fā)生發(fā)生的影響,應(yīng)用MTT實(shí)驗(yàn),Transwell小室實(shí)驗(yàn)評(píng)價(jià)SRGAP1對(duì)卵巢癌細(xì)胞系增殖侵襲遷移能力的影響。并通過(guò)藥物敏感實(shí)驗(yàn),研究過(guò)表達(dá)SRGAP1對(duì)化療藥物紫杉醇和表柔比星耐藥性的影響。結(jié)果SNP位點(diǎn)rs11175194的基因型與SRGAP1的表達(dá)量相關(guān),G基因型的表達(dá)量高于A基因型。SNP位點(diǎn)所處的位置染色質(zhì)修飾主要是H3K27Ac,組蛋白這種修飾狀態(tài)是增強(qiáng)子的標(biāo)志。通過(guò)Transfac預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)NR1H4可以與SRGAP1上rs11175194位點(diǎn)結(jié)合,通過(guò)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù),GEO數(shù)據(jù)庫(kù)和天津的表達(dá)數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn),NR1H4與SRGAP1的表達(dá)具有相關(guān)性,具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(TCGA數(shù)據(jù),r=0.154,p=0.002;GEO數(shù)據(jù),r=0.393,p0.05;天津數(shù)據(jù)r=0.467,p0.05)。熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)證實(shí)SNP位點(diǎn)rs11175194的G基因型具有增強(qiáng)子作用,染色免疫沉淀實(shí)驗(yàn)和測(cè)序證實(shí)了NR1H4可以與SRGAP1上rs11175194區(qū)域結(jié)合。按照SRGAP1基因表達(dá)的中位數(shù)分組發(fā)現(xiàn),高表達(dá)SRGAP1的患者預(yù)后差,并且通過(guò)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)驗(yàn)證結(jié)果一致,(p0.05)。功能學(xué)研究發(fā)現(xiàn)過(guò)表達(dá)SRGAP1可以促進(jìn)卵巢癌細(xì)胞的增殖但是對(duì)遷移和侵襲的沒(méi)有影響,藥物敏感實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)過(guò)表達(dá)SRGAP1可以提高卵巢癌細(xì)胞系對(duì)化療藥物紫杉醇和表柔比星的抗性。結(jié)論SNP位點(diǎn)rs11175194具有增強(qiáng)子功能,可以通過(guò)影響SRGAP1的表達(dá)影響卵巢癌患者的預(yù)后。SRGAP1高表達(dá)可以促進(jìn)卵巢癌細(xì)胞的增殖能力和耐藥性,使卵巢癌患者預(yù)后較差。因此,SNP位點(diǎn)rs11175194影響SRGAP1的表達(dá)然后影響卵巢癌患者的預(yù)后。
【關(guān)鍵詞】：卵巢腫瘤 單核苷酸多態(tài)性 SRGAP1 預(yù)后 TCGA
【學(xué)位授予單位】：天津醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：R737.31
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• Abstract6-10
• 縮略語(yǔ)/符號(hào)說(shuō)明10-11
• 前言11-14
• 研究現(xiàn)狀、成果11-12
• 研究目的、方法12-14
• 對(duì)象和方法14-31
• 1.1 研究對(duì)象14
• 1.1.1 組織標(biāo)本和血標(biāo)本14
• 1.1.2 細(xì)胞株14
• 1.2 實(shí)驗(yàn)材料14-16
• 1.2.1 實(shí)驗(yàn)儀器14-15
• 1.2.2 試劑和耗材15-16
• 1.3 實(shí)驗(yàn)方法16-31
• 1.3.1 實(shí)驗(yàn)用溶液配制16-18
• 1.3.2 組織RNA的提取18
• 1.3.3 組織DNA的提取18-19
• 1.3.4 細(xì)胞總RNA提取19-20
• 1.3.5 Taqman探針?lè)z測(cè)SNP位點(diǎn)的基因型20
• 1.3.6 實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)基因表達(dá)20
• 1.3.7 熒光素酶報(bào)告基因載體的構(gòu)建20-24
• 1.3.8 細(xì)胞培養(yǎng)及穩(wěn)定細(xì)胞系的構(gòu)建24
• 1.3.9 雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)24-25
• 1.3.10 Western Blot實(shí)驗(yàn)25-26
• 1.3.11 細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)26-27
• 1.3.12 染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)27-29
• 1.3.13 流行病學(xué)調(diào)查研究29
• 1.3.14 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析29-30
• 1.3.15 生物信息學(xué)分析30-31
• 結(jié)果31-40
• 2.1 SNP位點(diǎn)rs11175194的基因型與卵巢癌預(yù)后生存分析31
• 2.2 SNP位點(diǎn)rs11175194的基因型與SRGAP1基因表達(dá)量的關(guān)系31-32
• 2.3 SNP位點(diǎn)rs11175194的基因型生物學(xué)信息學(xué)分析32-34
• 2.4 SNP位點(diǎn)rs11175194功能驗(yàn)證34-36
• 2.5 SRGAP1基因的表達(dá)與預(yù)后的關(guān)系36
• 2.6 SRGAP1基因?qū)?xì)胞表型的影響36-38
• 2.7 SRGAP1表達(dá)影響卵巢細(xì)胞系對(duì)化療藥物敏感性的研究38-40
• 討論40-45
• 3.1 SNP位點(diǎn)rs11175194的功能討論40-41
• 3.2 SRGAP1影響卵巢癌細(xì)胞表型的功能討論41-42
• 3.3 SRGAP1影響卵巢癌細(xì)胞系耐藥性的討論42-43
• 3.4 SNP位點(diǎn)rs11175194影響卵巢癌預(yù)后機(jī)制的討論43-44
• 3.5 本研究的局限性44-45
• 結(jié)論45-46
• 參考文獻(xiàn)46-51
• 發(fā)表論文和參加科研情況說(shuō)明51-52
• 附錄52-60
• 綜述60-72
• 綜述參考文獻(xiàn)66-72
• 致謝72-73
• 個(gè)人簡(jiǎn)歷73

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本文編號(hào)：827022