子癇前期胎盤組織環(huán)狀RNA表達譜的鑒定、驗證與分析
發(fā)布時間:2021-12-15 20:38
目的:描繪人胎盤組織中環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)的表達譜,發(fā)現(xiàn)并驗證子癇前期胎盤組織異常表達的circRNA,研究分析其可能的調(diào)控網(wǎng)絡。方法:利用高通量測序技術對子癇前期和正常胎盤組織中RNA進行測序和鑒定分析,并利用DeSeq2進行差異性分析。然后利用qRT-PCR在組織水平上對分析結(jié)果進行驗證。隨后利用生物信息學對驗證的差異性circRNA進行GO分析和KEGG通路分析。結(jié)果:測序結(jié)果顯示,與正常胎盤組織相比,重度子癇前期胎盤共檢測出300種異常表達的circRNA,包括151種高表達和149種低表達。qRT-PCR驗證結(jié)果顯示,hg38circ0014736 (1.418 0±0.106 5 vs. 1.044 0±0.127 1,P=0.035)和hsacirc0015382 (0.895 8±0.180 2 vs. 0.688 8±0.025 3,P=0.025)在子癇前期胎盤組織中高表達,hsacirc0007121...
【文章來源】:重慶醫(yī)科大學學報. 2020,45(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
circRNA在子癇前期和正常胎盤組織中的表達
差異性circRNA在胎盤組織中表達水平驗證實驗(n=12)
本研究通過生物信息學分析還發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0007121、hsa_circ_0015382和hg38_circ_0014736序列中含有一個甚至多個某一miRNA的結(jié)合位點。已有的研究表明circRNA可通過結(jié)合位點與miRNA結(jié)合,可作為一種天然的、內(nèi)源性的miRNA海綿[8],抑制其對下游靶基因的調(diào)控作用,從而參與對細胞增殖、凋亡、遷移和侵襲等功能的調(diào)控[5-7,12-13,15];诟偁幮詢(nèi)源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)學說[23]的理論和以上研究,推測這3種差異circRNA也可能吸附某些特定的miRNA,進而參與子癇前期的發(fā)病。而在本研究預測的可能吸附的miRNA中,miR-21在子癇前期和胎兒宮內(nèi)生長受限的胎盤組織中表達上調(diào),且跟血管阻力增高相關[24]。此外,miR-101也被發(fā)現(xiàn)在調(diào)控子癇前期滋養(yǎng)細胞凋亡方面起重要作用[25]。雖然其他預測的miRNA是否跟子癇前期發(fā)病相關尚需進一步研究,但GO分析顯示受這些miRNA調(diào)控的基因跟轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)、增殖、缺氧應激有關。與此同時,跟子癇前期發(fā)病密切相關的通路包括Wnt信號通路[26]、HIF-1信號通路[27]及凋亡通路[28],在KEGG信號通路富集分析的結(jié)果中也出現(xiàn)明顯富集現(xiàn)象,以上結(jié)果均提示hsa_circ_0007121、hsa_circ_0015382和hg38_circ_0014736可能在子癇前期的發(fā)病機制中起重要作用。綜上所述,鑒于circRNA在其他疾病所起的作用及生物信息學分析結(jié)果,本研究在子癇前期胎盤中檢測并驗證的差異circRNA可能參與了子癇前期的發(fā)病,并有望成為新的干預靶點。這一推測有待后續(xù)細胞功能實驗和動物實驗來進一步驗證。
本文編號:3537108
【文章來源】:重慶醫(yī)科大學學報. 2020,45(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
circRNA在子癇前期和正常胎盤組織中的表達
差異性circRNA在胎盤組織中表達水平驗證實驗(n=12)
本研究通過生物信息學分析還發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0007121、hsa_circ_0015382和hg38_circ_0014736序列中含有一個甚至多個某一miRNA的結(jié)合位點。已有的研究表明circRNA可通過結(jié)合位點與miRNA結(jié)合,可作為一種天然的、內(nèi)源性的miRNA海綿[8],抑制其對下游靶基因的調(diào)控作用,從而參與對細胞增殖、凋亡、遷移和侵襲等功能的調(diào)控[5-7,12-13,15];诟偁幮詢(nèi)源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)學說[23]的理論和以上研究,推測這3種差異circRNA也可能吸附某些特定的miRNA,進而參與子癇前期的發(fā)病。而在本研究預測的可能吸附的miRNA中,miR-21在子癇前期和胎兒宮內(nèi)生長受限的胎盤組織中表達上調(diào),且跟血管阻力增高相關[24]。此外,miR-101也被發(fā)現(xiàn)在調(diào)控子癇前期滋養(yǎng)細胞凋亡方面起重要作用[25]。雖然其他預測的miRNA是否跟子癇前期發(fā)病相關尚需進一步研究,但GO分析顯示受這些miRNA調(diào)控的基因跟轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)、增殖、缺氧應激有關。與此同時,跟子癇前期發(fā)病密切相關的通路包括Wnt信號通路[26]、HIF-1信號通路[27]及凋亡通路[28],在KEGG信號通路富集分析的結(jié)果中也出現(xiàn)明顯富集現(xiàn)象,以上結(jié)果均提示hsa_circ_0007121、hsa_circ_0015382和hg38_circ_0014736可能在子癇前期的發(fā)病機制中起重要作用。綜上所述,鑒于circRNA在其他疾病所起的作用及生物信息學分析結(jié)果,本研究在子癇前期胎盤中檢測并驗證的差異circRNA可能參與了子癇前期的發(fā)病,并有望成為新的干預靶點。這一推測有待后續(xù)細胞功能實驗和動物實驗來進一步驗證。
本文編號:3537108
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